59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2594 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2594  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  446  1.0000000000000001e-124  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.971437  normal  0.0759549 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11383  transcriptional regulator  33.15 
 
 		 261 aa  104  1e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.900966 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1770  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1751  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1817  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.882667 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1989  TetR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3861  regulatory protein TetR  32.26 
 
 		 231 aa  99.4  4e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.153714  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4355  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 244 aa  99  5e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.589486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4216  putative transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 212 aa  77.4  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00833872  hitchhiker  0.000365538 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 210 aa  62  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5105  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 223 aa  62  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000423081  normal  0.55194 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2728  putative transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 		 200 aa  62  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.427892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  31.1 
 
 		 218 aa  61.2  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 242 aa  60.8  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0763  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.756053  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0279  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0732  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0683  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  36.23 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0658  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  28.03 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  28.03 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  28.03 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  31.69 
 
 		 220 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1495  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 200 aa  52  0.000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.969103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1930  TetR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189169  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 223 aa  50.8  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 304 aa  49.7  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0522  transcriptional regulator, TetR family  27.08 
 
 		 259 aa  48.5  0.00009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0445084 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  24.21 
 
 		 228 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  26.39 
 
 		 268 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2378  transcriptional repressor TetR  24.26 
 
 		 260 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0287531  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 223 aa  48.1  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  30.36 
 
 		 249 aa  47.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1662  transcriptional regulator, TetR family  28.82 
 
 		 213 aa  47.4  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.552653  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2285  transcriptional regulator, TetR family  28.66 
 
 		 213 aa  46.6  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  30.72 
 
 		 210 aa  46.2  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5638  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 238 aa  45.8  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.491763  normal  0.336395 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2997  transcriptional regulator, TetR family  25.68 
 
 		 239 aa  45.4  0.0007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00034517  decreased coverage  0.000048455 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 234 aa  45.4  0.0007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23630  transcriptional regulator  28.1 
 
 		 210 aa  45.1  0.0008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.119387 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 222 aa  45.1  0.0008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  22.97 
 
 		 236 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7060  tetracycline repressor domain-containing protein  32.16 
 
 		 203 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0598818  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4284  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 		 223 aa  43.9  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.620259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 		 218 aa  44.3  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2916  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 216 aa  43.5  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5480  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 199 aa  43.1  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191465 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21360  transcriptional regulator, TetR family  26.98 
 
 		 206 aa  42.7  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.127836  normal  0.357603 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2494  transcriptional regulator, TetR family  43.48 
 
 		 257 aa  42.7  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000125237  hitchhiker  0.00279844 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4458  transcriptional regulator, TetR family  23.91 
 
 		 263 aa  42.7  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0794126 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2647  transcriptional regulator, TetR family  31.85 
 
 		 217 aa  43.1  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2211  transcriptional regulator, TetR family  26.21 
 
 		 211 aa  42.7  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4845  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 230 aa  42.7  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1040  regulatory protein TetR  26.27 
 
 		 219 aa  42.4  0.006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.591621  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 231 aa  42  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3817  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 223 aa  42  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1965  transcriptional regulator, TetR family  34.74 
 
 		 234 aa  41.6  0.01  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.66981  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>