260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4181 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  471  1e-132  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1495  TetR family transcriptional regulator  59.3 
 
 		 200 aa  215  5e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.969103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0040  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 211 aa  88.6  8e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.970085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 230 aa  88.2  1e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  29.57 
 
 		 234 aa  75.5  0.0000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3985  hypothetical protein  36.43 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.997476 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6218  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 278 aa  74.3  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  33.64 
 
 		 218 aa  73.2  0.000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  34.25 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  33.12 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4056  transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 		 209 aa  72.4  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.910923  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1770  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 250 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 		 272 aa  71.2  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1817  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 250 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.882667 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1751  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 250 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4781  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 		 228 aa  71.2  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.809331  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 221 aa  71.2  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0819  transcriptional regulator, TetR family  34.25 
 
 		 237 aa  70.1  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4845  putative transcriptional regulator, TetR family  30.92 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1048  transcriptional regulator, TetR family  33.11 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0498897  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 228 aa  69.3  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 242 aa  68.9  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 244 aa  68.6  0.00000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 244 aa  68.6  0.00000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 244 aa  68.6  0.00000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2594  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 221 aa  68.2  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.971437  normal  0.0759549 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  29.26 
 
 		 234 aa  68.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 		 250 aa  67.8  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  32.91 
 
 		 224 aa  67  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 		 222 aa  66.6  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 225 aa  66.2  0.0000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 249 aa  66.2  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4355  TetR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 244 aa  65.9  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.589486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 		 223 aa  65.9  0.0000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2404  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 247 aa  65.5  0.0000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0783886 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 235 aa  64.7  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 271 aa  64.7  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  34.53 
 
 		 268 aa  63.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  33.64 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  27.71 
 
 		 245 aa  63.2  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3268  putative transcriptional regulator, GntR family  34.32 
 
 		 293 aa  62.8  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2378  transcriptional repressor TetR  28.48 
 
 		 260 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0287531  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 249 aa  63.2  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11383  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 261 aa  63.2  0.000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.900966 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0744  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 224 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0222814 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2285  transcriptional regulator, TetR family  31.01 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1989  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 250 aa  62.8  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  31.51 
 
 		 224 aa  62.8  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  28.7 
 
 		 259 aa  62.8  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0522  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 259 aa  62.8  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0445084 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  27.36 
 
 		 234 aa  62.4  0.000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1930  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 206 aa  62.4  0.000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189169  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1119  transcriptional regulator, TetR family  32.81 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.335801 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4137  putative transcriptional regulator, TetR family  28.03 
 
 		 263 aa  60.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0181128  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  35.76 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6384  putative transcriptional regulator, TetR family  29.86 
 
 		 224 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.317451  normal  0.404992 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3085  regulatory protein, TetR  37.5 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.355286  normal  0.26404 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 267 aa  59.7  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1711  regulatory protein TetR  33.75 
 
 		 226 aa  59.3  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.539832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1040  regulatory protein TetR  33.14 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.591621  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  33.12 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2177  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 193 aa  58.2  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.191251  normal  0.46056 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4012  TetR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 195 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00441742  normal  0.139253 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2728  putative transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 200 aa  57.8  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.427892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 240 aa  57.8  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2480  transcriptional regulator, TetR family  30.14 
 
 		 221 aa  57  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0883171  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  27.4 
 
 		 236 aa  57  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  30.82 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1050  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.361662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  30.82 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  30.82 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0215  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.674801 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  25.84 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4098  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 315 aa  56.2  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1997  TetR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 250 aa  56.2  0.0000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.354177  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0279  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0763  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.756053  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0240  TetR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 281 aa  55.8  0.0000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2840  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4082  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 343 aa  55.5  0.0000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.63573 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2792  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.782155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  25.86 
 
 		 231 aa  55.5  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  25.43 
 
 		 233 aa  54.7  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  26.96 
 
 		 218 aa  54.7  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 		 253 aa  55.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23630  transcriptional regulator  30.22 
 
 		 210 aa  55.1  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.119387 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0628  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 218 aa  54.7  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.504351 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 257 aa  55.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3817  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 223 aa  54.7  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3007  transcriptional regulator, TetR family  33.04 
 
 		 239 aa  54.7  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0040024 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3074  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 192 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3134  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 192 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.641409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5480  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 199 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191465 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3091  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 192 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0742554 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>