274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4056 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_4056  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
209 aa  393  1e-108  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.910923  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  52.48 
 
 
239 aa  187  1e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  41 
 
 
210 aa  130  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  37.81 
 
 
225 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
244 aa  97.1  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
244 aa  97.1  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  35.41 
 
 
234 aa  95.5  5e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  36.19 
 
 
244 aa  93.6  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  31.8 
 
 
230 aa  88.6  6e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  40.26 
 
 
204 aa  88.6  6e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1495  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
200 aa  85.9  4e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.969103  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  41.04 
 
 
218 aa  82.8  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  36.68 
 
 
218 aa  82.4  0.000000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 
211 aa  80.5  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0252  transcriptional regulator, TetR family  42.73 
 
 
221 aa  80.1  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
240 aa  77.4  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
229 aa  73.2  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  33.8 
 
 
228 aa  72  0.000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
285 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0522  transcriptional regulator, TetR family  35.12 
 
 
259 aa  70.9  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0445084 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2997  transcriptional regulator, TetR family  32.02 
 
 
239 aa  70.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00034517  decreased coverage  0.000048455 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 
224 aa  69.7  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  29.8 
 
 
223 aa  69.7  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2916  TetR family transcriptional regulator  42.34 
 
 
216 aa  69.7  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  35.64 
 
 
214 aa  68.9  0.00000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2211  transcriptional regulator, TetR family  32.06 
 
 
211 aa  68.9  0.00000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3395  transcriptional regulator, TetR family  45.1 
 
 
173 aa  68.6  0.00000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.542573  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8156  putative transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 
272 aa  68.6  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  30.88 
 
 
245 aa  67.4  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2285  transcriptional regulator, TetR family  34.69 
 
 
213 aa  67.4  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0732  TetR family transcriptional regulator  38.06 
 
 
210 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3980  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
268 aa  67  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0279  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 
210 aa  67  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0763  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 
210 aa  67  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.756053  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1167  regulatory protein, TetR  32.84 
 
 
227 aa  67.4  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0460  regulatory protein TetR  31.63 
 
 
227 aa  65.9  0.0000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.266812  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1037  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
226 aa  66.2  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.97893  normal  0.250899 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  30.5 
 
 
222 aa  65.5  0.0000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0104  TetR family transcriptional regulator  40.66 
 
 
207 aa  65.5  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000192911 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 
210 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
271 aa  64.7  0.0000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 
221 aa  64.7  0.0000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
242 aa  64.7  0.0000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  30.95 
 
 
258 aa  63.5  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 
224 aa  63.5  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 
250 aa  63.2  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  35.1 
 
 
259 aa  62.8  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0683  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4098  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
315 aa  62.8  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 
212 aa  62  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3445  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 
230 aa  62.4  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0414  transcriptional regulator, TetR family  32.03 
 
 
233 aa  62.4  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
223 aa  62  0.000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0658  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
211 aa  62  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0215  transcriptional regulator, TetR family  34.13 
 
 
246 aa  62  0.000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.674801 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  30.14 
 
 
222 aa  62  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3954  transcriptional regulator, TetR family  34.06 
 
 
183 aa  61.6  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00776564  normal  0.0886939 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1989  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
250 aa  61.6  0.000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0819  transcriptional regulator, TetR family  34.72 
 
 
237 aa  61.2  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1048  transcriptional regulator, TetR family  27.75 
 
 
232 aa  60.5  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0498897  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1702  regulatory protein TetR  40.43 
 
 
199 aa  60.5  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3085  regulatory protein, TetR  30.08 
 
 
223 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.355286  normal  0.26404 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 
239 aa  60.5  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3042  transcriptional regulator, TetR family  37.97 
 
 
202 aa  60.1  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.578311 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
242 aa  60.1  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
267 aa  59.3  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  34.75 
 
 
343 aa  58.9  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4137  putative transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 
263 aa  58.9  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0181128  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 
235 aa  58.9  0.00000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6218  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 
278 aa  58.9  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  32.7 
 
 
304 aa  58.5  0.00000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  32.95 
 
 
315 aa  58.5  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5716  transcriptional regulator, TetR family  57.69 
 
 
255 aa  58.5  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.831325 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5105  transcriptional regulator, TetR family  30.54 
 
 
223 aa  58.2  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000423081  normal  0.55194 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1770  TetR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
250 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 
218 aa  57.4  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1817  TetR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
250 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.882667 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1751  TetR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
250 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26640  transcriptional regulator, tetR family  37.4 
 
 
215 aa  58.2  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.062936  normal  0.0737104 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3268  putative transcriptional regulator, GntR family  34 
 
 
293 aa  57.8  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3346  regulatory protein, TetR  34.09 
 
 
262 aa  57.8  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.213794  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2480  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 
221 aa  57.4  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0883171  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5113  putative transcriptional regulator  33.82 
 
 
182 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3270  transcriptional regulator, TetR family  31.3 
 
 
225 aa  57  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8331  normal  0.0947304 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  33.09 
 
 
240 aa  57  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4355  TetR family transcriptional regulator  26.73 
 
 
244 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.589486  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2911  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
248 aa  56.6  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3273  Tetracyclin repressor domain protein  31.37 
 
 
213 aa  56.2  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.120229  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  32.45 
 
 
268 aa  56.6  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  28.44 
 
 
220 aa  56.6  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2420  regulatory protein TetR  34.46 
 
 
190 aa  56.6  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000385349  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4873  transcriptional regulator  33.09 
 
 
182 aa  55.8  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5244  transcriptional regulator  33.09 
 
 
182 aa  55.8  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  47.14 
 
 
223 aa  56.2  0.0000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6418  transcriptional regulator, TetR family  27.6 
 
 
259 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23630  transcriptional regulator  29.3 
 
 
210 aa  55.8  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.119387 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5425  putative transcriptional regulator, TetR family  53.85 
 
 
272 aa  55.8  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4012  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
195 aa  55.5  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00441742  normal  0.139253 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5151  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 
185 aa  55.5  0.0000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.687993  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1404  hypothetical protein  25.69 
 
 
227 aa  55.1  0.0000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.245587  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>