234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3346 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_3346  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 262 aa  514  1.0000000000000001e-145  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.213794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3568  TetR family transcriptional regulator  70.16 
 
 		 253 aa  330  2e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2560  TetR family transcriptional regulator  56.45 
 
 		 272 aa  269  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.283011  normal  0.208167 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4078  TetR family transcriptional regulator  55.2 
 
 		 269 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.152777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5652  transcriptional regulator, TetR family  49.81 
 
 		 283 aa  244  8e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4456  transcriptional regulator, TetR family  61.02 
 
 		 258 aa  239  2.9999999999999997e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.162192 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4066  putative transcriptional regulator, TetR family  49.6 
 
 		 253 aa  238  9e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal  0.272387 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3400  transcriptional regulator, TetR family  54.07 
 
 		 248 aa  223  3e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.160802  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4687  transcriptional regulator, TetR family  47.27 
 
 		 259 aa  216  4e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2911  TetR family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 248 aa  195  7e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0897  transcriptional regulator, TetR family  43.9 
 
 		 265 aa  181  1e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2698  Tetracyclin repressor domain protein  43.67 
 
 		 239 aa  176  2e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1632  transcriptional regulator, TetR family  37.41 
 
 		 310 aa  163  2.0000000000000002e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.275496  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5716  transcriptional regulator, TetR family  38.11 
 
 		 255 aa  155  4e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.831325 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2430  transcriptional regulator, TetR family  38.31 
 
 		 252 aa  148  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.522174  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3140  TetR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 250 aa  142  7e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.852276  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3202  TetR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 250 aa  142  7e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.437074 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3152  TetR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 250 aa  142  7e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.840022 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4137  putative transcriptional regulator, TetR family  36.61 
 
 		 263 aa  139  6e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0181128  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  36.96 
 
 		 268 aa  137  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5425  putative transcriptional regulator, TetR family  38.84 
 
 		 272 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3530  transcriptional regulator, TetR family  34.88 
 
 		 267 aa  135  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0209016  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  39.75 
 
 		 315 aa  128  8.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7747  putative transcriptional regulator  34.57 
 
 		 342 aa  126  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.117612  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2060  transcriptional regulator, TetR family  32.68 
 
 		 266 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.158127 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8156  putative transcriptional regulator, TetR family  32.2 
 
 		 272 aa  117  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2193  regulatory protein TetR  41.77 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00970434  hitchhiker  0.00792169 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3268  putative transcriptional regulator, GntR family  36.86 
 
 		 293 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5957  transcriptional regulator, TetR family  34.85 
 
 		 229 aa  107  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.769485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3083  regulatory protein TetR  32.78 
 
 		 248 aa  106  4e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.143154  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0092  GntR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 330 aa  105  6e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00320  transcriptional regulator, tetR family  37.35 
 
 		 256 aa  104  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.48619  normal  0.068604 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1574  transcriptional regulator, TetR family  34.96 
 
 		 258 aa  103  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0240  TetR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 281 aa  102  9e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4362  regulatory protein, TetR  32.82 
 
 		 256 aa  101  1e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1460  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 249 aa  101  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0801  transcriptional regulator, TetR family  33.95 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1669  transcriptional regulator, TetR family  33.47 
 
 		 255 aa  99  6e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.269764  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9231  tetR-family regulatory protein  31.69 
 
 		 247 aa  98.6  8e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484933  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4845  putative transcriptional regulator, TetR family  33.05 
 
 		 230 aa  97.8  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1965  transcriptional regulator, TetR family  34.45 
 
 		 234 aa  97.4  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.66981  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2404  transcriptional regulator, TetR family  31.93 
 
 		 247 aa  96.3  5e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0783886 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 343 aa  95.9  6e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3007  transcriptional regulator, TetR family  33.93 
 
 		 239 aa  95.5  7e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0040024 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5556  transcriptional regulator, GntR family  32.38 
 
 		 311 aa  94.7  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1050  TetR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 238 aa  93.2  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.361662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  35.1 
 
 		 223 aa  93.2  4e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4098  TetR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 315 aa  90.5  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30920  transcriptional regulator, tetR family  32.64 
 
 		 266 aa  91.3  2e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5853  transcriptional regulator, TetR family  34.06 
 
 		 258 aa  89.7  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.389129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  29.15 
 
 		 268 aa  88.6  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  32.59 
 
 		 247 aa  86.7  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1694  transcriptional regulator, TetR family  30.25 
 
 		 252 aa  85.9  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.239761 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6279  transcriptional regulator, TetR family  33.88 
 
 		 235 aa  85.5  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.993212 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 		 249 aa  84.7  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 229 aa  83.6  0.000000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4763  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 		 252 aa  84  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000323039  decreased coverage  0.0000700922 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4082  transcriptional regulator, TetR family  31.2 
 
 		 343 aa  83.2  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.63573 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2727  transcriptional regulator, TetR family  33.05 
 
 		 264 aa  82.8  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 242 aa  81.3  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1527  transcriptional regulator, TetR family  33.47 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.413191  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 233 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2052  putative transcriptional regulator, TetR family  33.19 
 
 		 241 aa  79  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.654374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1315  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.156581 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 271 aa  77.8  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1468  transcriptional regulator, TetR family  28.78 
 
 		 283 aa  75.5  0.0000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8685  Tetracyclin repressor domain protein  34.67 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  33.09 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  30.63 
 
 		 224 aa  75.1  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3817  transcriptional regulator, TetR family  34.17 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  34.06 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0252  transcriptional regulator, TetR family  35.61 
 
 		 221 aa  73.9  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 223 aa  73.6  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  36.18 
 
 		 214 aa  73.2  0.000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  40.71 
 
 		 218 aa  73.2  0.000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  27.39 
 
 		 234 aa  71.6  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  27.83 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  30.36 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  28.63 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  32.06 
 
 		 245 aa  68.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0672  transcriptional regulator, TetR family  33.06 
 
 		 257 aa  68.2  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.607833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  33.04 
 
 		 220 aa  67.4  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  38.3 
 
 		 228 aa  67  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1711  regulatory protein TetR  27.31 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.539832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  26.34 
 
 		 272 aa  66.6  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 257 aa  66.6  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4188  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 256 aa  66.2  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3445  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0460  regulatory protein TetR  30.34 
 
 		 227 aa  65.9  0.0000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.266812  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3980  TetR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 268 aa  65.5  0.0000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4458  transcriptional regulator, TetR family  30.59 
 
 		 263 aa  65.5  0.0000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0794126 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  26.85 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  26.18 
 
 		 222 aa  63.5  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2453  transcriptional regulator, TetR family  33.61 
 
 		 223 aa  63.5  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.106386  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5933  regulatory protein TetR  34.56 
 
 		 250 aa  61.6  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.164219 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>