More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0215 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0215  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
246 aa  496  1e-139  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.674801 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10210  transcriptional regulator  62.45 
 
 
272 aa  317  9e-86  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.0650558 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  34.67 
 
 
218 aa  110  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 
221 aa  96.7  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 
234 aa  89  7e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
244 aa  85.5  8e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 
211 aa  85.1  9e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
244 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
244 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  29.49 
 
 
228 aa  81.6  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 
230 aa  80.5  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4458  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 
263 aa  80.5  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0794126 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2683  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
218 aa  80.1  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0104  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 
207 aa  79.3  0.00000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000192911 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 
223 aa  78.2  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0819  transcriptional regulator, TetR family  31.08 
 
 
237 aa  77  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  26.72 
 
 
224 aa  76.3  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  29.39 
 
 
222 aa  76.3  0.0000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  25.65 
 
 
222 aa  75.9  0.0000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  34.96 
 
 
204 aa  75.9  0.0000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  32.72 
 
 
268 aa  74.7  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 
259 aa  75.1  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2480  transcriptional regulator, TetR family  31.32 
 
 
221 aa  75.1  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0883171  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1315  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 
255 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.156581 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 
214 aa  72  0.000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  30.18 
 
 
239 aa  72.4  0.000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  30.49 
 
 
220 aa  71.2  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
250 aa  70.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  27.06 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 
218 aa  70.1  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  26.96 
 
 
212 aa  70.1  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  26.25 
 
 
239 aa  69.7  0.00000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2211  transcriptional regulator, TetR family  24.43 
 
 
211 aa  69.7  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1048  transcriptional regulator, TetR family  26.48 
 
 
232 aa  68.9  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0498897  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0683  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 
243 aa  68.6  0.00000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0129651  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
235 aa  68.2  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
272 aa  68.2  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  30.08 
 
 
225 aa  67.4  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  27.03 
 
 
224 aa  67  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
285 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  28.03 
 
 
258 aa  66.2  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0040  TetR family transcriptional regulator  24.77 
 
 
211 aa  66.6  0.0000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.970085  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0837  transcriptional regulator, TetR family  27.15 
 
 
238 aa  64.7  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.895795  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  31.01 
 
 
249 aa  64.3  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 
236 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  30.83 
 
 
234 aa  63.2  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4132  transcriptional regulator, TetR family  25.14 
 
 
192 aa  63.5  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.88155  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0279  TetR family transcriptional regulator  28.31 
 
 
210 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0763  TetR family transcriptional regulator  28.31 
 
 
210 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.756053  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1997  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
250 aa  62.4  0.000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.354177  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2378  transcriptional repressor TetR  27.42 
 
 
260 aa  62  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0287531  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4012  TetR family transcriptional regulator  33.04 
 
 
195 aa  61.6  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00441742  normal  0.139253 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1119  transcriptional regulator, TetR family  36.28 
 
 
211 aa  61.6  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.335801 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0628  transcriptional regulator, TetR family  28.83 
 
 
218 aa  61.6  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.504351 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10310  transcriptional regulator, tetR family  30.85 
 
 
230 aa  60.5  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4137  putative transcriptional regulator, TetR family  26.87 
 
 
263 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0181128  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 
218 aa  60.5  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0732  TetR family transcriptional regulator  27.71 
 
 
210 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1632  Tetracyclin repressor domain protein  28.24 
 
 
207 aa  60.5  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0188717 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  30 
 
 
225 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  30 
 
 
225 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1602  transcriptional regulator  30.33 
 
 
208 aa  60.5  0.00000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0331088  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  25.83 
 
 
242 aa  60.1  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  30 
 
 
225 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 
210 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1495  TetR family transcriptional regulator  27.62 
 
 
200 aa  59.7  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.969103  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  26.17 
 
 
240 aa  59.3  0.00000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2060  transcriptional regulator, TetR family  27.48 
 
 
266 aa  59.3  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.158127 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  27 
 
 
245 aa  59.3  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4078  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 
269 aa  58.9  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.152777  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  28.68 
 
 
247 aa  58.9  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  24.73 
 
 
343 aa  58.5  0.00000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4362  regulatory protein, TetR  25.39 
 
 
256 aa  58.5  0.00000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1574  transcriptional regulator, TetR family  29.91 
 
 
258 aa  58.5  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1404  hypothetical protein  28.32 
 
 
227 aa  58.5  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.245587  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2840  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 
238 aa  57.8  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1460  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 
249 aa  58.5  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0897  transcriptional regulator, TetR family  27.04 
 
 
265 aa  58.2  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2916  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
216 aa  58.2  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1040  regulatory protein TetR  26.22 
 
 
219 aa  57  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.591621  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  26.96 
 
 
223 aa  57.8  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
271 aa  57.4  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3954  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 
183 aa  57.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00776564  normal  0.0886939 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1551  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
225 aa  57  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.209171  normal  0.107881 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23630  transcriptional regulator  25.11 
 
 
210 aa  57  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.119387 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1965  transcriptional regulator, TetR family  24.07 
 
 
234 aa  57.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.66981  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3395  transcriptional regulator, TetR family  34.26 
 
 
173 aa  57  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.542573  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  27.16 
 
 
268 aa  56.6  0.0000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2727  transcriptional regulator, TetR family  29.22 
 
 
264 aa  56.6  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
240 aa  56.2  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0522  transcriptional regulator, TetR family  27.91 
 
 
259 aa  56.2  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0445084 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  25.37 
 
 
257 aa  55.8  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  25.45 
 
 
267 aa  56.2  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3530  transcriptional regulator, TetR family  25.56 
 
 
267 aa  55.8  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0209016  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3400  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 
248 aa  55.8  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.160802  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2792  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 
190 aa  55.8  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.782155  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3625  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
190 aa  55.8  0.0000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.130567  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  28.22 
 
 
205 aa  55.8  0.0000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  47.17 
 
 
203 aa  55.5  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21360  transcriptional regulator, TetR family  28.34 
 
 
206 aa  55.8  0.0000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.127836  normal  0.357603 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>