194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2177 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2177  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 193 aa  390  1e-108  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.191251  normal  0.46056 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1997  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 250 aa  68.9  0.00000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.354177  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2916  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 216 aa  65.9  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  30.13 
 
 		 234 aa  65.5  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  29.93 
 
 		 223 aa  65.5  0.0000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  31.37 
 
 		 343 aa  64.7  0.0000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1119  transcriptional regulator, TetR family  34.81 
 
 		 211 aa  64.3  0.0000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.335801 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  29.66 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2337  transcriptional regulator, TetR family  31.85 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1322  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 173 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  30.07 
 
 		 258 aa  62  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1711  regulatory protein TetR  32 
 
 		 226 aa  60.5  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.539832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0414  transcriptional regulator, TetR family  25.17 
 
 		 233 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6498  transcriptional regulator, TetR family  27.74 
 
 		 246 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  25.6 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  28.14 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 285 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  28.17 
 
 		 228 aa  58.5  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 240 aa  58.2  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  28.17 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  32.77 
 
 		 268 aa  56.6  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  27.34 
 
 		 218 aa  57  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5105  transcriptional regulator, TetR family  29.81 
 
 		 223 aa  56.2  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000423081  normal  0.55194 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5480  TetR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191465 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  26.24 
 
 		 245 aa  55.8  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5638  TetR family transcriptional regulator  20.42 
 
 		 238 aa  55.5  0.0000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.491763  normal  0.336395 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3817  transcriptional regulator, TetR family  39.78 
 
 		 223 aa  55.5  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 		 249 aa  55.1  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 250 aa  54.7  0.0000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  38.36 
 
 		 214 aa  54.7  0.0000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 271 aa  54.3  0.0000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8156  putative transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 272 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 244 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 244 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  25.69 
 
 		 224 aa  54.3  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  26.76 
 
 		 218 aa  53.5  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 244 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2698  Tetracyclin repressor domain protein  28.97 
 
 		 239 aa  52.4  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0104  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 207 aa  52.4  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000192911 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 229 aa  51.6  0.000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2976  regulatory protein TetR  28.78 
 
 		 199 aa  51.6  0.000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  26.76 
 
 		 221 aa  51.6  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23630  transcriptional regulator  36.5 
 
 		 210 aa  51.2  0.000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.119387 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  24.3 
 
 		 253 aa  50.8  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1491  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 232 aa  50.8  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.784951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0628  transcriptional regulator, TetR family  32.63 
 
 		 218 aa  50.4  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.504351 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  34.33 
 
 		 272 aa  50.1  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 235 aa  49.3  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2604  transcriptional regulator, TetR family  40.58 
 
 		 195 aa  49.7  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0252  transcriptional regulator, TetR family  37.68 
 
 		 221 aa  49.3  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0460  regulatory protein TetR  25.49 
 
 		 227 aa  48.9  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.266812  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6339  transcriptional regulator, TetR family  27.06 
 
 		 225 aa  48.9  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1167  regulatory protein, TetR  30.3 
 
 		 227 aa  48.5  0.00006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1037  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 226 aa  48.5  0.00006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.97893  normal  0.250899 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 		 218 aa  48.5  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  29.8 
 
 		 220 aa  48.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 257 aa  48.5  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  27.95 
 
 		 304 aa  48.1  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1495  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 200 aa  48.1  0.00009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.969103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2626  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 188 aa  47.8  0.00009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2211  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 211 aa  47.8  0.00009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19280  transcriptional regulator  29.56 
 
 		 235 aa  47.4  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.28299  normal  0.286722 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3267  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 188 aa  47.8  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  32.76 
 
 		 196 aa  47.8  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1551  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 225 aa  47.4  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.209171  normal  0.107881 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3353  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 190 aa  47.4  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4216  putative transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 		 212 aa  47.4  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00833872  hitchhiker  0.000365538 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2683  TetR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 218 aa  47.4  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2911  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 248 aa  47.8  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.109038 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4781  transcriptional regulator, TetR family  25.85 
 
 		 228 aa  46.6  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.809331  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0040  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 211 aa  47  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.970085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4362  regulatory protein, TetR  28.57 
 
 		 256 aa  47  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 267 aa  46.6  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  27.61 
 
 		 315 aa  47  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4047  transcriptional regulator, TetR family  33.81 
 
 		 231 aa  47  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0559  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 215 aa  45.8  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  25.35 
 
 		 234 aa  46.2  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1989  TetR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 250 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0832  Tetracyclin repressor domain protein  27.5 
 
 		 204 aa  46.2  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 242 aa  46.2  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0585  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 215 aa  45.8  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.581317 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  25.35 
 
 		 223 aa  46.2  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 222 aa  46.2  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2597  hypothetical protein  26.04 
 
 		 222 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.323808  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4284  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 223 aa  45.8  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.620259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  24.5 
 
 		 225 aa  45.8  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21360  transcriptional regulator, TetR family  30.14 
 
 		 206 aa  45.4  0.0005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.127836  normal  0.357603 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11383  transcriptional regulator  27.52 
 
 		 261 aa  45.4  0.0005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.900966 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0683  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 243 aa  45.1  0.0006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0129651  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0215  transcriptional regulator, TetR family  26.59 
 
 		 246 aa  45.4  0.0006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.674801 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3985  hypothetical protein  32.65 
 
 		 228 aa  44.7  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.997476 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3539  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 203 aa  45.1  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.318561 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  23.68 
 
 		 234 aa  45.1  0.0007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2404  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 247 aa  44.7  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0783886 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  23.97 
 
 		 249 aa  44.3  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0144  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 181 aa  44.3  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 257 aa  44.3  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6279  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 235 aa  43.9  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.993212 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4564  nucleoid occlusion protein  29.29 
 
 		 197 aa  44.3  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000269162  unclonable  0.0000000294752 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>