179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1122 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 242 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  90.91 
 
 		 242 aa  351  5e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  74.88 
 
 		 243 aa  285  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  74.88 
 
 		 243 aa  285  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  70.26 
 
 		 243 aa  285  5e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  78.42 
 
 		 191 aa  270  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 205 aa  171  5.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  43.29 
 
 		 196 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 195 aa  115  8.999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 201 aa  107  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  35.54 
 
 		 200 aa  102  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 194 aa  95.1  9e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 		 195 aa  92.8  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 210 aa  90.1  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  36.78 
 
 		 205 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 205 aa  86.3  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 203 aa  85.9  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  32.05 
 
 		 196 aa  84.7  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  32.72 
 
 		 208 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 204 aa  82  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  31.64 
 
 		 207 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  31.64 
 
 		 207 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 207 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  25.87 
 
 		 205 aa  76.3  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  33.33 
 
 		 222 aa  76.3  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 		 193 aa  75.5  0.0000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 204 aa  75.5  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  28.9 
 
 		 201 aa  73.9  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  32.1 
 
 		 200 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  31.45 
 
 		 204 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 205 aa  73.2  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 211 aa  69.7  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  29.63 
 
 		 204 aa  69.3  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 205 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 205 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  26.87 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  30.86 
 
 		 200 aa  68.6  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3517  trancscriptional regulator MtrR, putative  26.97 
 
 		 197 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178393  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  26.87 
 
 		 205 aa  67.8  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 209 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2324  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 		 195 aa  66.6  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 202 aa  65.5  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 202 aa  64.3  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  30.37 
 
 		 204 aa  65.1  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  24.63 
 
 		 205 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0359  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 193 aa  63.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.717722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  29.23 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 205 aa  61.6  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  25.37 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 204 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 205 aa  57.8  0.0000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  28.15 
 
 		 205 aa  57  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 201 aa  57  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 206 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1963  transcriptional regulator, TetR family  22.04 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000168283 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 208 aa  54.3  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0045  transcriptional regulator  26.35 
 
 		 181 aa  53.1  0.000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0375278  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1788  TetR family transcriptional regulator  21.98 
 
 		 195 aa  52.8  0.000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000202922  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1927  TetR family transcriptional regulator  21.98 
 
 		 195 aa  52.8  0.000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00399738  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 205 aa  52.4  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7736  putative transcriptional regulator, TetR family  31.06 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.97147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2200  putative regulatory protein TetR  32.99 
 
 		 196 aa  50.4  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.841471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 		 223 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5419  TetR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 257 aa  49.3  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1745  TetR family transcriptional regulator  20.97 
 
 		 195 aa  48.9  0.00007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0399082  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0360  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 193 aa  48.9  0.00008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1231  transcriptional regulator, TetR family  36.73 
 
 		 212 aa  48.5  0.00009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.814793  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2853  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 213 aa  48.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.788684  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1440  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 213 aa  48.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0208928 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  30.37 
 
 		 194 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 213 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  26.24 
 
 		 211 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5150  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 204 aa  47.4  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.491017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3775  transcriptional regulator, TetR family  26.26 
 
 		 224 aa  46.6  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  30.14 
 
 		 195 aa  46.6  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 190 aa  47  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_014158  Tpau_0439  transcriptional regulator, TetR family  37.8 
 
 		 180 aa  46.6  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 219 aa  46.6  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
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NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 190 aa  46.6  0.0004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011071  Smal_0199  transcriptional regulator, TetR family  31.38 
 
 		 202 aa  46.2  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.251087  normal  0.943452 
 
 
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NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  23.36 
 
 		 214 aa  46.2  0.0005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008726  Mvan_4572  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 234 aa  45.8  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224675 
 
 
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NC_013510  Tcur_3721  transcriptional regulator, TetR family  30.36 
 
 		 200 aa  45.8  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.522362  n/a   
 
 
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NC_010814  Glov_1045  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 		 203 aa  45.8  0.0006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00830488  n/a   
 
 
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NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 219 aa  45.8  0.0007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
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NC_010172  Mext_4342  regulatory protein TetR  44.44 
 
 		 186 aa  45.4  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.525641  normal  1 
 
 
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NC_010622  Bphy_0543  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 203 aa  45.8  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.889127 
 
 
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NC_011757  Mchl_4711  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 186 aa  45.4  0.0008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.492793  normal  1 
 
 
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NC_013093  Amir_1603  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 189 aa  45.4  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0115969  n/a   
 
 
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NC_009664  Krad_2037  transcriptional regulator, TetR family  41.43 
 
 		 234 aa  45.4  0.0008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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