271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4220 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 204 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  79.41 
 
 		 204 aa  343  7e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  80.1 
 
 		 204 aa  340  7e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  70.59 
 
 		 211 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  73.74 
 
 		 203 aa  295  2e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  71.21 
 
 		 203 aa  293  8e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  51.32 
 
 		 205 aa  203  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 205 aa  192  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  50.25 
 
 		 200 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 201 aa  187  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  41.33 
 
 		 196 aa  178  4e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 201 aa  156  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  42.35 
 
 		 208 aa  156  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  39.89 
 
 		 201 aa  156  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  41.45 
 
 		 202 aa  148  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  40.41 
 
 		 207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  40.41 
 
 		 207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  40.41 
 
 		 202 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 204 aa  131  7.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 209 aa  131  7.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 224 aa  95.9  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 204 aa  95.5  4e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 205 aa  95.1  7e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  31.89 
 
 		 195 aa  93.2  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 205 aa  92.8  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 205 aa  92.8  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 205 aa  92.8  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 205 aa  92.4  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  31.91 
 
 		 204 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 206 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 205 aa  90.9  1e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  30.91 
 
 		 202 aa  90.5  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  32.32 
 
 		 205 aa  89.4  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 205 aa  89.4  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 205 aa  88.6  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 205 aa  88.2  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 196 aa  87.8  9e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  28.4 
 
 		 204 aa  87.4  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  30.5 
 
 		 204 aa  87  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 207 aa  86.3  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 204 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 205 aa  85.1  6e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 204 aa  85.1  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 205 aa  85.1  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
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NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
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NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  29.2 
 
 		 204 aa  80.5  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 195 aa  80.5  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 208 aa  78.2  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
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NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  27.54 
 
 		 205 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 204 aa  75.9  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 205 aa  73.9  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  29.68 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  27.81 
 
 		 222 aa  70.9  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 200 aa  68.9  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
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NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 210 aa  69.3  0.00000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
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NC_009485  BBta_1420  hypothetical protein  41.86 
 
 		 101 aa  65.1  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57852  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 200 aa  64.7  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2324  transcriptional regulator, TetR family  32.92 
 
 		 195 aa  64.3  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 194 aa  62  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
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NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 		 242 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 191 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 242 aa  58.2  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  26.78 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0464  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  26.78 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  26.78 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 213 aa  57  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
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NC_003909  BCE_3517  trancscriptional regulator MtrR, putative  21.94 
 
 		 197 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178393  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2856  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 194 aa  55.1  0.0000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.661308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0395  regulatory protein TetR  43.86 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0428  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16700  transcriptional regulator  27.65 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 228 aa  53.5  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0612  transcriptional regulator, TetR family  29.58 
 
 		 204 aa  52.8  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1590  TetR family transcriptional regulator  21.69 
 
 		 192 aa  52.8  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 228 aa  52  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 217 aa  52  0.000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1984  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 196 aa  52  0.000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  25.67 
 
 		 211 aa  51.6  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0359  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 193 aa  51.6  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.717722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 223 aa  51.6  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 221 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2441  TetR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 217 aa  50.8  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.429129  normal  0.59735 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1327  TetR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 191 aa  51.2  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385081  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  28.39 
 
 		 242 aa  50.4  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 233 aa  50.4  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  32.45 
 
 		 216 aa  50.1  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1156  transcriptional regulator, TetR family  33.96 
 
 		 227 aa  50.1  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 211 aa  49.7  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3984  transcriptional regulator, TetR family  27.5 
 
 		 200 aa  49.7  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.562971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 211 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 195 aa  49.3  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 211 aa  49.3  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  27.66 
 
 		 211 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 211 aa  48.9  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 211 aa  48.9  0.00005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 203 aa  48.9  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  32.56 
 
 		 205 aa  48.9  0.00005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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