More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1083 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 203 aa  421  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  80 
 
 		 204 aa  324  6e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  73.74 
 
 		 204 aa  311  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  73.89 
 
 		 204 aa  311  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  75.13 
 
 		 211 aa  308  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  71.36 
 
 		 203 aa  300  7.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  51.32 
 
 		 205 aa  204  7e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 205 aa  201  5e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  52.31 
 
 		 200 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  51.58 
 
 		 201 aa  195  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  42.56 
 
 		 196 aa  191  6e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  43.09 
 
 		 201 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  43.37 
 
 		 208 aa  161  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  43.15 
 
 		 202 aa  159  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  42.5 
 
 		 202 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  42.41 
 
 		 207 aa  152  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  42.41 
 
 		 207 aa  152  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 209 aa  149  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 201 aa  141  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 204 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 205 aa  96.7  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 204 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 205 aa  96.3  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 205 aa  96.3  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 205 aa  96.3  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 205 aa  95.5  5e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 205 aa  94  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 204 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  30.89 
 
 		 202 aa  93.6  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 195 aa  93.2  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 205 aa  93.6  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 195 aa  90.9  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 205 aa  89.4  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 206 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 196 aa  88.6  6e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  31.09 
 
 		 204 aa  88.2  8e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 205 aa  87.4  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  30.37 
 
 		 205 aa  86.3  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 204 aa  85.9  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 204 aa  85.9  4e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  30.41 
 
 		 204 aa  85.5  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  32.54 
 
 		 205 aa  79.7  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  32.17 
 
 		 204 aa  80.1  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
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NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 		 205 aa  78.6  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  24.85 
 
 		 205 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 193 aa  78.2  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  30.22 
 
 		 205 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
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NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 204 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  31.95 
 
 		 200 aa  76.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 224 aa  73.9  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  30.34 
 
 		 222 aa  74.3  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  30.12 
 
 		 200 aa  72  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  28.04 
 
 		 243 aa  68.2  0.00000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 		 243 aa  68.2  0.00000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 243 aa  68.2  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1420  hypothetical protein  43.59 
 
 		 101 aa  66.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57852  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2324  transcriptional regulator, TetR family  31.41 
 
 		 195 aa  65.5  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3517  trancscriptional regulator MtrR, putative  24.12 
 
 		 197 aa  65.1  0.0000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178393  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 194 aa  65.1  0.0000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 191 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 242 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0464  transcriptional regulator, TetR family  45.9 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  31.93 
 
 		 242 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  29.56 
 
 		 223 aa  58.2  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  26.87 
 
 		 197 aa  57  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0395  regulatory protein TetR  44.07 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0428  transcriptional regulator, TetR family  44.07 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 217 aa  54.7  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  27.22 
 
 		 202 aa  54.3  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1984  TetR family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 196 aa  53.1  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 223 aa  52.4  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  24.02 
 
 		 213 aa  52  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1156  transcriptional regulator, TetR family  28.22 
 
 		 227 aa  51.6  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  21.31 
 
 		 195 aa  50.8  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 199 aa  51.2  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  21.31 
 
 		 195 aa  50.8  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0750  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 236 aa  50.1  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0322855 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1327  TetR family transcriptional regulator  21.31 
 
 		 191 aa  50.4  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385081  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3117  TetR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 248 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  40.26 
 
 		 221 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0359  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 193 aa  49.3  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.717722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 211 aa  49.7  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 228 aa  49.7  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
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NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 204 aa  49.7  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011886  Achl_0724  transcriptional regulator, TetR family  37.65 
 
 		 224 aa  49.7  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0312  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 182 aa  49.3  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  24.48 
 
 		 210 aa  49.3  0.00004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
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NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 211 aa  49.3  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 228 aa  49.3  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
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NC_009338  Mflv_0719  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 209 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 211 aa  48.5  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
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NC_006274  BCZK1745  TetR family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 195 aa  48.5  0.00007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0399082  n/a   
 
 
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NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 211 aa  48.5  0.00007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
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