57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2200 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2200  putative regulatory protein TetR  100 
 
 		 196 aa  388  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.841471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0359  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 193 aa  139  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.717722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  32.1 
 
 		 195 aa  80.9  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0558  TetR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 211 aa  77.4  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.235529  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  27.5 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  27.5 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  28.87 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 191 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 195 aa  59.7  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 205 aa  57.8  0.00000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0045  transcriptional regulator  24.86 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0375278  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 		 205 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 242 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 204 aa  52.4  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 204 aa  52  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 194 aa  51.6  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 242 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 210 aa  50.4  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 204 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 201 aa  48.5  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 203 aa  46.2  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4636  transcriptional regulator, TetR family  34 
 
 		 227 aa  46.6  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.100753  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  24.31 
 
 		 200 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  22.98 
 
 		 207 aa  45.1  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  24.72 
 
 		 193 aa  45.1  0.0007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  25.36 
 
 		 200 aa  44.7  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3517  trancscriptional regulator MtrR, putative  21.64 
 
 		 197 aa  44.7  0.0008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178393  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7113  TetR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 240 aa  44.7  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3894  regulatory protein TetR  33.91 
 
 		 206 aa  43.9  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0153  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 205 aa  44.3  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10564  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 205 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 205 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 205 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  26.87 
 
 		 207 aa  44.3  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  26.87 
 
 		 207 aa  44.3  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1591  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 215 aa  43.5  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.194821 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2316  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 234 aa  43.1  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  24.64 
 
 		 200 aa  43.5  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  21.03 
 
 		 205 aa  43.1  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  22.09 
 
 		 204 aa  43.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 203 aa  42.4  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  22.29 
 
 		 204 aa  42.4  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 205 aa  42.4  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 205 aa  42.4  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 206 aa  42.4  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0059  TetR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 186 aa  42.4  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 209 aa  42.4  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 211 aa  42  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3011  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 214 aa  42  0.006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0859343 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  21.66 
 
 		 205 aa  42  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1344  transcriptional regulator, TetR family  34.92 
 
 		 205 aa  41.6  0.008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.592645 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 205 aa  41.6  0.008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 205 aa  41.6  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4127  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 181 aa  41.2  0.009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1961  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 213 aa  41.2  0.01  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.310052  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  21.66 
 
 		 205 aa  41.2  0.01  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>