More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1961 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1961  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 213 aa  433  1e-121  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.310052  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2525  transcriptional regulator, TetR family  71.7 
 
 		 214 aa  307  5.9999999999999995e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46290  TetR family transcriptional regulator  68.1 
 
 		 210 aa  290  8e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0128988  normal  0.0344421 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0914  transcriptional regulatory protein  67.65 
 
 		 210 aa  286  2e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.626019  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3182  TetR family transcriptional regulator  68.75 
 
 		 216 aa  286  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.86361 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4856  TetR family transcriptional regulator  68.54 
 
 		 219 aa  279  3e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3937  transcriptional regulatory protein  67.16 
 
 		 210 aa  275  3e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0235  TetR family transcriptional regulator  65.22 
 
 		 225 aa  272  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4758  TetR family transcriptional regulator  63.77 
 
 		 210 aa  271  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.939945 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4852  TetR family transcriptional regulator  64.25 
 
 		 225 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5445  TetR family transcriptional regulator  64.25 
 
 		 225 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5417  TetR family transcriptional regulator  64.25 
 
 		 225 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.618934  decreased coverage  0.00324744 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5303  TetR family transcriptional regulator  63.29 
 
 		 210 aa  267  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.444335 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4689  TetR family transcriptional regulator  66.84 
 
 		 243 aa  263  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3882  transcriptional regulator, TetR family  67.63 
 
 		 210 aa  261  8e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3393  TetR family transcriptional regulator  59.31 
 
 		 263 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158575  normal  0.446109 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0961  TetR family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 218 aa  233  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4876  transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 		 209 aa  90.1  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2647  TetR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 74 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0820  putative transcription regulator protein  48.31 
 
 		 225 aa  77.4  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2011  transcriptional regulator, TetR family  39.41 
 
 		 203 aa  77.4  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.542781  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1079  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 215 aa  76.6  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1677  transcriptional regulator, TetR family  39.41 
 
 		 203 aa  77.4  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.786941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0153  TetR family transcriptional regulator  63.93 
 
 		 205 aa  76.6  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10564  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1939  TetR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 257 aa  76.3  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0300  TetR family transcriptional regulator  66.1 
 
 		 214 aa  75.9  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  0.297799 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4307  TetR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 214 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1359  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 218 aa  74.3  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5420  TetR family transcriptional regulator  59.68 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.66162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4218  transcriptional regulator, TetR family  62.07 
 
 		 208 aa  72  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566415  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3134  TetR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 220 aa  72  0.000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.471149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1845  TetR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 237 aa  71.6  0.000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  32.51 
 
 		 204 aa  71.2  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0850  TetR family transcriptional regulator  60 
 
 		 209 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0204358 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6209  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 208 aa  71.2  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3501  TetR family transcriptional regulator  58.46 
 
 		 209 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.191946  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4865  TetR family transcriptional regulator  58.46 
 
 		 209 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2408  transcriptional regulator, TetR family  51.67 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.616889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0795  TetR family transcriptional regulator  61.11 
 
 		 219 aa  69.3  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0794  TetR family transcriptional regulator  61.11 
 
 		 205 aa  68.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2011  transcriptional regulator, TetR family  52.17 
 
 		 213 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.27798 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1942  TetR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 253 aa  67  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.338038  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1844  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 242 aa  67  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000808903 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1825  TetR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 198 aa  66.6  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5134  TetR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 198 aa  65.5  0.0000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5515  TetR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 195 aa  65.5  0.0000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.674737 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5223  TetR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 195 aa  65.5  0.0000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0498  TetR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 208 aa  64.3  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0525706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1526  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 208 aa  64.3  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0534186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4820  transcriptional regulator, TetR family  41.33 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.353068 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1272  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 176 aa  62.8  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.388296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1314  transcriptional regulator, TetR family  34.82 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.2142  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3341  TetR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 210 aa  62  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.113479  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1637  transcriptional regulator, TetR family  52.54 
 
 		 227 aa  62  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0178246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0543  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 203 aa  62  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.889127 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0973  TetR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 199 aa  61.2  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.342069 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1473  transcriptional regulator, TetR family  39.77 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.245471  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3465  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 217 aa  60.1  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0955  TetR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1093  TetR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0694796  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00530  transcriptional regulator  39.02 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0815  transcriptional regulator, TetR family  35.65 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0239  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 229 aa  58.9  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2968  TetR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.305044  normal  0.85525 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0032  transcriptional regulator, TetR family  49.15 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0521  putative transcriptional regulator, TetR family  48.28 
 
 		 215 aa  58.2  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0143  transcriptional regulator  46.55 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5773  transcriptional regulator TetR family  45.16 
 
 		 208 aa  58.2  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 205 aa  57  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7032  transcriptional regulator TetR family  32.65 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3251  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.831278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1981  TetR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.992174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1734  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0246488  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1892  TetR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000800916  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5773  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6138  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.890581 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7672  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 198 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.245363  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6881  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0734971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1493  transcriptional regulator, TetR family  32.81 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127102 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  35.35 
 
 		 258 aa  55.1  0.0000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3508  regulatory protein, TetR  36.67 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0988004  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2672  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 208 aa  54.3  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1551  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 221 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0133  transcriptional regulator, TetR family  40.68 
 
 		 218 aa  54.7  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6278  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 221 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.185779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4953  TetR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 184 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.281079  normal  0.71404 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2342  regulatory protein, TetR  42.37 
 
 		 216 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1323  TetR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 207 aa  53.9  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0966  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00645846  normal  0.836206 
 
 
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NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  28.25 
 
 		 287 aa  53.1  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
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NC_004578  PSPTO_4064  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 196 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.528803  n/a   
 
 
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NC_012850  Rleg_0137  transcriptional regulator, TetR family  38.98 
 
 		 217 aa  52.4  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009667  Oant_1673  TetR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 216 aa  52  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.947806  n/a   
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6770  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 220 aa  52  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_2751  putative transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 229 aa  52.4  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0359606 
 
 
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NC_012917  PC1_1451  transcriptional regulator, TetR family  50.98 
 
 		 428 aa  52  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 223 aa  52  0.000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009077  Mjls_4191  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 236 aa  52  0.000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.513173  normal  1 
 
 
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NC_011899  Hore_08440  transcriptional regulator, TetR family  52.27 
 
 		 190 aa  51.6  0.000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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