More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1825 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1825  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
198 aa  399  9.999999999999999e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1845  TetR family transcriptional regulator  52.04 
 
 
237 aa  197  7.999999999999999e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6209  transcriptional regulator, TetR family  35.53 
 
 
208 aa  112  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0955  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
218 aa  92  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4876  transcriptional regulator, TetR family  33.67 
 
 
209 aa  85.1  6e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217727  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0820  putative transcription regulator protein  34.33 
 
 
225 aa  84  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0815  transcriptional regulator, TetR family  34.64 
 
 
207 aa  83.2  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1359  TetR family transcriptional regulator  48.35 
 
 
218 aa  83.2  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  44.9 
 
 
204 aa  80.1  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1942  TetR family transcriptional regulator  54.29 
 
 
253 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.338038  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2011  transcriptional regulator, TetR family  45.63 
 
 
213 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.27798 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1079  TetR family transcriptional regulator  53.62 
 
 
215 aa  78.6  0.00000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0850  TetR family transcriptional regulator  55.38 
 
 
209 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0204358 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4307  TetR family transcriptional regulator  43.88 
 
 
214 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188393  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5420  TetR family transcriptional regulator  55.38 
 
 
202 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.66162  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1939  TetR family transcriptional regulator  52.05 
 
 
257 aa  76.3  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3501  TetR family transcriptional regulator  53.85 
 
 
209 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.191946  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4865  TetR family transcriptional regulator  53.85 
 
 
209 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0300  TetR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
214 aa  74.3  0.0000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  0.297799 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2011  transcriptional regulator, TetR family  46.07 
 
 
203 aa  74.3  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.542781  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0795  TetR family transcriptional regulator  59.26 
 
 
219 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1677  transcriptional regulator, TetR family  46.07 
 
 
203 aa  74.3  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.786941  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0794  TetR family transcriptional regulator  59.26 
 
 
205 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3182  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
216 aa  72.8  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.86361 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4218  transcriptional regulator, TetR family  53.85 
 
 
208 aa  72.4  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566415  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3134  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
220 aa  72.4  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.471149  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0543  TetR family transcriptional regulator  51.61 
 
 
203 aa  72  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.889127 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46290  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
210 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0128988  normal  0.0344421 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3937  transcriptional regulatory protein  28.57 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2525  transcriptional regulator, TetR family  38.83 
 
 
214 aa  71.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0153  TetR family transcriptional regulator  44.94 
 
 
205 aa  70.9  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10564  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3508  regulatory protein, TetR  27.57 
 
 
200 aa  70.5  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0988004  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0498  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
208 aa  69.3  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0525706  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4820  transcriptional regulator, TetR family  30.36 
 
 
203 aa  69.7  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.353068 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4856  TetR family transcriptional regulator  41.58 
 
 
219 aa  68.9  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633474  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2647  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
74 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3882  transcriptional regulator, TetR family  36.79 
 
 
210 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2408  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 
239 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.616889  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0914  transcriptional regulatory protein  37.62 
 
 
210 aa  67  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.626019  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1961  TetR family transcriptional regulator  53.33 
 
 
213 aa  66.6  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.310052  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2968  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
209 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.305044  normal  0.85525 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1844  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
242 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000808903 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0235  TetR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
225 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0961  TetR family transcriptional regulator  53.33 
 
 
218 aa  64.7  0.0000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4758  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
210 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.939945 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5515  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
195 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.674737 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0118  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 
222 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5134  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
198 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0121  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
202 aa  64.3  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5223  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
195 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4689  TetR family transcriptional regulator  50.85 
 
 
243 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0973  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 
199 aa  63.2  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.342069 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5303  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
210 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.444335 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4331  TetR family transcriptional regulator  46.97 
 
 
220 aa  62.8  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0032  transcriptional regulator, TetR family  38.57 
 
 
210 aa  62.4  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4852  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
225 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651579  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0239  TetR family transcriptional regulator  25.23 
 
 
229 aa  62.4  0.000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1892  TetR family transcriptional regulator  56.36 
 
 
192 aa  61.6  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000800916  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1272  transcriptional regulator, TetR family  57.41 
 
 
176 aa  61.6  0.000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.388296  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0108  TetR family transcriptional regulator  42.67 
 
 
222 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
205 aa  61.2  0.000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5445  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
225 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5417  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
225 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.618934  decreased coverage  0.00324744 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0132  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
222 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2548  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
236 aa  60.8  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000000944763  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1314  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 
201 aa  60.8  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.2142  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00530  transcriptional regulator  38.81 
 
 
212 aa  60.8  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1093  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 
217 aa  60.5  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0694796  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1637  transcriptional regulator, TetR family  46.77 
 
 
227 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0178246  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2937  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 
222 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0118  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 
222 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.980303  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4406  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 
223 aa  59.7  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.732992  normal  0.0232179 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3298  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 
222 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2751  putative transcriptional regulator, TetR family  44.29 
 
 
229 aa  59.3  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0359606 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7032  transcriptional regulator TetR family  28.43 
 
 
215 aa  59.7  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1734  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 
207 aa  59.7  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0246488  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2836  transcriptional regulator, TetR family  44.64 
 
 
207 aa  58.9  0.00000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00562159  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1473  transcriptional regulator, TetR family  44.83 
 
 
207 aa  58.9  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.245471  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0167  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
213 aa  58.5  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0521  putative transcriptional regulator, TetR family  38.67 
 
 
215 aa  58.5  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0966  transcriptional regulator, TetR family  35.16 
 
 
218 aa  58.5  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00645846  normal  0.836206 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3465  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
217 aa  58.2  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0995  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
192 aa  58.2  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0143  transcriptional regulator  43.55 
 
 
264 aa  57.4  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_014158  Tpau_3943  transcriptional regulator, TetR family  36.9 
 
 
218 aa  57.8  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.938406  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3393  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 
263 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158575  normal  0.446109 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3251  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
219 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.831278  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0133  transcriptional regulator, TetR family  43.08 
 
 
218 aa  57  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.440249 
 
 
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NC_007974  Rmet_3816  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
231 aa  57  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_013441  Gbro_1996  regulatory protein TetR  43.28 
 
 
215 aa  56.2  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  35.19 
 
 
230 aa  55.1  0.0000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_007952  Bxe_B2672  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 
208 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009832  Spro_1526  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 
208 aa  54.3  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0534186  normal 
 
 
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NC_013131  Caci_8864  transcriptional regulator, TetR family  32.47 
 
 
202 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
206 aa  54.3  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  28.03 
 
 
206 aa  53.1  0.000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_012850  Rleg_0137  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 
217 aa  53.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  37.68 
 
 
258 aa  53.9  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
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NC_013501  Rmar_1776  transcriptional regulator, TetR family  28.47 
 
 
218 aa  53.9  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0293549  n/a   
 
 
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NC_008705  Mkms_1415  TetR family transcriptional regulator  23.12 
 
 
224 aa  53.1  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
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