More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1358 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 211 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  70.59 
 
 		 204 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  70.53 
 
 		 204 aa  302  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  75.13 
 
 		 203 aa  300  1e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  72.86 
 
 		 204 aa  299  2e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  67.82 
 
 		 203 aa  286  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  51.61 
 
 		 205 aa  201  6e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  51.08 
 
 		 205 aa  194  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  54.1 
 
 		 201 aa  192  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  52.28 
 
 		 200 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  43.88 
 
 		 196 aa  188  5e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  41.75 
 
 		 201 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  45.21 
 
 		 208 aa  156  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 202 aa  150  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  43.55 
 
 		 207 aa  149  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 207 aa  149  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 		 202 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  47.45 
 
 		 209 aa  144  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 201 aa  138  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 204 aa  123  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 205 aa  106  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 202 aa  103  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 205 aa  99  5e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  35.04 
 
 		 204 aa  98.2  8e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 205 aa  96.7  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 205 aa  95.9  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 205 aa  95.9  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 205 aa  95.9  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 205 aa  95.9  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 204 aa  95.1  7e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 205 aa  94.7  8e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  31.18 
 
 		 204 aa  94.4  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 204 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 205 aa  93.2  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  29.02 
 
 		 205 aa  92.4  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 204 aa  91.7  7e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 206 aa  91.3  9e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  31.39 
 
 		 204 aa  91.3  9e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  27.06 
 
 		 205 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 205 aa  90.1  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 204 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 207 aa  89.4  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5814  transcriptional regulator, TetR family  32.56 
 
 		 195 aa  86.3  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  27.54 
 
 		 205 aa  85.5  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
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NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  30.97 
 
 		 204 aa  83.6  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 224 aa  83.6  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  30.77 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  32.74 
 
 		 196 aa  81.3  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 195 aa  79.7  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3444  transcriptional regulator, TetR family  32.46 
 
 		 200 aa  79.3  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 208 aa  75.5  0.0000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  28.47 
 
 		 204 aa  74.7  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3154  transcriptional regulator, TetR family  31.75 
 
 		 200 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2609  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 194 aa  71.6  0.000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000163063  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 210 aa  70.5  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  28.22 
 
 		 222 aa  69.3  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 205 aa  67  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  27.12 
 
 		 193 aa  66.6  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  33.81 
 
 		 223 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1420  hypothetical protein  42.47 
 
 		 101 aa  65.5  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57852  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2324  transcriptional regulator, TetR family  31.85 
 
 		 195 aa  64.3  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1156  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 227 aa  62  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  31.33 
 
 		 216 aa  61.2  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 191 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  26.52 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  26.52 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  26.52 
 
 		 243 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2160  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 242 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1122  transcriptional regulator, TetR family  32.7 
 
 		 242 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0273535  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3517  trancscriptional regulator MtrR, putative  22.58 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178393  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0464  transcriptional regulator, TetR family  47.17 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0395  regulatory protein TetR  47.17 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  26.82 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0428  transcriptional regulator, TetR family  47.17 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1590  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 192 aa  54.7  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1327  TetR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 191 aa  54.3  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385081  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 195 aa  52  0.000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 211 aa  52  0.000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 228 aa  51.6  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  28.77 
 
 		 211 aa  51.6  0.000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 		 221 aa  51.6  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 209 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0612  transcriptional regulator, TetR family  28.08 
 
 		 204 aa  50.8  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  23.49 
 
 		 195 aa  50.8  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1984  TetR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 196 aa  50.4  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  30.7 
 
 		 205 aa  50.4  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3126  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 248 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.068587  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5241  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 248 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.927318 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30260  transcriptional regulator  38.67 
 
 		 400 aa  50.1  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.473296 
 
 
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NC_010515  Bcenmc03_5031  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 248 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013061  Phep_3625  regulatory protein TetR  32 
 
 		 191 aa  49.7  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009636  Smed_0359  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 193 aa  50.1  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.717722  normal  1 
 
 
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NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 199 aa  49.7  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 211 aa  49.3  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
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NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 211 aa  49.3  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
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NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 211 aa  49.3  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 211 aa  49.3  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
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NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  35.8 
 
 		 211 aa  49.3  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  35.8 
 
 		 211 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
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