70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1420 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_1420  hypothetical protein  100 
 
 		 101 aa  205  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57852  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 204 aa  67.4  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  43.84 
 
 		 204 aa  67  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 203 aa  65.1  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 204 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  53.23 
 
 		 208 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 207 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  50 
 
 		 207 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 203 aa  64.3  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  39.33 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 209 aa  62  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 201 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  43.66 
 
 		 196 aa  57  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  43.64 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 205 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  40.28 
 
 		 201 aa  52.8  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  47.27 
 
 		 202 aa  50.1  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  47.27 
 
 		 202 aa  50.4  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 201 aa  50.1  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 204 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  34.21 
 
 		 205 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 205 aa  47.8  0.00006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 205 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 205 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 205 aa  46.2  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 205 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 205 aa  46.6  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 205 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 205 aa  46.2  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 204 aa  47  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4931  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 497 aa  46.6  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.475051  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 205 aa  45.8  0.0002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 207 aa  46.2  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 204 aa  46.2  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  33.73 
 
 		 204 aa  45.4  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  34.94 
 
 		 205 aa  45.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 204 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  32.89 
 
 		 196 aa  45.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 205 aa  44.7  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 219 aa  44.3  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 206 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 205 aa  44.3  0.0006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00940  transcriptional regulator  37.14 
 
 		 180 aa  44.3  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.146478  normal  0.42367 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  36.36 
 
 		 204 aa  44.3  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 205 aa  44.3  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1984  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 196 aa  43.5  0.0009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6254  putative transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 208 aa  43.5  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.170118  normal  0.0153866 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3625  regulatory protein TetR  35.85 
 
 		 191 aa  43.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 204 aa  43.5  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  30.12 
 
 		 204 aa  42.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1641  transcriptional regulator, TetR family protein  38 
 
 		 145 aa  42.4  0.002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.216203  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0724  transcriptional regulator, TetR family  34.18 
 
 		 224 aa  42.7  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0340  transcriptional regulator, TetR family  32.89 
 
 		 388 aa  42  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  30.23 
 
 		 204 aa  42  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0428  transcriptional regulator, TetR family  40.74 
 
 		 211 aa  42  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 202 aa  42  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0395  regulatory protein TetR  40.74 
 
 		 211 aa  42  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 212 aa  40.8  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6448  transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 222 aa  40.8  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000264064  hitchhiker  1.59583e-16 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 208 aa  40.8  0.007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1398  transcriptional regulator, TetR family  34.88 
 
 		 195 aa  40.8  0.007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1464  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 210 aa  40.4  0.008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.856721  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2627  transcriptional regulator, TetR family  40.74 
 
 		 186 aa  40.4  0.009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3746  TetR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 216 aa  40.4  0.009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.29443  normal  0.952036 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3807  TetR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 216 aa  40.4  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.225103  normal  0.0640685 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3734  TetR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 216 aa  40.4  0.009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  38.64 
 
 		 202 aa  40.4  0.009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4199  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 290 aa  40  0.01  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3127  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 187 aa  40  0.01  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>