More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_1558 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 204 aa  422  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  86.27 
 
 		 204 aa  372  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  79.41 
 
 		 204 aa  344  7e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  82.26 
 
 		 204 aa  334  7e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  77.6 
 
 		 204 aa  317  1e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  67.53 
 
 		 205 aa  279  3e-74  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 204 aa  277  8e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 204 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  67.01 
 
 		 205 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  67.01 
 
 		 205 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  67.01 
 
 		 205 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  65.46 
 
 		 205 aa  263  8.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  65.46 
 
 		 205 aa  263  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  59.7 
 
 		 205 aa  243  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  63.33 
 
 		 204 aa  242  3e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  64.97 
 
 		 205 aa  241  7e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  56.72 
 
 		 206 aa  240  7.999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 207 aa  240  9e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  65.38 
 
 		 205 aa  240  9e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  57.64 
 
 		 205 aa  239  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  64.95 
 
 		 205 aa  239  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  60.73 
 
 		 205 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  59.44 
 
 		 205 aa  226  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  53.89 
 
 		 205 aa  208  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 202 aa  203  2e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  44.33 
 
 		 204 aa  192  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  33.57 
 
 		 202 aa  86.7  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  33.57 
 
 		 202 aa  86.3  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 211 aa  85.9  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 201 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  28.83 
 
 		 200 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  26.4 
 
 		 208 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  30.61 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  33.58 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 204 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 203 aa  80.9  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 204 aa  80.1  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 203 aa  78.2  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 204 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  29.58 
 
 		 201 aa  77  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  26.52 
 
 		 205 aa  75.9  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 201 aa  75.5  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 205 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1588  transcriptional regulator, TetR family  26.55 
 
 		 243 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1924  transcriptional regulator, TetR family  27.44 
 
 		 243 aa  58.5  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.436993 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1642  regulatory protein TetR  27.44 
 
 		 243 aa  58.5  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.906249  normal  0.298485 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1164  TetR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 184 aa  57.4  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000872016  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0918  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 191 aa  57  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141078 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 199 aa  56.6  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 196 aa  57  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1503  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 215 aa  55.1  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0825242 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 208 aa  54.7  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0252  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 201 aa  53.9  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323074 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0226  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312291  hitchhiker  0.00018932 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0304  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826155  hitchhiker  0.000375508 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  33.71 
 
 		 229 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0243  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 201 aa  53.9  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0324  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6030  transcriptional regulator TetR family  25.45 
 
 		 222 aa  53.9  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1440  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0208928 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  25.67 
 
 		 216 aa  52.8  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3423  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 201 aa  52.4  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 		 193 aa  52.8  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0081  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 		 202 aa  52.4  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0994  transcriptional regulator, TetR family  33.72 
 
 		 184 aa  52  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.885114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2962  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 201 aa  52  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2189  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 222 aa  52  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 193 aa  51.6  0.000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2779  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 200 aa  51.6  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.192265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2161  transcriptional regulator, TetR family  48.08 
 
 		 204 aa  50.8  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  34.18 
 
 		 222 aa  50.8  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 202 aa  50.8  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2863  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 204 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000603343 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 210 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 		 218 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 196 aa  50.1  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0905  transcriptional regulator, TetR family  27.12 
 
 		 253 aa  50.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.938127  normal  0.145255 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0438  transcriptional regulator, TetR family  25.87 
 
 		 219 aa  50.1  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.275927  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  25.63 
 
 		 194 aa  50.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 200 aa  49.7  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0855  transcriptional regulator, TetR family  25.37 
 
 		 223 aa  49.7  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2853  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 213 aa  49.7  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.788684  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  34.07 
 
 		 210 aa  49.7  0.00003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11567  transcriptional regulator  26.4 
 
 		 225 aa  49.3  0.00004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3625  regulatory protein TetR  39.66 
 
 		 191 aa  49.3  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 216 aa  49.3  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1944  AcrR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 195 aa  48.9  0.00005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0013  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 199 aa  48.9  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3103  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 199 aa  48.9  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.454868  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3149  TetR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 233 aa  48.9  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1416  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 197 aa  48.9  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.305494  hitchhiker  0.0000141576 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3781  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 199 aa  48.9  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3842  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 199 aa  48.9  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391648  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>