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for query gene Pput_2425 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2425  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 204 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.520855  normal  0.599881 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3300  TetR family transcriptional regulator  89.71 
 
 		 204 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.161696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2192  regulatory protein, TetR  67.65 
 
 		 204 aa  297  8e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0820152  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  63.73 
 
 		 204 aa  278  5e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 204 aa  275  4e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6577  TetR family transcriptional regulator  63 
 
 		 205 aa  265  4e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6291  TetR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 205 aa  263  8.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170422  normal  0.0225355 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  62.93 
 
 		 205 aa  262  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  62.93 
 
 		 205 aa  262  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  62.93 
 
 		 205 aa  262  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1872  TetR family transcriptional regulator  63.98 
 
 		 204 aa  258  3e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.598992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1558  transcriptional regulator, TetR family  62.75 
 
 		 204 aa  257  8e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.231141  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0939  TetR family transcriptional regulator  58.54 
 
 		 205 aa  251  4.0000000000000004e-66  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  59.57 
 
 		 207 aa  240  9e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  58.5 
 
 		 205 aa  239  2.9999999999999997e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  60.33 
 
 		 205 aa  237  8e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 206 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3207  putative transcription regulator protein  58.73 
 
 		 204 aa  231  5e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00713158  normal  0.0476395 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  60.96 
 
 		 205 aa  230  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  54.04 
 
 		 205 aa  224  5.0000000000000005e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3319  transcriptional regulator, TetR family  56.19 
 
 		 205 aa  224  6e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5641  regulatory protein, TetR  58.33 
 
 		 205 aa  223  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  54.3 
 
 		 205 aa  222  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1000  transcriptional regulator, TetR family  48 
 
 		 202 aa  201  5e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5104  TetR family transcriptional regulator  50.26 
 
 		 205 aa  196  2.0000000000000003e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6237  transcriptional regulator, TetR family  43.35 
 
 		 204 aa  188  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.250294  normal  0.446462 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 202 aa  99  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  38.57 
 
 		 202 aa  99  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1358  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 211 aa  93.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.824963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 201 aa  90.5  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1083  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 203 aa  90.1  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.243709  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0096  transcriptional regulator, TetR family  32.05 
 
 		 196 aa  88.6  6e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 204 aa  87  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4220  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 204 aa  85.9  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.267151 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3772  TetR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 201 aa  85.1  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.392718  normal  0.705056 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2216  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 203 aa  84.7  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817319 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4900  transcriptional regulator, TetR family  31.65 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4072  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 204 aa  82.4  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 200 aa  81.3  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2750  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 205 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172363  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4377  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 205 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314155  n/a   
 
 
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NC_010725  Mpop_1520  transcriptional regulator, TetR family  27.66 
 
 		 208 aa  78.2  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1522  regulatory protein TetR  27.55 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.485337 
 
 
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NC_011757  Mchl_1801  transcriptional regulator, TetR family  27.55 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0882167  normal  0.119004 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3745  transcriptional regulator, TetR family  30.38 
 
 		 201 aa  77  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_013947  Snas_2560  transcriptional regulator, TetR family  26.85 
 
 		 196 aa  61.2  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.199189  normal  0.158626 
 
 
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NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 199 aa  59.3  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1164  TetR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 184 aa  58.5  0.00000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000872016  n/a   
 
 
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NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 217 aa  58.2  0.00000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1755  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1710  transcriptional regulator, TetR family  29.87 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  35.9 
 
 		 229 aa  55.1  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0855  transcriptional regulator, TetR family  31.96 
 
 		 223 aa  55.1  0.0000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 208 aa  54.7  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4245  regulatory protein, TetR  34.19 
 
 		 221 aa  55.1  0.0000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.933468  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 332 aa  54.7  0.0000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1211  transcriptional regulator, TetR family  31.1 
 
 		 227 aa  54.3  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0252  TetR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323074 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2781  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000487748 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2782  TetR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522237  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0304  TetR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.826155  hitchhiker  0.000375508 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0243  TetR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 201 aa  53.9  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0324  TetR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 202 aa  53.5  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 260 aa  53.9  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0612  transcriptional regulator, TetR family  27.21 
 
 		 204 aa  53.9  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2468  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 198 aa  53.9  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1290  AcrR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 199 aa  53.9  0.000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3603  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 205 aa  53.9  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162578  normal  0.242533 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3625  regulatory protein TetR  35 
 
 		 191 aa  53.9  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2863  TetR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 204 aa  53.1  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000603343 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1261  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 214 aa  53.1  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.100849  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0438  transcriptional regulator, TetR family  25.36 
 
 		 219 aa  53.1  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.275927  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 190 aa  53.1  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 291 aa  52.8  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  26.54 
 
 		 207 aa  52.8  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3423  TetR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 201 aa  52.8  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0940  transcriptional regulator  26.25 
 
 		 210 aa  52.4  0.000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00130273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0226  TetR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 201 aa  52.8  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312291  hitchhiker  0.00018932 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2602  transcriptional regulator, TetR family  27.84 
 
 		 214 aa  52.4  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157273  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 		 218 aa  52  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 223 aa  52  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 219 aa  52  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0140  TetR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 182 aa  51.6  0.000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3704  regulatory protein TetR  32.91 
 
 		 202 aa  52  0.000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.974133 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1592  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 198 aa  51.6  0.000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013501  Rmar_1776  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 218 aa  51.6  0.000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0293549  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2695  transcriptional regulator, TetR family  27.84 
 
 		 226 aa  51.2  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5076  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 215 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175697 
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0719  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 209 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5561  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 196 aa  50.8  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.842065 
 
 
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NC_008146  Mmcs_4691  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771858  n/a   
 
 
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NC_013411  GYMC61_1468  transcriptional regulator, TetR family  35.63 
 
 		 190 aa  50.8  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_008705  Mkms_4777  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.681727  normal  1 
 
 
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NC_008726  Mvan_5283  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 208 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261053 
 
 
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