More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2688 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2688  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 207 aa  421  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357002  normal  0.760245 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2269  putative transcriptional regulator  84.54 
 
 		 207 aa  359  1e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.629172  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26760  putative transcriptional regulator  85.86 
 
 		 198 aa  349  1e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  80.1 
 
 		 215 aa  338  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2801  TetR family transcriptional regulator  60.1 
 
 		 209 aa  235  4e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1145  TetR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 224 aa  141  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2924  TetR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 224 aa  141  6e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288766  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0293  TetR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 226 aa  141  6e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2768  TetR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 224 aa  141  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.379756  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0110  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0117  transcriptional regulator, TetR family  36.61 
 
 		 225 aa  136  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.678219 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1898  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 239 aa  131  7.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.643398 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3508  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 227 aa  129  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343043  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3920  TetR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 227 aa  118  6e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.62554  normal  0.13671 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 204 aa  109  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  106  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 200 aa  102  5e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  36.76 
 
 		 211 aa  90.9  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 201 aa  90.9  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5283  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 208 aa  90.5  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261053 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13590  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 200 aa  87.4  1e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.332381  normal  0.0844747 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  29.28 
 
 		 202 aa  85.9  4e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 204 aa  84.7  9e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5293  TetR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  31.47 
 
 		 197 aa  82.8  0.000000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3352  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 183 aa  82  0.000000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0512596  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  29.26 
 
 		 224 aa  81.6  0.000000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 		 229 aa  81.6  0.000000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0516  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 195 aa  81.3  0.000000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2765  regulatory protein, TetR  32.65 
 
 		 210 aa  81.3  0.000000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.267077  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5076  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 215 aa  80.9  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175697 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4691  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 205 aa  80.9  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771858  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4777  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 205 aa  80.9  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.681727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  25.99 
 
 		 214 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 211 aa  80.1  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 211 aa  80.1  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2358  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 216 aa  79.7  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0281012 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2767  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 225 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1483  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 197 aa  78.2  0.00000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  27.01 
 
 		 188 aa  78.2  0.00000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 208 aa  77  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  26.59 
 
 		 208 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  31.72 
 
 		 223 aa  75.9  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2233  transcriptional regulator, TetR family  30.17 
 
 		 246 aa  75.5  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0329344  normal  0.539811 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05345  transcriptional regulator, tetR family protein  25 
 
 		 190 aa  74.7  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  hitchhiker  0.00749651  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2601  regulatory protein, TetR  31.77 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.354794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2348  transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 		 222 aa  73.2  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0187157  normal  0.0306872 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4938  transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 		 223 aa  72  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.262917  normal  0.206147 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2235  transcriptional regulator, TetR family  28.74 
 
 		 235 aa  71.6  0.000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170733  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  27.01 
 
 		 202 aa  71.2  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0913  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.269174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 287 aa  70.5  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 217 aa  70.1  0.00000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2800  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 224 aa  68.9  0.00000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.697977  decreased coverage  0.000162176 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7312  TetR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 210 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  27.62 
 
 		 200 aa  68.2  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  27.06 
 
 		 212 aa  68.2  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1887  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 202 aa  67.8  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.943502 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  34.56 
 
 		 214 aa  67.8  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 206 aa  67  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 200 aa  67  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 192 aa  67  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1369  transcriptional regulator, TetR family  28.9 
 
 		 197 aa  65.9  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.859804 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 260 aa  65.5  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 213 aa  65.1  0.0000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3149  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 233 aa  64.7  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  26.4 
 
 		 208 aa  63.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0615  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 140 aa  64.3  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 219 aa  63.2  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1924  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 189 aa  63.2  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 		 213 aa  63.2  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 246 aa  62.4  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5045  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 197 aa  62.4  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.820553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 		 194 aa  62  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 211 aa  62  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5475  putative transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 		 232 aa  62  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0120226 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 196 aa  61.6  0.000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4464  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 204 aa  61.6  0.000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0680244 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0402  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 196 aa  61.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.498778  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2310  TetR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 220 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  decreased coverage  0.00710043 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2055  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1590  transcriptional regulator, TetR family  41.79 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.299217  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 197 aa  59.7  0.00000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  27.64 
 
 		 200 aa  59.7  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  23.16 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7113  TetR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011126  HY04AAS1_0353  transcriptional regulator, TetR family  36.47 
 
 		 191 aa  59.3  0.00000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000439096  n/a   
 
 
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NC_013757  Gobs_1909  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0574085  n/a   
 
 
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NC_011894  Mnod_0295  transcriptional regulator, TetR family  27.65 
 
 		 220 aa  58.5  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0107513  n/a   
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_2922  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 204 aa  58.2  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
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NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 195 aa  58.2  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
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NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_011726  PCC8801_2369  transcriptional regulator, TetR family  42.03 
 
 		 212 aa  58.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_013501  Rmar_2200  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 		 203 aa  57.8  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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