More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3508 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3508  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  456  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343043  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3920  TetR family transcriptional regulator  70.1 
 
 		 227 aa  280  1e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.62554  normal  0.13671 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1898  TetR family transcriptional regulator  58.67 
 
 		 239 aa  215  5e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.643398 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0117  transcriptional regulator, TetR family  45.22 
 
 		 225 aa  177  9e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.678219 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0110  transcriptional regulator, TetR family  45.41 
 
 		 225 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0293  TetR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 226 aa  162  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1145  TetR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 224 aa  161  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2924  TetR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 224 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288766  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2768  TetR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 224 aa  160  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.379756  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 215 aa  132  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2688  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 207 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357002  normal  0.760245 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2801  TetR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 209 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26760  putative transcriptional regulator  37 
 
 		 198 aa  123  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2269  putative transcriptional regulator  36.92 
 
 		 207 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.629172  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 204 aa  118  9e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4464  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 204 aa  92.4  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0680244 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 211 aa  91.7  8e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5293  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 210 aa  90.5  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 201 aa  89.7  3e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2767  TetR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 225 aa  86.3  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  33.05 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 202 aa  84  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 200 aa  83.2  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  32.79 
 
 		 211 aa  82.4  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 		 188 aa  80.9  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7312  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 210 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 231 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5045  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 197 aa  72.8  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.820553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 217 aa  72.4  0.000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 238 aa  71.6  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0615  TetR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 140 aa  69.7  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 256 aa  67.4  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2233  transcriptional regulator, TetR family  28.85 
 
 		 246 aa  67.4  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0329344  normal  0.539811 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2235  transcriptional regulator, TetR family  30.98 
 
 		 235 aa  67.4  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170733  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30260  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 400 aa  66.6  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.473296 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2358  transcriptional regulator, TetR family  29.84 
 
 		 216 aa  67  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0281012 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  25.26 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  28.87 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2348  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0187157  normal  0.0306872 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 204 aa  64.3  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 240 aa  63.5  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  28.87 
 
 		 197 aa  63.5  0.000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  24 
 
 		 206 aa  62  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3730  transcriptional regulator, TetR family  45.07 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 212 aa  61.2  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1384  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00670258  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1225  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 208 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.657492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 224 aa  60.5  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2216  TetR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 189 aa  60.8  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.191802  normal  0.0189795 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2712  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1590  transcriptional regulator, TetR family  44.12 
 
 		 231 aa  60.5  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.299217  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3665  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  40.43 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3091  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2200  transcriptional regulator, TetR family  28.15 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 257 aa  58.9  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1507  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 412 aa  58.9  0.00000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.759911  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1530  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 412 aa  58.9  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0457  TetR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 206 aa  58.9  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 208 aa  58.9  0.00000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0906  transcriptional regulator, TetR family  43.21 
 
 		 232 aa  58.5  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.052988  normal  0.0196 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0516  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 195 aa  58.5  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0432  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 214 aa  58.2  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0796504  hitchhiker  0.00000000967411 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1483  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 197 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1469  transcriptional regulator, TetR family  33.79 
 
 		 197 aa  58.5  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2601  regulatory protein, TetR  27.4 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.354794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  24.61 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0659  transcriptional regulator TetR family  49.09 
 
 		 196 aa  58.2  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0255  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 243 aa  58.2  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.540416  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  43.84 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  33.81 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 199 aa  57.8  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0402  TetR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.498778  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0599  TetR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000153581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0444  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 220 aa  57  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.275459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  51.92 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3352  transcriptional regulator, TetR family  28.9 
 
 		 183 aa  57.4  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0512596  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 183 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6228  transcriptional regulator, TetR family  45.61 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.301912  normal  0.923303 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  28.36 
 
 		 200 aa  57  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2765  regulatory protein, TetR  37.08 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.267077  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3882  transcriptional regulator, TetR family  39.58 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3449  transcriptional regulator, TetR family  24.38 
 
 		 210 aa  57  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1507  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 412 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3340  transcriptional regulator, TetR family  23.53 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2785  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 196 aa  56.6  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256269 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0740  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.891023  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4600  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0411306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4222  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.42669  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5076  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175697 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4288  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.458199  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4691  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771858  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4777  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.681727  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>