More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1924 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1924  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 189 aa  384  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0659  transcriptional regulator TetR family  59.22 
 
 		 196 aa  207  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1416  TetR family transcriptional regulator  57.06 
 
 		 197 aa  202  3e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.305494  hitchhiker  0.0000141576 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  41.34 
 
 		 205 aa  143  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3574  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 187 aa  122  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.383795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7959  putative transcriptional regulator, TetR family  36.87 
 
 		 194 aa  112  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2047  transcriptional regulator, TetR family  36.93 
 
 		 188 aa  113  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.199455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2205  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 202 aa  75.5  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.270822 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2547  TetR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 196 aa  71.2  0.000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.28213  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5257  transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 		 194 aa  68.2  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.570583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C37  transcriptional regulator  28.25 
 
 		 191 aa  68.2  0.00000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4138  transcriptional regulator, TetR family  35.14 
 
 		 203 aa  67.4  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4313  TetR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 600 aa  66.2  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1985  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4004  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 196 aa  65.5  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.638592  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 197 aa  64.7  0.0000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5130  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 203 aa  64.3  0.0000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.943479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 201 aa  63.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1758  transcriptional regulator, TetR family  27.57 
 
 		 189 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295684  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  30.64 
 
 		 201 aa  64.3  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4347  transcriptional regulator, TetR family  29.01 
 
 		 190 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 202 aa  64.3  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1960  transcriptional regulator, TetR family  49.06 
 
 		 199 aa  63.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2688  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357002  normal  0.760245 
 
 
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NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1709  transcriptional regulator, TetR family  29.37 
 
 		 198 aa  63.2  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0228  TetR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 201 aa  63.5  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.527328  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6078  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 190 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0977252 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1699  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.502572  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 215 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5550  TetR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 190 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 196 aa  61.2  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1320  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 199 aa  60.5  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1949  hypothetical protein  22.99 
 
 		 186 aa  60.5  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5004  transcriptional regulator, TetR family  28.82 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0270987  normal  0.0251839 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2372  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 193 aa  60.1  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.74201  normal  0.115149 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2426  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 192 aa  60.1  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24360  transcriptional regulator  42.65 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  46.48 
 
 		 183 aa  60.1  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4967  transcriptional regulator, TetR family  28.87 
 
 		 185 aa  59.7  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110994  normal  0.179343 
 
 
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NC_007404  Tbd_0482  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014165  Tbis_1044  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 180 aa  58.9  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0206033 
 
 
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NC_006369  lpl1938  hypothetical protein  24.71 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3656  TetR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.311417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0195  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.5282  normal  0.427112 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26760  putative transcriptional regulator  30.23 
 
 		 198 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3677  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.503409  normal  0.650375 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4472  transcriptional regulator, TetR family  30.82 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.590949  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 195 aa  58.5  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3836  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 192 aa  58.9  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.410307  normal  1 
 
 
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NC_009380  Strop_3710  regulatory protein, TetR  48.28 
 
 		 230 aa  58.5  0.00000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 198 aa  58.5  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  31.58 
 
 		 219 aa  58.2  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1101  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.205673  normal  0.0164026 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4037  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 185 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0431559  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3566  transcriptional regulator, TetR family  33.94 
 
 		 225 aa  58.5  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2269  putative transcriptional regulator  30.23 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.629172  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3545  transcriptional regulator, TetR family  30.6 
 
 		 192 aa  58.2  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0815  transcriptional regulator, TetR family  43.9 
 
 		 204 aa  58.2  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  28.69 
 
 		 190 aa  58.2  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4091  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 222 aa  58.2  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0267897 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2526  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 252 aa  58.2  0.00000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1582  transcriptional regulator, TetR family  28.7 
 
 		 194 aa  57.8  0.00000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000313158  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2110  transcriptional regulator, TetR family  24.24 
 
 		 200 aa  57.8  0.00000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0942807  normal  0.362877 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  27.32 
 
 		 185 aa  57.8  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0589  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 191 aa  57.8  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 215 aa  57.8  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3212  TetR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 193 aa  57.4  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2392  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 198 aa  57.8  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0101662  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4813  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10920  transcriptional regulator  34.88 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0917166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0469  transcriptional regulator, TetR family  27.07 
 
 		 224 aa  57  0.0000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0481  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0030  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 196 aa  57  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.100703  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1410  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 194 aa  57  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1790  TetR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1106  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2468  TetR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 198 aa  57  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  37.33 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2880  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 187 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.924779 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  36.47 
 
 		 223 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  36.05 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  37.33 
 
 		 223 aa  56.2  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4799  TetR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.914161 
 
 
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NC_008463  PA14_63880  putative transcriptional regulator  36.04 
 
 		 186 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 256 aa  55.8  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008740  Maqu_2801  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011368  Rleg2_5089  transcriptional regulator, TetR family  25.82 
 
 		 198 aa  55.8  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  26.16 
 
 		 193 aa  55.5  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 213 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
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