More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3944 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 215 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2688  TetR family transcriptional regulator  80.1 
 
 		 207 aa  338  4e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357002  normal  0.760245 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2269  putative transcriptional regulator  79.61 
 
 		 207 aa  333  1e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.629172  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26760  putative transcriptional regulator  81.22 
 
 		 198 aa  324  5e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2801  TetR family transcriptional regulator  61.22 
 
 		 209 aa  233  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0110  transcriptional regulator, TetR family  38.55 
 
 		 225 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1145  TetR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 224 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0293  TetR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2924  TetR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288766  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2768  TetR family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 224 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.379756  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0117  transcriptional regulator, TetR family  37.43 
 
 		 225 aa  138  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.678219 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3508  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 227 aa  132  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343043  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1898  TetR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 239 aa  125  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.643398 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3920  TetR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 227 aa  125  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.62554  normal  0.13671 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0595  TetR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 204 aa  115  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0433  TetR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 204 aa  115  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0347  TetR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 200 aa  114  8.999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0154637  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 201 aa  98.2  9e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  40.35 
 
 		 211 aa  93.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 211 aa  92.4  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 204 aa  91.3  1e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0117  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 208 aa  90.5  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.966538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13590  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 200 aa  89.4  4e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.332381  normal  0.0844747 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3991  regulatory protein TetR  34.01 
 
 		 197 aa  88.2  8e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5293  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 210 aa  86.7  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2765  regulatory protein, TetR  33.67 
 
 		 210 aa  87  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.267077  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5283  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 208 aa  87  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261053 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0806  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 		 202 aa  86.3  3e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1483  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 197 aa  85.1  8e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 224 aa  84.3  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  31.35 
 
 		 229 aa  83.2  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2601  regulatory protein, TetR  33.68 
 
 		 224 aa  82.8  0.000000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.354794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3352  transcriptional regulator, TetR family  30.17 
 
 		 183 aa  80.9  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0512596  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5076  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 215 aa  80.1  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175697 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2348  transcriptional regulator, TetR family  31.69 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0187157  normal  0.0306872 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0516  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 195 aa  80.1  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4691  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 205 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771858  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4777  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 205 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.681727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2767  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 225 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1369  transcriptional regulator, TetR family  32.37 
 
 		 197 aa  76.6  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.859804 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2800  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.697977  decreased coverage  0.000162176 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2358  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 216 aa  76.6  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0281012 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  27.17 
 
 		 214 aa  75.5  0.0000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  28.89 
 
 		 287 aa  74.7  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 188 aa  74.3  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4938  transcriptional regulator, TetR family  30.38 
 
 		 223 aa  73.9  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.262917  normal  0.206147 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 200 aa  72  0.000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 206 aa  72  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7312  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 210 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  26.01 
 
 		 208 aa  71.2  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2310  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 220 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  decreased coverage  0.00710043 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 200 aa  70.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0295  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 220 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0107513  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  28.74 
 
 		 202 aa  69.7  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2922  transcriptional regulator, TetR family  27.01 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.404278 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0832  transcriptional regulator, TetR family  28.09 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.933061 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 217 aa  67.8  0.0000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  25.64 
 
 		 213 aa  68.2  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 211 aa  68.2  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 231 aa  67  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  27.92 
 
 		 200 aa  66.6  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0615  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 140 aa  67.4  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 196 aa  66.6  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05345  transcriptional regulator, tetR family protein  24.31 
 
 		 190 aa  66.6  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  hitchhiker  0.00749651  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  34.53 
 
 		 214 aa  65.9  0.0000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2233  transcriptional regulator, TetR family  29.24 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0329344  normal  0.539811 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2235  transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 		 235 aa  65.9  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170733  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1804  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 		 189 aa  65.5  0.0000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 228 aa  65.5  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0913  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 195 aa  64.3  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.269174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2499  transcriptional regulator, TetR family  23.16 
 
 		 208 aa  64.7  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3149  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 260 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 192 aa  63.5  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1887  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 202 aa  63.9  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.943502 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  24.73 
 
 		 194 aa  63.2  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5045  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 197 aa  63.2  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.820553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1823  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1436  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 197 aa  63.2  0.000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  25.29 
 
 		 212 aa  62  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 212 aa  62  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 246 aa  61.6  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1858  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.543066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1924  TetR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 189 aa  61.2  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  23.44 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1909  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0574085  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1590  transcriptional regulator, TetR family  46.55 
 
 		 231 aa  60.5  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.299217  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 194 aa  60.8  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4464  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 204 aa  60.1  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0680244 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0445  transcriptional regulator, TetR family  26.34 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  decreased coverage  0.00376288 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4542  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.204937  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 238 aa  58.9  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5475  putative transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0120226 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2997  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0599  TetR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 200 aa  58.5  0.00000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000153581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0353  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 191 aa  58.5  0.00000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000439096  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0959  TetR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 248 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0776064  normal  0.539269 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1864  TetR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 204 aa  58.5  0.00000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.370614  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>