205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4935 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4935  transcriptional regulator BetI  100 
 
 		 218 aa  447  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.239161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5113  transcriptional regulator BetI  99.08 
 
 		 218 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0491395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0403  transcriptional regulator BetI  88.53 
 
 		 218 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5242  transcriptional regulator BetI  88.72 
 
 		 197 aa  358  2e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170653  normal  0.0512317 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4734  transcriptional regulator BetI  86.08 
 
 		 197 aa  348  3e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0440  regulatory protein BetI  86.08 
 
 		 197 aa  348  4e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0483  transcriptional regulator BetI  77.32 
 
 		 196 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70970  transcriptional regulator BetI  79.49 
 
 		 197 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.790986 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6159  transcriptional regulator BetI  79.49 
 
 		 197 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2556  transcriptional regulator BetI  65.46 
 
 		 195 aa  267  8e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.160785  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1513  transcriptional regulator BetI  65.99 
 
 		 198 aa  264  8e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0564912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2829  transcriptional regulator BetI  63.54 
 
 		 198 aa  256  1e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1516  transcriptional regulator BetI  59.39 
 
 		 197 aa  233  1.0000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.026336  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3308  transcriptional regulator BetI  57.95 
 
 		 196 aa  231  6e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5184  transcriptional regulator BetI  54.92 
 
 		 194 aa  222  4e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.14696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3270  transcriptional regulator BetI  54.92 
 
 		 194 aa  222  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5098  transcriptional regulator BetI  54.92 
 
 		 194 aa  222  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0555  transcriptional regulator BetI  54.92 
 
 		 194 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3293  transcriptional regulator, TetR family  57.81 
 
 		 195 aa  219  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1834  transcriptional regulator, TetR family  58.33 
 
 		 196 aa  220  1.9999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.353647 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3310  transcriptional regulator BetI  57.81 
 
 		 195 aa  219  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00269  transcriptional regulator BetI  57.81 
 
 		 195 aa  218  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.547366  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00272  hypothetical protein  57.81 
 
 		 195 aa  218  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.418668  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0375  transcriptional regulator BetI  57.81 
 
 		 195 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0868398 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1074  transcriptional regulator BetI  54.36 
 
 		 195 aa  218  5e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000226822  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2915  transcriptional regulator BetI  59.2 
 
 		 180 aa  218  7e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0372  transcriptional regulator BetI  57.81 
 
 		 195 aa  218  7.999999999999999e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0328  transcriptional regulator BetI  57.81 
 
 		 195 aa  218  7.999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4510  transcriptional regulator BetI  54.4 
 
 		 194 aa  216  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5035  transcriptional regulator BetI  54.4 
 
 		 194 aa  216  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.496722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0344  transcriptional regulator BetI  57.29 
 
 		 195 aa  215  4e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0375  transcriptional regulator BetI  52.82 
 
 		 202 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00292447  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0466  transcriptional regulator BetI  52.82 
 
 		 202 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0181  transcriptional regulator BetI  52.82 
 
 		 195 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1923  transcriptional regulator BetI  52.82 
 
 		 195 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00275068  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1835  transcriptional regulator BetI  52.82 
 
 		 195 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1426  transcriptional regulator BetI  52.82 
 
 		 195 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80296  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0916  transcriptional regulator BetI  52.82 
 
 		 202 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0327012  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3538  transcriptional regulator BetI  54.4 
 
 		 194 aa  210  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5060  transcriptional regulator BetI  56.12 
 
 		 195 aa  209  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0255482 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1590  transcriptional regulator BetI  56.12 
 
 		 195 aa  201  6e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06181  transcriptional regulator BetI  45.08 
 
 		 199 aa  169  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3842  transcriptional regulator BetI  48.21 
 
 		 197 aa  167  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2589  transcriptional regulator BetI  47.72 
 
 		 196 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1009  transcriptional regulator BetI  45.74 
 
 		 201 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1198  transcriptional regulator BetI  47.65 
 
 		 201 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245724 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1332  transcriptional regulator BetI  46.91 
 
 		 196 aa  160  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945819  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000366  HTH-type transcriptional regulator BetI  43.62 
 
 		 194 aa  159  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3513  TetR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 195 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.809024  normal  0.394338 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1948  transcriptional regulator BetI  45.45 
 
 		 198 aa  158  6e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.200723  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1121  transcriptional regulator BetI  47.37 
 
 		 201 aa  157  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3037  transcriptional regulator BetI  45.27 
 
 		 201 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.116716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2070  transcriptional regulator BetI  48.85 
 
 		 202 aa  156  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1323  transcriptional regulator BetI  45.27 
 
 		 201 aa  156  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1313  transcriptional regulator BetI  45.27 
 
 		 201 aa  156  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1349  transcriptional regulator BetI  45.27 
 
 		 201 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.287074  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4012  transcriptional regulator BetI  46.59 
 
 		 201 aa  149  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.4529  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02851  putative transcriptional repressor for the cellular response to osmotic stress (TetR/AcrR family) protein  42.78 
 
 		 186 aa  145  4.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0713  transcriptional regulator BetI  46.78 
 
 		 201 aa  143  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0124161  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0555  transcriptional regulator BetI  37.76 
 
 		 201 aa  129  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0554  transcriptional regulator BetI  37.76 
 
 		 198 aa  129  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2708  transcriptional regulator BetI  37.5 
 
 		 194 aa  128  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3158  TetR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 202 aa  117  9e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.303852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1898  transcriptional regulator BetI  36.98 
 
 		 189 aa  114  7.999999999999999e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1885  TetR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 196 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0565  transcriptional regulator BetI  32.12 
 
 		 202 aa  108  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.359685 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2182  transcriptional regulator BetI  35.05 
 
 		 194 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0854  transcriptional regulator BetI  35.05 
 
 		 194 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2312  transcriptional regulator BetI  35.88 
 
 		 194 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.48058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0778  transcriptional regulator BetI  34.39 
 
 		 211 aa  102  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.576335  normal  0.0961486 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0891  transcriptional regulator BetI  33.86 
 
 		 208 aa  102  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.21263  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8404  putative transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 677 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1496  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 190 aa  89.4  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000100434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 212 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 215 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  30.39 
 
 		 215 aa  78.2  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3731  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 214 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2175  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 214 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.595394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0177  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 208 aa  77  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.775643 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3936  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 197 aa  76.3  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0494347  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2032  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 214 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.874631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1151  transcriptional regulator TetR family  29.38 
 
 		 182 aa  72  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.741088  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1671  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 201 aa  70.1  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.290262  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0435  TetR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 217 aa  68.2  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.839793 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1591  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 215 aa  67.4  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.194821 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0452  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0658  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 195 aa  58.5  0.00000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.609022  normal  0.929409 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4915  transcriptional regulator, TetR family  27.5 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.259096  normal  0.574827 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0039  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3377  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 197 aa  55.5  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.27921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0280  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 196 aa  54.7  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3314  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 		 194 aa  53.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1087  transcriptional regulator, TetR family  25.2 
 
 		 215 aa  53.5  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.9461  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2803  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 		 194 aa  53.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.014286  normal  0.214284 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3528  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 216 aa  52.8  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2840  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 216 aa  52.4  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5790  hypothetical protein  28.69 
 
 		 207 aa  52  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.0606988 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2881  transcriptional regulator, TetR family  25.63 
 
 		 367 aa  51.6  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3172  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 216 aa  51.6  0.000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.547125 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>