More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4012 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4012  transcriptional regulator BetI  100 
 
 		 201 aa  410  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.4529  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1332  transcriptional regulator BetI  66.67 
 
 		 196 aa  265  4e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945819  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3037  transcriptional regulator BetI  64.1 
 
 		 201 aa  249  1e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.116716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1323  transcriptional regulator BetI  64.1 
 
 		 201 aa  249  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1313  transcriptional regulator BetI  64.1 
 
 		 201 aa  249  2e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1349  transcriptional regulator BetI  63.13 
 
 		 201 aa  248  6e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.287074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2070  transcriptional regulator BetI  62.12 
 
 		 202 aa  246  2e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1948  transcriptional regulator BetI  63.02 
 
 		 198 aa  242  1.9999999999999999e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.200723  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1121  transcriptional regulator BetI  62.12 
 
 		 201 aa  240  1e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1198  transcriptional regulator BetI  61.46 
 
 		 201 aa  234  7e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245724 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1009  transcriptional regulator BetI  60.61 
 
 		 201 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3842  transcriptional regulator BetI  61.98 
 
 		 197 aa  233  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0713  transcriptional regulator BetI  60.42 
 
 		 201 aa  218  5e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0124161  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2589  transcriptional regulator BetI  57.73 
 
 		 196 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0440  regulatory protein BetI  50 
 
 		 197 aa  175  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02851  putative transcriptional repressor for the cellular response to osmotic stress (TetR/AcrR family) protein  46.03 
 
 		 186 aa  175  4e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4734  transcriptional regulator BetI  49.43 
 
 		 197 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0403  transcriptional regulator BetI  46.59 
 
 		 218 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5242  transcriptional regulator BetI  47.16 
 
 		 197 aa  169  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170653  normal  0.0512317 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2556  transcriptional regulator BetI  45.5 
 
 		 195 aa  169  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.160785  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5113  transcriptional regulator BetI  47.16 
 
 		 218 aa  167  7e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0491395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0555  transcriptional regulator BetI  48.82 
 
 		 194 aa  167  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4935  transcriptional regulator BetI  46.59 
 
 		 218 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.239161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3270  transcriptional regulator BetI  48.24 
 
 		 194 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5098  transcriptional regulator BetI  48.24 
 
 		 194 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2829  transcriptional regulator BetI  49.13 
 
 		 198 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5184  transcriptional regulator BetI  48.24 
 
 		 194 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.14696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1513  transcriptional regulator BetI  48.26 
 
 		 198 aa  165  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0564912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1074  transcriptional regulator BetI  47.65 
 
 		 195 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000226822  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5035  transcriptional regulator BetI  48.24 
 
 		 194 aa  164  8e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.496722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4510  transcriptional regulator BetI  48.24 
 
 		 194 aa  164  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0916  transcriptional regulator BetI  43.88 
 
 		 202 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0327012  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0375  transcriptional regulator BetI  46.39 
 
 		 202 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00292447  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0483  transcriptional regulator BetI  45.66 
 
 		 196 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0466  transcriptional regulator BetI  46.39 
 
 		 202 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0181  transcriptional regulator BetI  46.39 
 
 		 195 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1923  transcriptional regulator BetI  46.39 
 
 		 195 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00275068  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1835  transcriptional regulator BetI  46.39 
 
 		 195 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1426  transcriptional regulator BetI  46.39 
 
 		 195 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80296  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3538  transcriptional regulator BetI  48.82 
 
 		 194 aa  161  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70970  transcriptional regulator BetI  43.14 
 
 		 197 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.790986 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6159  transcriptional regulator BetI  43.14 
 
 		 197 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3308  transcriptional regulator BetI  47.09 
 
 		 196 aa  158  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00269  transcriptional regulator BetI  45.79 
 
 		 195 aa  157  8e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.547366  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00272  hypothetical protein  45.79 
 
 		 195 aa  157  8e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.418668  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3293  transcriptional regulator, TetR family  49.12 
 
 		 195 aa  157  9e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3310  transcriptional regulator BetI  49.12 
 
 		 195 aa  157  9e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0328  transcriptional regulator BetI  45.79 
 
 		 195 aa  156  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0372  transcriptional regulator BetI  45.79 
 
 		 195 aa  156  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0375  transcriptional regulator BetI  45.79 
 
 		 195 aa  155  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0868398 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0344  transcriptional regulator BetI  45.79 
 
 		 195 aa  155  4e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06181  transcriptional regulator BetI  41.92 
 
 		 199 aa  151  8e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1516  transcriptional regulator BetI  41.33 
 
 		 197 aa  149  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.026336  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1834  transcriptional regulator, TetR family  43.79 
 
 		 196 aa  144  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.353647 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5060  transcriptional regulator BetI  45.29 
 
 		 195 aa  143  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0255482 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1590  transcriptional regulator BetI  46.47 
 
 		 195 aa  142  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000366  HTH-type transcriptional regulator BetI  41.05 
 
 		 194 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2915  transcriptional regulator BetI  47.06 
 
 		 180 aa  134  8e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3513  TetR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 195 aa  134  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.809024  normal  0.394338 
 
 
-
 
NC_004310  BR0554  transcriptional regulator BetI  38.73 
 
 		 198 aa  133  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2708  transcriptional regulator BetI  36.41 
 
 		 194 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0555  transcriptional regulator BetI  38.73 
 
 		 201 aa  133  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3158  TetR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 202 aa  114  6.9999999999999995e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.303852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1885  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 196 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1898  transcriptional regulator BetI  34.54 
 
 		 189 aa  110  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2182  transcriptional regulator BetI  37.08 
 
 		 194 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0854  transcriptional regulator BetI  37.08 
 
 		 194 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0565  transcriptional regulator BetI  33.14 
 
 		 202 aa  107  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.359685 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0891  transcriptional regulator BetI  34.76 
 
 		 208 aa  101  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.21263  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0778  transcriptional regulator BetI  36.69 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.576335  normal  0.0961486 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2312  transcriptional regulator BetI  33.91 
 
 		 194 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.48058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8404  putative transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 		 677 aa  96.3  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1496  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 190 aa  87.4  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000100434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1151  transcriptional regulator TetR family  32.45 
 
 		 182 aa  80.1  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.741088  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2032  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 214 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.874631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2175  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 214 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.595394  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3731  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 214 aa  74.7  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3936  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 197 aa  72  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0494347  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 212 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1671  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 201 aa  70.1  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.290262  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  27.11 
 
 		 215 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0435  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 217 aa  68.6  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.839793 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 215 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0177  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 208 aa  66.6  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.775643 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4915  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 206 aa  65.1  0.0000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.259096  normal  0.574827 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0452  transcriptional regulator, TetR family  24.6 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5570  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 198 aa  62.4  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7752  putative transcriptional regulator, TetR family  27.74 
 
 		 202 aa  62  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2813  TetR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 215 aa  59.3  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5316  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.505659  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2067  transcriptional regulator, TetR family  32.56 
 
 		 213 aa  58.2  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.855193  normal  0.580158 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2881  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 367 aa  58.2  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2840  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1339  transcriptional regulator, TetR family  26.25 
 
 		 308 aa  56.2  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.752137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3528  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9078  putative transcriptional regulator, TetR family  31.96 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1090  transcriptional regulator, TetR family  30.23 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.141216  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1516  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.875223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1921  transcriptional regulator, TetR family  28.23 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0409606  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>