More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_3308 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_3308  transcriptional regulator BetI  100 
 
 
196 aa  396  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0555  transcriptional regulator BetI  82.81 
 
 
194 aa  332  3e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5184  transcriptional regulator BetI  82.81 
 
 
194 aa  332  3e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.14696  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5035  transcriptional regulator BetI  83.33 
 
 
194 aa  332  3e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.496722  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3270  transcriptional regulator BetI  82.81 
 
 
194 aa  332  3e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4510  transcriptional regulator BetI  83.33 
 
 
194 aa  332  3e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5098  transcriptional regulator BetI  82.81 
 
 
194 aa  332  3e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1074  transcriptional regulator BetI  84.62 
 
 
195 aa  323  7e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000226822  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1426  transcriptional regulator BetI  84.38 
 
 
195 aa  315  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80296  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0375  transcriptional regulator BetI  84.38 
 
 
202 aa  315  3e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00292447  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1835  transcriptional regulator BetI  84.38 
 
 
195 aa  315  3e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0466  transcriptional regulator BetI  84.38 
 
 
202 aa  315  3e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0181  transcriptional regulator BetI  84.38 
 
 
195 aa  315  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1923  transcriptional regulator BetI  84.38 
 
 
195 aa  315  3e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00275068  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0916  transcriptional regulator BetI  84.38 
 
 
202 aa  314  6e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0327012  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3538  transcriptional regulator BetI  82.81 
 
 
194 aa  314  6e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5060  transcriptional regulator BetI  83.85 
 
 
195 aa  308  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0255482 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1590  transcriptional regulator BetI  85.94 
 
 
195 aa  305  3e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0483  transcriptional regulator BetI  61.03 
 
 
196 aa  244  6.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0440  regulatory protein BetI  57.87 
 
 
197 aa  236  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4734  transcriptional regulator BetI  57.87 
 
 
197 aa  236  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5242  transcriptional regulator BetI  56.85 
 
 
197 aa  232  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170653  normal  0.0512317 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4935  transcriptional regulator BetI  57.95 
 
 
218 aa  231  5e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.239161  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5113  transcriptional regulator BetI  57.73 
 
 
218 aa  230  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0491395  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0403  transcriptional regulator BetI  56.92 
 
 
218 aa  230  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6159  transcriptional regulator BetI  60.91 
 
 
197 aa  225  4e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70970  transcriptional regulator BetI  60.91 
 
 
197 aa  225  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.790986 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1513  transcriptional regulator BetI  57.29 
 
 
198 aa  223  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0564912  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2829  transcriptional regulator BetI  55.56 
 
 
198 aa  223  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2556  transcriptional regulator BetI  55.38 
 
 
195 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.160785  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1516  transcriptional regulator BetI  58.64 
 
 
197 aa  215  2.9999999999999998e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.026336  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0328  transcriptional regulator BetI  55.79 
 
 
195 aa  206  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0372  transcriptional regulator BetI  55.79 
 
 
195 aa  206  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0344  transcriptional regulator BetI  55.79 
 
 
195 aa  207  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00269  transcriptional regulator BetI  55.79 
 
 
195 aa  206  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.547366  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3293  transcriptional regulator, TetR family  55.79 
 
 
195 aa  206  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3310  transcriptional regulator BetI  55.79 
 
 
195 aa  206  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0375  transcriptional regulator BetI  55.79 
 
 
195 aa  206  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0868398 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00272  hypothetical protein  55.79 
 
 
195 aa  206  2e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.418668  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1834  transcriptional regulator, TetR family  55.38 
 
 
196 aa  205  4e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.353647 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2915  transcriptional regulator BetI  54.17 
 
 
180 aa  194  5.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1121  transcriptional regulator BetI  47.94 
 
 
201 aa  180  9.000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1009  transcriptional regulator BetI  46.91 
 
 
201 aa  179  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2070  transcriptional regulator BetI  47.94 
 
 
202 aa  179  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1198  transcriptional regulator BetI  50.87 
 
 
201 aa  177  5.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245724 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3842  transcriptional regulator BetI  48.47 
 
 
197 aa  177  7e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1948  transcriptional regulator BetI  45.92 
 
 
198 aa  176  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.200723  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3037  transcriptional regulator BetI  47.42 
 
 
201 aa  174  9e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.116716  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1313  transcriptional regulator BetI  47.42 
 
 
201 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1323  transcriptional regulator BetI  47.42 
 
 
201 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1349  transcriptional regulator BetI  46.91 
 
 
201 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.287074  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06181  transcriptional regulator BetI  46.84 
 
 
199 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1332  transcriptional regulator BetI  47.62 
 
 
196 aa  170  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945819  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3513  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
195 aa  165  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.809024  normal  0.394338 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000366  HTH-type transcriptional regulator BetI  45.41 
 
 
194 aa  161  7e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2589  transcriptional regulator BetI  47.42 
 
 
196 aa  160  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0713  transcriptional regulator BetI  45.6 
 
 
201 aa  156  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0124161  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4012  transcriptional regulator BetI  44.33 
 
 
201 aa  145  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.4529  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2708  transcriptional regulator BetI  42.05 
 
 
194 aa  143  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0554  transcriptional regulator BetI  41.15 
 
 
198 aa  143  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0555  transcriptional regulator BetI  40.62 
 
 
201 aa  143  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02851  putative transcriptional repressor for the cellular response to osmotic stress (TetR/AcrR family) protein  40.41 
 
 
186 aa  136  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1885  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
196 aa  136  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0778  transcriptional regulator BetI  40.51 
 
 
211 aa  132  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.576335  normal  0.0961486 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0891  transcriptional regulator BetI  38.95 
 
 
208 aa  129  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.21263  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1898  transcriptional regulator BetI  39.79 
 
 
189 aa  128  6e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0565  transcriptional regulator BetI  38.27 
 
 
202 aa  125  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.359685 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2182  transcriptional regulator BetI  38.42 
 
 
194 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0854  transcriptional regulator BetI  38.42 
 
 
194 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3158  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
202 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.303852  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2312  transcriptional regulator BetI  37.71 
 
 
194 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.48058  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8404  putative transcriptional regulator, TetR family  40.76 
 
 
677 aa  111  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1151  transcriptional regulator TetR family  36.53 
 
 
182 aa  102  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.741088  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1496  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
190 aa  92.4  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000100434  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
212 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0177  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 
208 aa  87  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.775643 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0435  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
217 aa  85.9  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.839793 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3936  TetR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
197 aa  84.3  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0494347  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2032  TetR family transcriptional regulator  29.13 
 
 
214 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.874631  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2175  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
214 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.595394  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3731  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
214 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1671  TetR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
201 aa  75.5  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.290262  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  28.87 
 
 
215 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0658  TetR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
195 aa  73.2  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.609022  normal  0.929409 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
215 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2840  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
216 aa  70.1  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3528  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
216 aa  69.3  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1591  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
215 aa  68.9  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.194821 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3172  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
216 aa  68.6  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.547125 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4321  regulatory protein TetR  34.12 
 
 
194 aa  67  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0684654  normal  0.242009 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2881  transcriptional regulator, TetR family  29.13 
 
 
367 aa  64.3  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4915  transcriptional regulator, TetR family  30.57 
 
 
206 aa  63.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.259096  normal  0.574827 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2734  putative transcriptional regulator, TetR family  36.26 
 
 
206 aa  63.2  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  0.79417 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31350  hypothetical protein  29.56 
 
 
203 aa  63.5  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112877  normal  0.357558 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2422  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 
197 aa  61.6  0.000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000265027  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1087  transcriptional regulator, TetR family  27.17 
 
 
215 aa  60.1  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.9461  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1135  TetR family transcriptional regulator  26.16 
 
 
206 aa  59.7  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3227  transcriptional regulator, TetR family  33.04 
 
 
204 aa  59.7  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3573  transcriptional regulator, TetR family  30.08 
 
 
196 aa  57.4  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5404  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 
192 aa  57.4  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0587042  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>