257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1121 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1121  transcriptional regulator BetI  100 
 
 		 201 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1009  transcriptional regulator BetI  94.5 
 
 		 201 aa  392  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1198  transcriptional regulator BetI  93.5 
 
 		 201 aa  389  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245724 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1948  transcriptional regulator BetI  78.57 
 
 		 198 aa  323  1e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.200723  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2070  transcriptional regulator BetI  76 
 
 		 202 aa  316  2e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0713  transcriptional regulator BetI  72.64 
 
 		 201 aa  285  5e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0124161  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1332  transcriptional regulator BetI  68.88 
 
 		 196 aa  279  2e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945819  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1349  transcriptional regulator BetI  66.17 
 
 		 201 aa  275  3e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.287074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3037  transcriptional regulator BetI  66.17 
 
 		 201 aa  274  6e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.116716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1323  transcriptional regulator BetI  66.17 
 
 		 201 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1313  transcriptional regulator BetI  66.17 
 
 		 201 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3842  transcriptional regulator BetI  58.16 
 
 		 197 aa  216  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2589  transcriptional regulator BetI  56.63 
 
 		 196 aa  206  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4012  transcriptional regulator BetI  62.12 
 
 		 201 aa  205  4e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.4529  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3308  transcriptional regulator BetI  47.94 
 
 		 196 aa  180  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5035  transcriptional regulator BetI  50.29 
 
 		 194 aa  177  7e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.496722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4510  transcriptional regulator BetI  50.29 
 
 		 194 aa  177  7e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0555  transcriptional regulator BetI  50.29 
 
 		 194 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3270  transcriptional regulator BetI  49.71 
 
 		 194 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02851  putative transcriptional repressor for the cellular response to osmotic stress (TetR/AcrR family) protein  45.83 
 
 		 186 aa  175  3e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5184  transcriptional regulator BetI  49.71 
 
 		 194 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.14696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5098  transcriptional regulator BetI  49.71 
 
 		 194 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1074  transcriptional regulator BetI  49.71 
 
 		 195 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000226822  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1513  transcriptional regulator BetI  49.19 
 
 		 198 aa  171  5e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0564912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3538  transcriptional regulator BetI  49.13 
 
 		 194 aa  170  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0181  transcriptional regulator BetI  49.13 
 
 		 195 aa  168  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1923  transcriptional regulator BetI  49.13 
 
 		 195 aa  168  5e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00275068  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1835  transcriptional regulator BetI  49.13 
 
 		 195 aa  168  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1426  transcriptional regulator BetI  49.13 
 
 		 195 aa  168  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80296  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0916  transcriptional regulator BetI  49.13 
 
 		 202 aa  168  6e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0327012  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0375  transcriptional regulator BetI  49.13 
 
 		 202 aa  168  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00292447  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0466  transcriptional regulator BetI  49.13 
 
 		 202 aa  168  6e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2829  transcriptional regulator BetI  48.85 
 
 		 198 aa  164  9e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0403  transcriptional regulator BetI  47.37 
 
 		 218 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2556  transcriptional regulator BetI  45.74 
 
 		 195 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.160785  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0483  transcriptional regulator BetI  44.21 
 
 		 196 aa  162  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4734  transcriptional regulator BetI  45.79 
 
 		 197 aa  161  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0440  regulatory protein BetI  45.79 
 
 		 197 aa  160  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5242  transcriptional regulator BetI  46.15 
 
 		 197 aa  160  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170653  normal  0.0512317 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3293  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 		 195 aa  160  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3310  transcriptional regulator BetI  46.03 
 
 		 195 aa  160  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1516  transcriptional regulator BetI  43.48 
 
 		 197 aa  159  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.026336  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0375  transcriptional regulator BetI  46.32 
 
 		 195 aa  157  7e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0868398 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0372  transcriptional regulator BetI  46.32 
 
 		 195 aa  157  7e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0328  transcriptional regulator BetI  46.32 
 
 		 195 aa  157  7e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00269  transcriptional regulator BetI  46.32 
 
 		 195 aa  157  8e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.547366  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00272  hypothetical protein  46.32 
 
 		 195 aa  157  8e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.418668  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1590  transcriptional regulator BetI  49.13 
 
 		 195 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4935  transcriptional regulator BetI  47.37 
 
 		 218 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.239161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0344  transcriptional regulator BetI  46.32 
 
 		 195 aa  156  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5113  transcriptional regulator BetI  47.37 
 
 		 218 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0491395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06181  transcriptional regulator BetI  39.9 
 
 		 199 aa  150  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1834  transcriptional regulator, TetR family  45.56 
 
 		 196 aa  150  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.353647 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5060  transcriptional regulator BetI  46.82 
 
 		 195 aa  149  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0255482 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6159  transcriptional regulator BetI  46.2 
 
 		 197 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70970  transcriptional regulator BetI  46.2 
 
 		 197 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.790986 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000366  HTH-type transcriptional regulator BetI  39.9 
 
 		 194 aa  145  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2915  transcriptional regulator BetI  47.71 
 
 		 180 aa  142  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1885  TetR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 196 aa  131  7.999999999999999e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3513  TetR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 195 aa  123  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.809024  normal  0.394338 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2708  transcriptional regulator BetI  37.93 
 
 		 194 aa  120  9e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0554  transcriptional regulator BetI  36.57 
 
 		 198 aa  117  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0555  transcriptional regulator BetI  36.57 
 
 		 201 aa  117  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8404  putative transcriptional regulator, TetR family  35.8 
 
 		 677 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0565  transcriptional regulator BetI  35.84 
 
 		 202 aa  102  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.359685 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0891  transcriptional regulator BetI  35.71 
 
 		 208 aa  99  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.21263  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1898  transcriptional regulator BetI  33.85 
 
 		 189 aa  97.8  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3158  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 202 aa  95.9  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.303852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2182  transcriptional regulator BetI  33.9 
 
 		 194 aa  94.7  7e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0854  transcriptional regulator BetI  33.9 
 
 		 194 aa  94.7  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1496  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 190 aa  94.4  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000100434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0778  transcriptional regulator BetI  36.42 
 
 		 211 aa  89.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.576335  normal  0.0961486 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2312  transcriptional regulator BetI  34.1 
 
 		 194 aa  89.4  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.48058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1151  transcriptional regulator TetR family  36.24 
 
 		 182 aa  85.1  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.741088  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3731  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2032  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.874631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2175  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 214 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.595394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0435  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.839793 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1671  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 201 aa  74.7  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.290262  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3936  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 197 aa  67.8  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0494347  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0452  transcriptional regulator, TetR family  21.53 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3172  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.547125 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3528  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2840  TetR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0658  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 195 aa  56.6  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.609022  normal  0.929409 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2881  transcriptional regulator, TetR family  27.47 
 
 		 367 aa  56.6  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1591  TetR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.194821 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0177  TetR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.775643 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1892  transcriptional regulator  25.6 
 
 		 205 aa  54.7  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00216331  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1087  transcriptional regulator, TetR family  27.5 
 
 		 215 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.9461  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2422  transcriptional regulator, TetR family  25.52 
 
 		 197 aa  52.8  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000265027  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1682  transcriptional regulator, TetR family  37.33 
 
 		 221 aa  52.8  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.274254 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2371  transcriptional regulator, TetR family  32.94 
 
 		 202 aa  51.6  0.000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1843  transcriptional regulatory protein  25.57 
 
 		 201 aa  51.2  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.677238  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0424  transcriptional regulator, TetR family  24.09 
 
 		 201 aa  51.2  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.315635  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3016  transcriptional regulator, TetR family  25.62 
 
 		 209 aa  50.1  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.150997  normal  0.125451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>