219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3158 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3158  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 202 aa  410  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.303852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2182  transcriptional regulator BetI  55.95 
 
 		 194 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0854  transcriptional regulator BetI  55.95 
 
 		 194 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1898  transcriptional regulator BetI  51.06 
 
 		 189 aa  179  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1496  TetR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 190 aa  175  4e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000100434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2312  transcriptional regulator BetI  52.98 
 
 		 194 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.48058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2708  transcriptional regulator BetI  47.34 
 
 		 194 aa  160  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0555  transcriptional regulator BetI  45.6 
 
 		 201 aa  157  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0554  transcriptional regulator BetI  47.34 
 
 		 198 aa  155  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0565  transcriptional regulator BetI  43.46 
 
 		 202 aa  152  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.359685 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0891  transcriptional regulator BetI  45.7 
 
 		 208 aa  150  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.21263  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0778  transcriptional regulator BetI  47.12 
 
 		 211 aa  148  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.576335  normal  0.0961486 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2829  transcriptional regulator BetI  36.92 
 
 		 198 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1513  transcriptional regulator BetI  40.59 
 
 		 198 aa  126  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0564912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5242  transcriptional regulator BetI  37.11 
 
 		 197 aa  125  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170653  normal  0.0512317 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5184  transcriptional regulator BetI  42.01 
 
 		 194 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.14696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3270  transcriptional regulator BetI  42.01 
 
 		 194 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5098  transcriptional regulator BetI  42.01 
 
 		 194 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0555  transcriptional regulator BetI  41.42 
 
 		 194 aa  121  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2556  transcriptional regulator BetI  35.87 
 
 		 195 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.160785  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3538  transcriptional regulator BetI  42.6 
 
 		 194 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4510  transcriptional regulator BetI  40.83 
 
 		 194 aa  118  7e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5035  transcriptional regulator BetI  40.83 
 
 		 194 aa  118  7e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.496722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4935  transcriptional regulator BetI  37.77 
 
 		 218 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.239161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1834  transcriptional regulator, TetR family  42.6 
 
 		 196 aa  117  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.353647 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5113  transcriptional regulator BetI  37.23 
 
 		 218 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0491395  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0916  transcriptional regulator BetI  40.23 
 
 		 202 aa  115  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0327012  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4734  transcriptional regulator BetI  35.57 
 
 		 197 aa  116  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0375  transcriptional regulator BetI  40.23 
 
 		 202 aa  115  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00292447  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0403  transcriptional regulator BetI  37.23 
 
 		 218 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3842  transcriptional regulator BetI  38.01 
 
 		 197 aa  115  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0466  transcriptional regulator BetI  40.23 
 
 		 202 aa  115  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3308  transcriptional regulator BetI  39.66 
 
 		 196 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0181  transcriptional regulator BetI  41.42 
 
 		 195 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1923  transcriptional regulator BetI  41.42 
 
 		 195 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00275068  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1835  transcriptional regulator BetI  41.42 
 
 		 195 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1426  transcriptional regulator BetI  41.42 
 
 		 195 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80296  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1151  transcriptional regulator TetR family  45.58 
 
 		 182 aa  115  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.741088  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0440  regulatory protein BetI  35.57 
 
 		 197 aa  115  5e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3293  transcriptional regulator, TetR family  41.04 
 
 		 195 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1516  transcriptional regulator BetI  36.52 
 
 		 197 aa  113  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.026336  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3310  transcriptional regulator BetI  41.04 
 
 		 195 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00269  transcriptional regulator BetI  41.04 
 
 		 195 aa  112  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.547366  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00272  hypothetical protein  41.04 
 
 		 195 aa  112  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.418668  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0375  transcriptional regulator BetI  41.04 
 
 		 195 aa  112  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0868398 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0372  transcriptional regulator BetI  41.04 
 
 		 195 aa  112  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0328  transcriptional regulator BetI  41.04 
 
 		 195 aa  112  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1074  transcriptional regulator BetI  40.83 
 
 		 195 aa  111  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000226822  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0344  transcriptional regulator BetI  40.46 
 
 		 195 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0483  transcriptional regulator BetI  35.87 
 
 		 196 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3513  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 195 aa  108  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.809024  normal  0.394338 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1590  transcriptional regulator BetI  40.59 
 
 		 195 aa  107  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5060  transcriptional regulator BetI  40 
 
 		 195 aa  106  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0255482 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70970  transcriptional regulator BetI  41.14 
 
 		 197 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.790986 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2915  transcriptional regulator BetI  35.75 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6159  transcriptional regulator BetI  41.14 
 
 		 197 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06181  transcriptional regulator BetI  35.48 
 
 		 199 aa  105  6e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1948  transcriptional regulator BetI  35.47 
 
 		 198 aa  104  8e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.200723  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4012  transcriptional regulator BetI  32.97 
 
 		 201 aa  101  9e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.4529  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2589  transcriptional regulator BetI  34.91 
 
 		 196 aa  101  9e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3037  transcriptional regulator BetI  34.29 
 
 		 201 aa  99.4  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.116716  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1332  transcriptional regulator BetI  33.33 
 
 		 196 aa  99  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945819  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1323  transcriptional regulator BetI  34.29 
 
 		 201 aa  99  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1313  transcriptional regulator BetI  34.29 
 
 		 201 aa  99  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1009  transcriptional regulator BetI  32.62 
 
 		 201 aa  97.8  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1349  transcriptional regulator BetI  33.71 
 
 		 201 aa  97.8  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.287074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8404  putative transcriptional regulator, TetR family  37.27 
 
 		 677 aa  96.7  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1198  transcriptional regulator BetI  31.55 
 
 		 201 aa  96.7  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245724 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2070  transcriptional regulator BetI  33.52 
 
 		 202 aa  95.9  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1121  transcriptional regulator BetI  32.62 
 
 		 201 aa  95.9  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02851  putative transcriptional repressor for the cellular response to osmotic stress (TetR/AcrR family) protein  32.74 
 
 		 186 aa  94.4  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000366  HTH-type transcriptional regulator BetI  32.8 
 
 		 194 aa  91.7  7e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1885  TetR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 196 aa  85.1  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0713  transcriptional regulator BetI  31.95 
 
 		 201 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0124161  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 212 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3936  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 197 aa  74.7  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0494347  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0177  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 208 aa  72.4  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.775643 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2175  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 214 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.595394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2032  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 214 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.874631  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3731  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1671  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 201 aa  66.6  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.290262  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 215 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  27.46 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0435  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 217 aa  59.3  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.839793 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3227  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0658  TetR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.609022  normal  0.929409 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1087  transcriptional regulator, TetR family  34.88 
 
 		 215 aa  55.1  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.9461  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4024  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 199 aa  55.1  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497962  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3528  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2774  transcriptional regulator, TetR family  33.11 
 
 		 208 aa  53.5  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3704  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 202 aa  53.5  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0336  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 191 aa  53.1  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.510139 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3172  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 216 aa  52.8  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.547125 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16270  transcriptional regulator  26.35 
 
 		 287 aa  52.4  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1289  transcriptional regulator, TetR family  30.09 
 
 		 192 aa  52.8  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2840  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 216 aa  51.6  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1591  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 215 aa  51.2  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.194821 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1398  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 191 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6166  putative transcriptional regulator, TetR family  43.04 
 
 		 197 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42038  normal  0.0100509 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0999  transcriptional regulator, TetR family  25.75 
 
 		 178 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.252522 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>