More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2824 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2824  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 226 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2737  TetR family transcriptional regulator  56.82 
 
 		 220 aa  265  5e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5711  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 245 aa  195  5.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3850  TetR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 207 aa  155  7e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.349935 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2422  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 197 aa  76.6  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000265027  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3314  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 194 aa  75.9  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2803  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 194 aa  75.9  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.014286  normal  0.214284 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3066  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 190 aa  70.1  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.122558 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5734  transcriptional regulator, TetR family  30.59 
 
 		 199 aa  69.3  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.801726 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3293  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 190 aa  69.3  0.00000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124137 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2744  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.184508  normal  0.510089 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7752  putative transcriptional regulator, TetR family  26.46 
 
 		 202 aa  67.8  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0280  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 196 aa  67  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1591  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.194821 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  30.65 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1921  transcriptional regulator, TetR family  26.84 
 
 		 197 aa  64.3  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0409606  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0452  transcriptional regulator, TetR family  25.52 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2734  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 206 aa  63.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  0.79417 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3171  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 216 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323724  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11503  transcriptional regulator  25.75 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.243571 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32940  transcriptional regulator, TetR family  31.08 
 
 		 187 aa  62  0.000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07900  hypothetical protein  28.98 
 
 		 186 aa  61.2  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.591065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9078  putative transcriptional regulator, TetR family  35.8 
 
 		 211 aa  61.6  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5404  transcriptional regulator, TetR family  25.54 
 
 		 192 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0587042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3666  TetR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 187 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.356922  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1946  transcriptional regulator, TetR family  27.04 
 
 		 191 aa  60.1  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.173435  hitchhiker  0.00972871 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1074  transcriptional regulator, TetR family  25.17 
 
 		 184 aa  60.5  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0697  transcriptional regulator, TetR family  44.93 
 
 		 189 aa  60.1  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0728261  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2695  TetR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.945572  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2448  TetR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2493  TetR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.126348  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2067  transcriptional regulator, TetR family  23.78 
 
 		 213 aa  59.3  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.855193  normal  0.580158 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 203 aa  58.9  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5570  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 		 198 aa  58.9  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5089  transcriptional regulator, TetR family  20.6 
 
 		 198 aa  58.9  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1950  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 240 aa  58.5  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663338  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6228  transcriptional regulator, TetR family  25.7 
 
 		 194 aa  58.9  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.301912  normal  0.923303 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2485  TetR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 192 aa  58.5  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9052  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 193 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6787  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1135  TetR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 206 aa  58.2  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16270  transcriptional regulator  25.49 
 
 		 287 aa  57  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2120  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 198 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1560  transcriptional regulator, TetR family  24.2 
 
 		 221 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2902  regulatory protein, TetR  33.04 
 
 		 253 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.271799  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  28.5 
 
 		 203 aa  57  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7448  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.58477 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  27.7 
 
 		 214 aa  57.4  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0371  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 249 aa  56.6  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2881  transcriptional regulator, TetR family  21.08 
 
 		 367 aa  56.6  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3091  TetR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 224 aa  55.8  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0700  TetR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 178 aa  55.8  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.665559 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2400  regulatory protein TetR  25.35 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.133792  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4071  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 235 aa  55.8  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365856  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0653  TetR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 250 aa  55.5  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2074  transcriptional regulator, TetR family  23.6 
 
 		 189 aa  55.5  0.0000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902771  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1864  transcriptional regulator, TetR family  30.54 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.796207  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2518  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.647945 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 199 aa  55.1  0.0000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2477  transcriptional regulator, TetR family  28.31 
 
 		 190 aa  55.1  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.48 
 
 		 232 aa  55.1  0.0000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22500  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 199 aa  54.7  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.589103  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6786  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 199 aa  54.3  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0059  transcriptional regulator, TetR family  21.76 
 
 		 194 aa  54.3  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00007304  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2695  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 185 aa  54.7  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000333836  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  26.7 
 
 		 196 aa  54.7  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4813  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 223 aa  54.7  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2094  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 		 186 aa  54.3  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000324065 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  28.02 
 
 		 209 aa  55.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0184  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 335 aa  54.3  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000505732  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  28.06 
 
 		 239 aa  54.3  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1332  transcriptional regulator BetI  25.3 
 
 		 196 aa  53.9  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945819  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 214 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0177  TetR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 208 aa  54.3  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.775643 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 245 aa  53.9  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  28.22 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  28.82 
 
 		 247 aa  53.5  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.76 
 
 		 236 aa  53.9  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1824  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 203 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0882089  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.76 
 
 		 236 aa  53.9  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1714  transcriptional regulator, TetR family  30.36 
 
 		 211 aa  54.3  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.058675  normal  0.0438262 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4322  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 242 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2098  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 199 aa  54.3  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0785695  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1871  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 203 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.516108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1922  transcriptional regulator, TetR family  45.31 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1805  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 203 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.386636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1778  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  28.86 
 
 		 215 aa  54.3  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 240 aa  53.5  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00530  transcriptional regulator  32.35 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 208 aa  53.1  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2813  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 215 aa  53.1  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>