More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0371 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0371  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  464  9.999999999999999e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2515  TetR family transcriptional regulator  56.31 
 
 		 238 aa  210  2e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.745235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  34.07 
 
 		 196 aa  65.1  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2134  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00399747  normal  0.0273951 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 238 aa  59.7  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1922  transcriptional regulator, TetR family  29.91 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0880  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.987052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0646  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  31.41 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 247 aa  58.5  0.00000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1204  transcriptional regulator, TetR family  38.54 
 
 		 206 aa  58.5  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.260768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 247 aa  58.5  0.00000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 231 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  48.15 
 
 		 205 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  48.15 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  39.47 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  39.47 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  42.42 
 
 		 203 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2147  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576982  hitchhiker  0.00198138 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1225  TetR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.657492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4024  TetR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 199 aa  57  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497962  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1862  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23110  transcriptional regulator  40.62 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1794  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  40.58 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4844  transcriptional regulator, TetR family  40.86 
 
 		 252 aa  55.8  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4672  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.959951  normal  0.170381 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.54 
 
 		 213 aa  55.1  0.0000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5711  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 245 aa  55.1  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  46.03 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  46.03 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2627  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 202 aa  54.3  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000108473  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3469  transcriptional regulator, TetR family  39.74 
 
 		 219 aa  54.7  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.930137  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  46.03 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  29.3 
 
 		 207 aa  54.7  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1561  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 219 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1451  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 224 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 205 aa  54.3  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  46.03 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6216  transcriptional regulator, TetR family  42.03 
 
 		 208 aa  54.7  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1397  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 224 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.515474  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  46.03 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1632  transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 		 239 aa  54.7  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0919  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 215 aa  54.7  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.563199 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1415  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 224 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 231 aa  54.7  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 224 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  46.03 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2962  TetR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 201 aa  54.3  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13232  TetR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 228 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.414971 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  47.06 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1844  TetR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 242 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000808903 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 212 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 257 aa  53.9  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1743  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 244 aa  53.5  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.065917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 213 aa  54.3  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3299  TetR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 204 aa  53.5  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.168419 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  45 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  45.28 
 
 		 216 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  38.67 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2974  TetR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 209 aa  53.9  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3894  regulatory protein TetR  26.92 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  43.08 
 
 		 204 aa  53.9  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0444  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 220 aa  53.1  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.275459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  44.93 
 
 		 217 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  44.93 
 
 		 217 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  44.93 
 
 		 217 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  46.38 
 
 		 227 aa  53.5  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11567  transcriptional regulator  35.78 
 
 		 225 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  41.51 
 
 		 230 aa  53.1  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2311  transcriptional regulator, TetR family  45.9 
 
 		 235 aa  53.5  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3806  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 238 aa  53.5  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.65239  normal  0.316965 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24090  transcriptional regulator  36.71 
 
 		 209 aa  53.5  0.000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  44.93 
 
 		 217 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0994  transcriptional regulator, TetR family  28.81 
 
 		 271 aa  53.5  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  37.66 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 222 aa  53.1  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  44.93 
 
 		 217 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0677  transcriptional regulator, TetR family  28.98 
 
 		 238 aa  53.5  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4193  TetR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 200 aa  53.5  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2461  TetR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 234 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.460998  normal  0.536684 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10920  transcriptional regulator  32.67 
 
 		 201 aa  53.1  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0917166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2159  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 205 aa  52.8  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 208 aa  52.8  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 206 aa  52.8  0.000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1965  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 206 aa  52.8  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0526053  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1864  TetR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 204 aa  52.8  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.370614  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>