More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3397 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0290  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 209 aa  132  6e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.547414  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0304  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 209 aa  132  6e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661097  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1569  putative transcriptional regulator  38.05 
 
 		 212 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18080  TetR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 212 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 206 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0374  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 215 aa  120  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.120665  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10080  Transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 		 217 aa  115  6.9999999999999995e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.530554  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0319  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 206 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0502  TetR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 221 aa  114  8.999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 211 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3587  TetR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 208 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  39.78 
 
 		 211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  39.78 
 
 		 211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  39.78 
 
 		 211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  39.78 
 
 		 211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  39.78 
 
 		 211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  39.78 
 
 		 211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  37.78 
 
 		 223 aa  111  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  37.78 
 
 		 223 aa  111  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 211 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  37.22 
 
 		 219 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  39.87 
 
 		 219 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0707  TetR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 219 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4830  transcriptional regulator, TetR family  35.59 
 
 		 226 aa  109  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3714  TetR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 212 aa  108  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 210 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 210 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 261 aa  106  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 210 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3587  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 242 aa  105  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 234 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 234 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 213 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 210 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0390  TetR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 230 aa  104  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  34.54 
 
 		 223 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 216 aa  103  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  35.05 
 
 		 219 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 213 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 213 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 213 aa  102  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2034  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 228 aa  102  7e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743283  decreased coverage  0.000716409 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 210 aa  101  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1594  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 210 aa  101  8e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000148614  unclonable  0.000000209189 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3469  transcriptional regulator, TetR family  35.92 
 
 		 219 aa  99  6e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.930137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 238 aa  98.6  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0693  TetR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 207 aa  98.2  8e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000831417  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3439  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 239 aa  98.2  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  32.47 
 
 		 215 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  32.47 
 
 		 215 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  32.47 
 
 		 215 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  32.47 
 
 		 215 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  32.47 
 
 		 215 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  32.47 
 
 		 215 aa  96.7  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  32.47 
 
 		 215 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  32.47 
 
 		 215 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  32.47 
 
 		 215 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5677  regulatory protein  36.72 
 
 		 201 aa  96.7  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.106455  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.68 
 
 		 217 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.68 
 
 		 217 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.68 
 
 		 217 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.68 
 
 		 217 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.68 
 
 		 217 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0324  TetR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 203 aa  96.3  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.720161 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2888  TetR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 231 aa  94.7  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.465905  normal  0.0499957 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3715  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 208 aa  92.8  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 202 aa  91.7  9e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.41 
 
 		 217 aa  90.1  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  32.45 
 
 		 218 aa  87  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  32.45 
 
 		 218 aa  87  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  32.45 
 
 		 218 aa  87  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1410  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 228 aa  85.9  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.398203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2159  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 205 aa  85.9  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  31.31 
 
 		 212 aa  85.9  5e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3703  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  32.28 
 
 		 215 aa  84.3  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83778 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  32.42 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.4 
 
 		 216 aa  82.4  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  30.81 
 
 		 220 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3653  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  30.81 
 
 		 220 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.451581 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3687  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  30.27 
 
 		 220 aa  76.6  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0386851 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38380  putative transcriptional regulator  30.51 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0126427 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3580  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  30.27 
 
 		 220 aa  75.9  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.344721  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3493  TetR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729173  normal  0.75311 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3750  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  30.27 
 
 		 220 aa  75.9  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.833551 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.69 
 
 		 213 aa  74.7  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1196  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 235 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0270816  normal  0.528782 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.79 
 
 		 213 aa  73.9  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2537  TetR family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 87 aa  70.1  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03122  DNA-binding transcriptional regulator  37.01 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0442  transcriptional regulator, TetR family  37.01 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.671353  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3457  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  37.01 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000315342  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  37.01 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00305215  normal  0.159786 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03073  hypothetical protein  37.01 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.807649  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0442  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  37.01 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3749  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  37.01 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000431628  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  37.01 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3559  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  37.01 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00735263  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>