More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2766 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2766  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 198 aa  397  9.999999999999999e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.597397  hitchhiker  0.0084658 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2679  transcriptional regulator, TetR family  63.3 
 
 		 210 aa  237  8e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.569392  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1492  putative transcriptional regulator, TetR family  46.89 
 
 		 216 aa  180  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8769  putative transcriptional regulator, TetR family  47.69 
 
 		 202 aa  169  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0023  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 205 aa  143  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3882  transcriptional regulator, TetR family  41.4 
 
 		 190 aa  133  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22250  transcriptional regulator  43.53 
 
 		 196 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0446991  normal  0.543201 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3751  putative transcriptional regulator, TetR family  42.93 
 
 		 178 aa  125  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0636766  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5621  transcriptional regulator, TetR family  34.81 
 
 		 195 aa  111  7.000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00254336 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10333  TetR/AcrR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 200 aa  107  1e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5669  regulatory protein TetR  33.87 
 
 		 190 aa  84  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1173  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 189 aa  60.8  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4362  TetR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 228 aa  60.5  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0699129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2737  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 220 aa  57  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  30.95 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0161  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1982  transcriptional regulator, TetR family  34.07 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.142001  hitchhiker  0.0000322137 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  30.95 
 
 		 235 aa  55.1  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3871  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 235 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1684  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 227 aa  54.7  0.0000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3598  TetR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 235 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.153473  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 234 aa  54.3  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1684  TetR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 235 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.46279  normal  0.0995016 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4113  TetR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 236 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.249212  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2144  TetR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 235 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0903799 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3282  regulatory protein, TetR  35.62 
 
 		 238 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2917  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 218 aa  53.5  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1789  TetR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.461504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1660  TetR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 235 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.903697  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  44.83 
 
 		 220 aa  53.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  42.37 
 
 		 207 aa  53.5  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1523  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 200 aa  53.1  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120489 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 212 aa  52.8  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 228 aa  52.8  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 218 aa  52.4  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0125  transcriptional regulator, TetR family  29.2 
 
 		 204 aa  52.4  0.000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.247519  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  44.83 
 
 		 221 aa  52.4  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 209 aa  52  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1814  transcriptional regulator, TetR family  36.56 
 
 		 216 aa  52.4  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2153  transcriptional regulator PsrA  34.48 
 
 		 233 aa  52  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25180  transcriptional regulator PsrA  34.25 
 
 		 233 aa  52  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  40.79 
 
 		 244 aa  52  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3981  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 198 aa  51.6  0.000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000890193 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1574  regulatory protein, TetR  29.89 
 
 		 200 aa  51.6  0.000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.979673 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3896  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 199 aa  51.6  0.000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.971829  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 		 235 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3508  transcriptional regulator PsrA  35.38 
 
 		 238 aa  51.2  0.000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 238 aa  51.2  0.000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 225 aa  51.2  0.000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1768  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 181 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0908345  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 239 aa  50.8  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5089  transcriptional regulator, TetR family  26.7 
 
 		 198 aa  50.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6235  transcriptional regulator, TetR family  47.62 
 
 		 230 aa  51.2  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.319409  normal  0.706195 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6178  transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 		 196 aa  50.8  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 221 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7736  putative transcriptional regulator, TetR family  25.28 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.97147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  31.11 
 
 		 214 aa  50.8  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000093152  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 224 aa  50.8  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2260  transcriptional regulator, TetR family  25.89 
 
 		 201 aa  50.1  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0104994  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 318 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 316 aa  50.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3323  TetR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 227 aa  50.1  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.481358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 317 aa  50.4  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 318 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1550  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 209 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 229 aa  50.4  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  34.78 
 
 		 213 aa  50.1  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2801  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 209 aa  50.1  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 213 aa  50.4  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3899  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 247 aa  50.1  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0449568  normal  0.0930409 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 318 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1173  regulatory protein, TetR  26.59 
 
 		 202 aa  50.4  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.959952 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 318 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 316 aa  50.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 316 aa  50.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3380  regulatory protein, TetR  31.46 
 
 		 222 aa  49.7  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386273  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 213 aa  49.3  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  47.06 
 
 		 263 aa  49.7  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0658  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 195 aa  49.7  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.609022  normal  0.929409 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14520  Transcriptional regulator PsrA  38.81 
 
 		 239 aa  49.7  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4020  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 258 aa  49.7  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.12217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 223 aa  49.7  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0027  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 191 aa  49.3  0.00004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.192036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 226 aa  49.3  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  22.22 
 
 		 218 aa  49.3  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  23.24 
 
 		 208 aa  49.3  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 211 aa  48.9  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214617 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3257  transcriptional regulator, TetR family protein  38.89 
 
 		 195 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.696599 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 211 aa  48.9  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0269  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 207 aa  48.9  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.60794  normal  0.358976 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 245 aa  48.9  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  30.49 
 
 		 354 aa  48.9  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0392  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 213 aa  48.9  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 215 aa  48.5  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 212 aa  48.5  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 215 aa  48.5  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 212 aa  48.5  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 212 aa  48.5  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 212 aa  48.5  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 212 aa  48.5  0.00006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>