212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6178 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6178  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 196 aa  384  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2948  transcriptional regulator, TetR family  46.39 
 
 		 193 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000720602  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5683  transcriptional regulator, TetR family  48.19 
 
 		 189 aa  149  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0275  TetR family transcriptional regulator  42.49 
 
 		 193 aa  141  5e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.280469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6284  regulatory protein, TetR  39.15 
 
 		 195 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0798  transcriptional regulator, TetR family  41.92 
 
 		 194 aa  129  3e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0726  regulatory protein TetR  40.96 
 
 		 200 aa  128  4.0000000000000003e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2559  transcriptional regulator, TetR family  44.32 
 
 		 191 aa  129  4.0000000000000003e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3287  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 194 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.482502 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10198  transcriptional regulator  38.5 
 
 		 194 aa  126  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2720  TetR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 194 aa  125  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.532546  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2764  TetR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 194 aa  125  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2750  TetR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 194 aa  124  6e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.209675  normal  0.0475693 
 
 
-
 
NC_003296  RS01911  putative transcription regulator protein  38.3 
 
 		 191 aa  124  7e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0303213 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3009  TetR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 199 aa  122  3e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.101347  normal  0.721246 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0206  TetR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 205 aa  117  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.611612 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0685  TetR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0111634 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5671  transcriptional regulator, TetR family  34.03 
 
 		 190 aa  105  6e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06210  putative transcriptional regulator  35.08 
 
 		 189 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0238159 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2958  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 186 aa  89.7  3e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0440878  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4482  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 197 aa  87  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14402  normal  0.0182705 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0581  putative transcriptional regulator  33.85 
 
 		 189 aa  87  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3237  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 193 aa  87  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0582489  normal  0.651915 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3452  transcriptional regulator, TetR family  31.64 
 
 		 205 aa  84.7  7e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0294937  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3185  transcriptional regulator, TetR family  27.69 
 
 		 192 aa  84.7  8e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4649  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 186 aa  84.3  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.490512  normal  0.521268 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0216  TetR family transcriptional regulator  42.2 
 
 		 175 aa  84.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4057  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 191 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5016  transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 		 191 aa  82  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000793722  normal  0.491919 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2114  transcriptional regulator, TetR family  32.4 
 
 		 193 aa  80.5  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5685  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5860  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 194 aa  79.7  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5306  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 193 aa  77  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.635344  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5395  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 193 aa  77  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.488916  normal  0.171159 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7118  putative transcriptional regulator, TetR family  31.02 
 
 		 186 aa  77  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0105564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0735  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.177644  normal  0.315987 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0274  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 193 aa  75.5  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4071  putative transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 193 aa  73.2  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0294777  normal  0.94431 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1467  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.861342  normal  0.113855 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2194  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 203 aa  72  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.285199  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1740  transcriptional regulator, TetR family  32.75 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.976934  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02185  transcriptional regulator  23.91 
 
 		 196 aa  67.8  0.00000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.69519  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0275  TetR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 193 aa  66.2  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6109  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 209 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0617571  normal  0.147608 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5870  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 209 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4133  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 193 aa  63.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4264  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 181 aa  62.4  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2924  regulatory protein TetR  28.25 
 
 		 204 aa  62  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4533  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 198 aa  62  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0169871 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9229  transcriptional regulator TetR family  30.98 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1060  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 186 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0130577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2392  TetR family transcriptional regulator  21.89 
 
 		 198 aa  58.9  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0101662  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1297  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 182 aa  58.2  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2110  transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0942807  normal  0.362877 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  25.64 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0913  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 186 aa  56.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_013167  Cyan8802_4614  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 191 aa  54.3  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0973  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 215 aa  54.7  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.269206  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1963  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 190 aa  53.5  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.264679 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 202 aa  53.5  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6399  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 193 aa  53.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.147882 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5096  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 197 aa  53.5  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.841888  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0245  transcriptional regulator  35 
 
 		 208 aa  52.8  0.000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  25.71 
 
 		 199 aa  52.8  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1699  transcriptional regulator, TetR family  24.12 
 
 		 205 aa  52.4  0.000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.502572  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 196 aa  51.6  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  25.17 
 
 		 198 aa  51.6  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 212 aa  52  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2260  transcriptional regulator, TetR family  30.06 
 
 		 201 aa  51.6  0.000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0104994  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  26.56 
 
 		 193 aa  51.6  0.000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0316  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 176 aa  51.2  0.000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5526  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 209 aa  51.2  0.000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5890  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 209 aa  51.2  0.000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.223104  normal  0.394498 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 198 aa  51.2  0.000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1410  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 194 aa  50.8  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2766  regulatory protein, TetR  28.37 
 
 		 198 aa  50.8  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.597397  hitchhiker  0.0084658 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5603  TetR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 188 aa  50.8  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4813  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 223 aa  49.7  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3566  transcriptional regulator, TetR family  27.87 
 
 		 225 aa  49.3  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 196 aa  49.7  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3295  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 185 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.457543 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0043  transcriptional regulator, TetR family  31.98 
 
 		 188 aa  49.3  0.00004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4594  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 199 aa  48.9  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28390  transcriptional regulator  28.24 
 
 		 195 aa  48.9  0.00005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4347  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 190 aa  48.5  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2843  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 		 209 aa  48.9  0.00005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0187  TetR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 202 aa  48.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 212 aa  48.1  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1967  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 202 aa  47.4  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 190 aa  47.8  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3291  TetR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 195 aa  47.4  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05594  transcriptional regulator  22.35 
 
 		 191 aa  47.4  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2134  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 186 aa  46.6  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  24.74 
 
 		 196 aa  47  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5020  putative transcriptional regulator, TetR family  31.86 
 
 		 196 aa  47  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0294081  normal  0.0543061 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 200 aa  46.6  0.0002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>