163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1297 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1297  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 182 aa  362  2e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4264  TetR family transcriptional regulator  81.77 
 
 		 181 aa  301  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1146  TetR family transcriptional regulator  68.89 
 
 		 194 aa  218  3e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3422  transcriptional regulator, TetR family  63.69 
 
 		 187 aa  214  7e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.296256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2134  transcriptional regulator, TetR family  56.91 
 
 		 186 aa  211  2.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1060  transcriptional regulator, TetR family  57.06 
 
 		 186 aa  204  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0130577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0676  TetR family transcriptional regulator  59.34 
 
 		 191 aa  203  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.49013  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0913  transcriptional regulator, TetR family  57.69 
 
 		 186 aa  201  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7842  TetR family transcriptional regulator  62.13 
 
 		 182 aa  195  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341573  normal  0.515425 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3102  regulatory protein TetR  63.13 
 
 		 187 aa  192  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.44802  normal  0.6435 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3295  transcriptional regulator, TetR family  59.66 
 
 		 185 aa  190  1e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.457543 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0043  transcriptional regulator, TetR family  47.78 
 
 		 188 aa  144  1e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3948  transcriptional regulator, TetR family  41.32 
 
 		 180 aa  141  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2948  transcriptional regulator, TetR family  32.75 
 
 		 193 aa  75.1  0.0000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000720602  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3052  TetR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 183 aa  74.7  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.186092 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5683  transcriptional regulator, TetR family  35.63 
 
 		 189 aa  73.2  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2270  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 189 aa  67.4  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1963  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 190 aa  65.5  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.264679 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48190  putative transcriptional regulator  28.49 
 
 		 186 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0114913  normal  0.0538885 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0275  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 193 aa  64.7  0.0000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.280469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3185  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 192 aa  64.3  0.0000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6178  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 196 aa  63.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1649  TetR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 192 aa  63.5  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.279043 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4482  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 197 aa  57.8  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14402  normal  0.0182705 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2433  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5870  TetR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5671  transcriptional regulator, TetR family  30.52 
 
 		 190 aa  55.8  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5860  TetR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 194 aa  55.5  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6109  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0617571  normal  0.147608 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3452  transcriptional regulator, TetR family  26.26 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0294937  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1699  transcriptional regulator, TetR family  25.67 
 
 		 205 aa  54.3  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.502572  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6284  regulatory protein, TetR  27.27 
 
 		 195 aa  53.5  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0973  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 215 aa  53.1  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.269206  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C37  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 191 aa  52.8  0.000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3237  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 193 aa  53.1  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0582489  normal  0.651915 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5016  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 191 aa  53.1  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000793722  normal  0.491919 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1740  transcriptional regulator, TetR family  27.07 
 
 		 188 aa  53.5  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.976934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7118  putative transcriptional regulator, TetR family  32.16 
 
 		 186 aa  52.8  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0105564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5306  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 193 aa  52.4  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.635344  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0795  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 199 aa  52.8  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00985009  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5395  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 193 aa  52.4  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.488916  normal  0.171159 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6399  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 193 aa  52.4  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.147882 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5685  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 193 aa  52  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 195 aa  52  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10198  transcriptional regulator  27.22 
 
 		 194 aa  52  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4071  putative transcriptional regulator, TetR family  26.35 
 
 		 193 aa  51.6  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0294777  normal  0.94431 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3009  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 199 aa  51.6  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.101347  normal  0.721246 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4649  transcriptional regulator, TetR family  29.34 
 
 		 186 aa  50.8  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.490512  normal  0.521268 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1255  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 200 aa  50.4  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1620  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0275  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 193 aa  50.8  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5526  TetR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 209 aa  49.7  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5890  TetR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 209 aa  49.7  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.223104  normal  0.394498 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 211 aa  49.3  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0106  transcriptional regulator, TetR family  32.58 
 
 		 192 aa  49.3  0.00003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.431172  normal  0.200565 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 220 aa  48.9  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3287  TetR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 194 aa  48.9  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.482502 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  31.09 
 
 		 193 aa  48.5  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9229  transcriptional regulator TetR family  29.03 
 
 		 209 aa  48.5  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28390  transcriptional regulator  29.48 
 
 		 195 aa  48.5  0.00005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 198 aa  48.5  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  22.02 
 
 		 193 aa  48.1  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1453  transcriptional regulator, TetR family  25.52 
 
 		 183 aa  47.8  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  44.64 
 
 		 206 aa  47.8  0.00008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0482  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 213 aa  47.8  0.00009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2304  transcriptional regulator, TetR family  28.73 
 
 		 201 aa  47.8  0.00009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01911  putative transcription regulator protein  28.33 
 
 		 191 aa  47.4  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0303213 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 210 aa  47.4  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7851  transcriptional regulator, TetR family  28.22 
 
 		 165 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1874  putative regulatory protein  45.31 
 
 		 198 aa  47.4  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885441  normal  0.710734 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 195 aa  46.6  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1106  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 		 210 aa  46.2  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0375  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 202 aa  46.6  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00856394  normal  0.419772 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4612  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 196 aa  46.6  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.657053 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4127  TetR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 181 aa  45.8  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0445  transcriptional regulator, TetR family  34.67 
 
 		 209 aa  45.8  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  decreased coverage  0.00376288 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0324  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 192 aa  46.2  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0206  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 205 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.611612 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3212  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 193 aa  45.8  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3836  transcriptional regulator, TetR family  27.03 
 
 		 192 aa  45.8  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.410307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0726  regulatory protein TetR  29.7 
 
 		 200 aa  45.8  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  43.1 
 
 		 195 aa  45.8  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 202 aa  45.1  0.0005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0208  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 191 aa  45.1  0.0005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25370  transcriptional regulator  33.59 
 
 		 204 aa  45.4  0.0005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.422708  normal  0.650807 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2194  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 		 203 aa  45.1  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.285199  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1648  hypothetical protein  22.65 
 
 		 211 aa  45.1  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.273732 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 206 aa  45.1  0.0006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3545  transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 		 192 aa  44.7  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0798  transcriptional regulator, TetR family  27.75 
 
 		 194 aa  44.7  0.0007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 190 aa  44.7  0.0007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0274  transcriptional regulator, TetR family  47.73 
 
 		 193 aa  44.7  0.0008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4043  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 228 aa  44.3  0.0009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 125 aa  43.9  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0245  transcriptional regulator  35.19 
 
 		 208 aa  43.9  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4037  TetR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 219 aa  44.3  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.737605  normal  0.766436 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 190 aa  43.9  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7205  transcriptional regulator, TetR family  27.75 
 
 		 188 aa  44.3  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.61042  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2272  TetR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 194 aa  44.3  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2880  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 192 aa  43.9  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.226546 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>