More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0106 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_0106  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 192 aa  390  1e-108  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.431172  normal  0.200565 
 
 
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NC_009664  Krad_0375  transcriptional regulator, TetR family  47.28 
 
 		 202 aa  177  1e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00856394  normal  0.419772 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4612  transcriptional regulator, TetR family  49.22 
 
 		 196 aa  172  2.9999999999999996e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.657053 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25370  transcriptional regulator  43.68 
 
 		 204 aa  162  3e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.422708  normal  0.650807 
 
 
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NC_013441  Gbro_2181  regulatory protein TetR  39.79 
 
 		 191 aa  141  5e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.852456  n/a   
 
 
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NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  31.16 
 
 		 156 aa  84  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 201 aa  82  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
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NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 200 aa  82  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3101  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  81.3  0.000000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  36.62 
 
 		 203 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5542  transcriptional regulator, TetR family  34.87 
 
 		 194 aa  79.3  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.789571  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 204 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2295  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 204 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33680  transcriptional regulator  38.52 
 
 		 200 aa  79  0.00000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.737103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3140  TetR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 197 aa  77.8  0.00000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137738  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  43.48 
 
 		 193 aa  77.8  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 217 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 198 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_0110  transcriptional regulator, TetR family  40.71 
 
 		 193 aa  77.4  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6285  TetR family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.42646  normal  1 
 
 
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NC_010084  Bmul_0904  TetR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824382  normal  0.0227277 
 
 
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NC_008062  Bcen_6453  TetR family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2431  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 204 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.547738  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6688  TetR family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 		 204 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  28.73 
 
 		 198 aa  75.5  0.0000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0319  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 194 aa  75.9  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 195 aa  75.1  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
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NC_009092  Shew_2729  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 196 aa  74.7  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621665 
 
 
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NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  40.35 
 
 		 219 aa  74.7  0.0000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  52.46 
 
 		 195 aa  74.3  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26140  putative transcriptional regulator  34.85 
 
 		 196 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287141  normal  0.149256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  38.94 
 
 		 204 aa  74.3  0.0000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
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NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  38.94 
 
 		 201 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 199 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1179  transcriptional regulator, TetR family  32.62 
 
 		 198 aa  73.6  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.288888  normal  0.322158 
 
 
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NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 196 aa  73.2  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
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NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 196 aa  73.2  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
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NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 202 aa  73.2  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
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NC_003910  CPS_1681  TetR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 198 aa  72.4  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 224 aa  72.4  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 204 aa  72.4  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008060  Bcen_1774  TetR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 207 aa  72  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008542  Bcen2424_2386  TetR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 207 aa  72  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 215 aa  71.6  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 204 aa  71.6  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1620  TetR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 205 aa  71.6  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 211 aa  71.6  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5058  transcriptional regulator, TetR family  32.81 
 
 		 195 aa  71.2  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5712  TetR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 204 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  27.4 
 
 		 211 aa  71.2  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  27.4 
 
 		 211 aa  71.2  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 218 aa  70.9  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 194 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2692  TetR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 193 aa  70.9  0.00000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.504761 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 193 aa  70.9  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 193 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2012  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 195 aa  70.1  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.182614 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.86 
 
 		 210 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  31.86 
 
 		 210 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2765  transcriptional regulator, TetR family  40.74 
 
 		 196 aa  69.7  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.829891 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 193 aa  69.7  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 210 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 210 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1874  putative regulatory protein  30.91 
 
 		 198 aa  69.7  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885441  normal  0.710734 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4047  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 205 aa  69.3  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.866362  normal  0.450827 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  31.86 
 
 		 210 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3093  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 201 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0252517 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  31.86 
 
 		 210 aa  68.9  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3310  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 205 aa  68.9  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0639272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0208  TetR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 199 aa  68.9  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.41994  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3433  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 193 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.389542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 236 aa  68.6  0.00000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2631  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 197 aa  68.6  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0870793 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  31.86 
 
 		 236 aa  68.6  0.00000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  30.82 
 
 		 193 aa  68.6  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 210 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3244  transcriptional regulator, TetR family  49.18 
 
 		 221 aa  68.2  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_2298  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 219 aa  68.2  0.00000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 206 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 236 aa  67.4  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  33.57 
 
 		 199 aa  67.4  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
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NC_007760  Adeh_3140  TetR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.263348  n/a   
 
 
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NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  26.57 
 
 		 193 aa  67.4  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 206 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 206 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
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NC_008786  Veis_0960  TetR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 219 aa  67.4  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.115896  normal  1 
 
 
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NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 207 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 195 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
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NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  38.26 
 
 		 200 aa  67  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  34.43 
 
 		 198 aa  66.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
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NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  45.16 
 
 		 206 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013093  Amir_4065  transcriptional regulator, TetR family  34.64 
 
 		 195 aa  66.6  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 207 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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