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for query gene Sden_3078 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 203 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  57.87 
 
 		 204 aa  241  3.9999999999999997e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  57.65 
 
 		 214 aa  239  2e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 206 aa  238  4e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 207 aa  236  1e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  57.14 
 
 		 206 aa  236  1e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 207 aa  236  1e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 207 aa  236  1e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  56.12 
 
 		 206 aa  234  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  56.63 
 
 		 206 aa  234  6e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  57.22 
 
 		 210 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  48.68 
 
 		 195 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  48.4 
 
 		 224 aa  190  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  48.4 
 
 		 195 aa  189  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3984  transcriptional regulator, TetR family protein  43.07 
 
 		 211 aa  184  6e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 195 aa  184  7e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 202 aa  179  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 196 aa  177  7e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  43.32 
 
 		 193 aa  176  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5345  TetR family transcriptional regulator  47.34 
 
 		 198 aa  175  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.922777  normal  0.179588 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  46.52 
 
 		 200 aa  174  9e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 201 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 193 aa  165  5e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 204 aa  160  8.000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 214 aa  153  2e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 217 aa  151  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1620  TetR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 205 aa  151  5.9999999999999996e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  40.44 
 
 		 194 aa  149  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  37.11 
 
 		 199 aa  149  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  41.84 
 
 		 204 aa  149  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 199 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  41.8 
 
 		 201 aa  145  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2295  TetR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 204 aa  141  7e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1774  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 207 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2386  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 207 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  37.57 
 
 		 210 aa  138  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8807  putative transcriptional regulator, TetR family  35.45 
 
 		 211 aa  138  7e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2545  TetR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 194 aa  137  7.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2431  TetR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 204 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.547738  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3676  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 207 aa  137  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508637  decreased coverage  0.00105541 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 222 aa  137  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5712  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 204 aa  136  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3310  transcriptional regulator, TetR family  38.22 
 
 		 205 aa  135  4e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0639272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 208 aa  135  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3140  TetR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 221 aa  135  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.263348  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2765  transcriptional regulator, TetR family  36.32 
 
 		 196 aa  134  9e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.829891 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4065  transcriptional regulator, TetR family  38.42 
 
 		 195 aa  133  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3330  transcriptional regulator, TetR family  38.22 
 
 		 219 aa  132  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2298  transcriptional regulator, TetR family  35.11 
 
 		 219 aa  132  3.9999999999999996e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5842  TetR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 188 aa  132  5e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.25935  normal  0.516433 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3244  transcriptional regulator, TetR family  36.98 
 
 		 221 aa  131  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1106  transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 		 210 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5116  TetR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 207 aa  130  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3093  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 201 aa  129  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0252517 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2227  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 209 aa  128  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2779  transcriptional regulator, TetR family  35.98 
 
 		 200 aa  127  9.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.192265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3137  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 211 aa  127  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0120  transcriptional regulator, TetR family  36.87 
 
 		 227 aa  123  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.555065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5542  transcriptional regulator, TetR family  35.64 
 
 		 194 aa  121  5e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.789571  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0833  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 182 aa  121  7e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0851  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 182 aa  121  7e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.45674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0620  TetR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 210 aa  121  7e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3140  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 197 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137738  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0904  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 211 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824382  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0960  TetR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.115896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32500  TetR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 204 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275577  normal  0.254114 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2391  TetR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 188 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640544  normal  0.528893 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1681  TetR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 198 aa  115  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26140  putative transcriptional regulator  34.04 
 
 		 196 aa  115  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287141  normal  0.149256 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 211 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 210 aa  115  5e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 211 aa  115  6e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  33.67 
 
 		 211 aa  114  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0851  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 182 aa  114  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.780744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 211 aa  114  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 211 aa  114  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.03 
 
 		 210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  34.03 
 
 		 210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  34.03 
 
 		 210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5169  transcriptional regulator, TetR family  35.64 
 
 		 205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  34.03 
 
 		 236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  34.03 
 
 		 210 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
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NC_009667  Oant_0796  TetR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 203 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.091153  n/a   
 
 
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NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  33.67 
 
 		 211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
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NC_009656  PSPA7_2754  hypothetical protein  33.86 
 
 		 204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.575763  n/a   
 
 
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NC_012853  Rleg_5750  transcriptional regulator, TetR family  34.59 
 
 		 193 aa  111  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0412881  normal  1 
 
 
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NC_010172  Mext_3418  regulatory protein TetR  35.42 
 
 		 222 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.364633  normal  0.510685 
 
 
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NC_011369  Rleg2_2906  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 205 aa  108  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0722139  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_0493  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 206 aa  108  8.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007912  Sde_0293  TetR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 203 aa  107  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000668888 
 
 
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NC_012560  Avin_35810  Regulatory protein, TetR-family  34.29 
 
 		 183 aa  107  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011894  Mnod_7468  transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 		 218 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.23471  n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_4047  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 205 aa  106  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.866362  normal  0.450827 
 
 
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NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  32.49 
 
 		 192 aa  106  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
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NC_009511  Swit_2967  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 198 aa  104  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.699652  normal  0.0717993 
 
 
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NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 206 aa  103  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
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