More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2967 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2967  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 198 aa  379  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.699652  normal  0.0717993 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0084  TetR family transcriptional regulator  47.03 
 
 		 197 aa  149  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.382504  normal  0.519853 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3746  transcriptional regulator, TetR family  41.41 
 
 		 197 aa  145  3e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04117  predicted transcriptional regulator  40.4 
 
 		 197 aa  142  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4834  transcriptional regulator, TetR family  40.4 
 
 		 197 aa  142  3e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04081  hypothetical protein  40.4 
 
 		 197 aa  142  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5772  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 197 aa  142  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4506  TetR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 197 aa  142  5e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165942  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4730  TetR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 197 aa  141  7e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.88373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4822  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 197 aa  140  9e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3762  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 197 aa  140  9e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.676263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1799  transcriptional regulator, TetR family  43.89 
 
 		 196 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.405441 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1859  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 196 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1658  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 196 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.166061 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1797  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 196 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.125509  normal  0.0456013 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1477  transcriptional regulator, TetR family  43.89 
 
 		 196 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5542  transcriptional regulator, TetR family  39.69 
 
 		 194 aa  122  4e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.789571  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2779  transcriptional regulator, TetR family  37.56 
 
 		 200 aa  115  5e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.192265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  38.14 
 
 		 199 aa  110  9e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5712  TetR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 204 aa  106  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  36.27 
 
 		 203 aa  105  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3676  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 207 aa  102  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508637  decreased coverage  0.00105541 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2431  TetR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 204 aa  100  9e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.547738  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3137  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 211 aa  100  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 195 aa  100  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2295  TetR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 204 aa  99.8  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4065  transcriptional regulator, TetR family  39.69 
 
 		 195 aa  99  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0904  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 211 aa  98.6  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824382  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3984  transcriptional regulator, TetR family protein  34.63 
 
 		 211 aa  98.6  6e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1774  TetR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 207 aa  97.8  8e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2386  TetR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 207 aa  97.8  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0120  transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 		 227 aa  97.4  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.555065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2545  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 194 aa  97.4  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3140  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 221 aa  95.9  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.263348  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2227  TetR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 209 aa  94.7  8e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2927  regulatory protein, TetR  37.29 
 
 		 208 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.260742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5345  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 198 aa  94.4  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.922777  normal  0.179588 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 214 aa  94.4  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 206 aa  93.2  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3069  transcriptional regulator, TetR family  37.08 
 
 		 208 aa  92.8  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0746648  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26140  putative transcriptional regulator  34.38 
 
 		 196 aa  92.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287141  normal  0.149256 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2298  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 219 aa  92.4  4e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 206 aa  92  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 210 aa  92  6e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 206 aa  92  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3310  transcriptional regulator, TetR family  37.44 
 
 		 205 aa  91.3  9e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0639272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 208 aa  91.3  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  31.84 
 
 		 206 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 207 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 207 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 207 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.12 
 
 		 210 aa  90.1  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2765  transcriptional regulator, TetR family  38.62 
 
 		 196 aa  90.1  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.829891 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  32.12 
 
 		 210 aa  90.1  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 210 aa  90.1  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 236 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 236 aa  89.7  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 236 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 210 aa  89.4  4e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 210 aa  89  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 210 aa  88.6  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7468  transcriptional regulator, TetR family  35.64 
 
 		 218 aa  88.6  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.23471  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 195 aa  87.8  8e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8807  putative transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 211 aa  87.8  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  35.6 
 
 		 195 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3093  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 201 aa  86.7  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0252517 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 196 aa  86.7  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3330  transcriptional regulator, TetR family  36.5 
 
 		 219 aa  86.7  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 224 aa  86.3  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 204 aa  86.3  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 193 aa  85.1  6e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5116  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 207 aa  85.1  6e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0960  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 219 aa  85.1  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.115896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3244  transcriptional regulator, TetR family  35.15 
 
 		 221 aa  85.1  7e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 210 aa  84.7  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 214 aa  84  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0620  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 210 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 194 aa  83.2  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  31.09 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 214 aa  82.8  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 222 aa  82.4  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0493  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 206 aa  82.4  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 202 aa  82  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
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NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 211 aa  82  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
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NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
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NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  36.7 
 
 		 200 aa  81.3  0.000000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_2906  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 205 aa  81.3  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0722139  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_4047  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 205 aa  81.3  0.000000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.866362  normal  0.450827 
 
 
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NC_010172  Mext_3418  regulatory protein TetR  32.49 
 
 		 222 aa  80.9  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.364633  normal  0.510685 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 199 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_2391  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 188 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640544  normal  0.528893 
 
 
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NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 217 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
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NC_009485  BBta_1620  TetR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 205 aa  78.6  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135802  normal  1 
 
 
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NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  34.01 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
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NC_008726  Mvan_5842  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 188 aa  78.2  0.00000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.25935  normal  0.516433 
 
 
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NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  33.5 
 
 		 201 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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