More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_04117 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



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E-value
Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_04117  predicted transcriptional regulator  100 
 
 		 197 aa  408  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4834  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 197 aa  408  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04081  hypothetical protein  100 
 
 		 197 aa  408  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4822  TetR family transcriptional regulator  97.46 
 
 		 197 aa  400  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4506  TetR family transcriptional regulator  98.48 
 
 		 197 aa  402  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165942  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3762  TetR family transcriptional regulator  97.46 
 
 		 197 aa  400  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.676263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4730  TetR family transcriptional regulator  97.46 
 
 		 197 aa  400  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.88373  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3746  transcriptional regulator, TetR family  96.95 
 
 		 197 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5772  transcriptional regulator, TetR family  97.46 
 
 		 197 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0084  TetR family transcriptional regulator  59.49 
 
 		 197 aa  236  1e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.382504  normal  0.519853 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1658  TetR family transcriptional regulator  54.59 
 
 		 196 aa  225  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.166061 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1859  TetR family transcriptional regulator  54.59 
 
 		 196 aa  225  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1799  transcriptional regulator, TetR family  54.59 
 
 		 196 aa  224  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.405441 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1797  TetR family transcriptional regulator  54.59 
 
 		 196 aa  225  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.125509  normal  0.0456013 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1477  transcriptional regulator, TetR family  53.57 
 
 		 196 aa  221  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2967  TetR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 198 aa  139  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.699652  normal  0.0717993 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5542  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 194 aa  92.8  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.789571  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 211 aa  92.4  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 211 aa  92  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 211 aa  92.4  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 211 aa  92  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2227  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 209 aa  91.7  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 211 aa  91.3  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 199 aa  90.9  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.55 
 
 		 210 aa  90.1  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 210 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 210 aa  90.1  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  31.55 
 
 		 210 aa  90.1  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 210 aa  89.4  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 236 aa  89.7  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 236 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 236 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 210 aa  88.6  5e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 195 aa  88.6  5e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3137  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 211 aa  87  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3140  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 221 aa  85.1  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.263348  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 211 aa  85.1  6e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26140  putative transcriptional regulator  30.05 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287141  normal  0.149256 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3330  transcriptional regulator, TetR family  32.42 
 
 		 219 aa  79.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4047  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 205 aa  79  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.866362  normal  0.450827 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2779  transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 		 200 aa  78.6  0.00000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.192265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3310  transcriptional regulator, TetR family  31.32 
 
 		 205 aa  78.2  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0639272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2906  transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 		 205 aa  77.4  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0722139  normal  1 
 
 
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NC_011365  Gdia_2298  transcriptional regulator, TetR family  27.67 
 
 		 219 aa  77.4  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 201 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
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NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 214 aa  77  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011145  AnaeK_3244  transcriptional regulator, TetR family  31.5 
 
 		 221 aa  77  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0833  TetR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5345  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 198 aa  76.3  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.922777  normal  0.179588 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2295  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 204 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0851  TetR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.45674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8807  putative transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 208 aa  75.1  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0120  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.555065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  30.57 
 
 		 200 aa  74.7  0.0000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3676  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508637  decreased coverage  0.00105541 
 
 
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NC_010084  Bmul_0904  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824382  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0293  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000668888 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  26.56 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1774  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 207 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  26.7 
 
 		 192 aa  72.4  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2386  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 207 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 193 aa  72.4  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5712  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 204 aa  72  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 193 aa  71.2  0.000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  30.15 
 
 		 198 aa  70.9  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 222 aa  70.5  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2431  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.547738  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 204 aa  70.9  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1620  TetR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 205 aa  70.1  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5169  transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 		 205 aa  69.7  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 193 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 204 aa  70.1  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0620  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 224 aa  69.7  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2765  transcriptional regulator, TetR family  30.21 
 
 		 196 aa  69.3  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.829891 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 214 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  26.77 
 
 		 210 aa  68.9  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 214 aa  68.6  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B3093  TetR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 201 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0252517 
 
 
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NC_012853  Rleg_5750  transcriptional regulator, TetR family  29.3 
 
 		 193 aa  68.6  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0412881  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 193 aa  68.6  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
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NC_009656  PSPA7_2754  hypothetical protein  28.11 
 
 		 204 aa  68.2  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.575763  n/a   
 
 
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NC_013521  Sked_25370  transcriptional regulator  30.65 
 
 		 204 aa  68.2  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.422708  normal  0.650807 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 206 aa  68.2  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
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NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  34.55 
 
 		 193 aa  68.2  0.00000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 207 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 206 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
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NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  28.79 
 
 		 206 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_32500  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 204 aa  68.2  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275577  normal  0.254114 
 
 
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NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 207 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 207 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010172  Mext_3418  regulatory protein TetR  49.23 
 
 		 222 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.364633  normal  0.510685 
 
 
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NC_003910  CPS_1681  TetR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 198 aa  67  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 217 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 199 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007005  Psyr_2927  regulatory protein, TetR  32.74 
 
 		 208 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.260742  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 195 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
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