More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4730 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_4730  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 197 aa  408  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.88373  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04117  predicted transcriptional regulator  97.46 
 
 		 197 aa  400  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3746  transcriptional regulator, TetR family  97.46 
 
 		 197 aa  400  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4834  transcriptional regulator, TetR family  97.46 
 
 		 197 aa  400  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4506  TetR family transcriptional regulator  97.97 
 
 		 197 aa  400  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165942  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04081  hypothetical protein  97.46 
 
 		 197 aa  400  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4822  TetR family transcriptional regulator  97.97 
 
 		 197 aa  401  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3762  TetR family transcriptional regulator  97.97 
 
 		 197 aa  401  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.676263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5772  transcriptional regulator, TetR family  95.94 
 
 		 197 aa  394  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0084  TetR family transcriptional regulator  59.49 
 
 		 197 aa  237  9e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.382504  normal  0.519853 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1658  TetR family transcriptional regulator  55.1 
 
 		 196 aa  228  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.166061 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1859  TetR family transcriptional regulator  55.1 
 
 		 196 aa  228  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1799  transcriptional regulator, TetR family  55.1 
 
 		 196 aa  227  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.405441 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1797  TetR family transcriptional regulator  55.1 
 
 		 196 aa  227  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.125509  normal  0.0456013 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1477  transcriptional regulator, TetR family  54.08 
 
 		 196 aa  223  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2967  TetR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 198 aa  139  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.699652  normal  0.0717993 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2227  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 209 aa  93.6  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 199 aa  91.7  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5542  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 194 aa  91.3  8e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.789571  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 211 aa  89.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 211 aa  89.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 211 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 211 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 211 aa  88.6  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3140  TetR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 221 aa  87.4  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.263348  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3137  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 211 aa  87.4  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 195 aa  87.4  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.48 
 
 		 210 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  30.48 
 
 		 210 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 210 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  30.48 
 
 		 210 aa  86.3  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 236 aa  86.3  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 236 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  30.48 
 
 		 236 aa  86.3  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  30.48 
 
 		 210 aa  85.9  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 210 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 211 aa  82  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3330  transcriptional regulator, TetR family  32.49 
 
 		 219 aa  81.3  0.000000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26140  putative transcriptional regulator  30.22 
 
 		 196 aa  81.3  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287141  normal  0.149256 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3244  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 		 221 aa  79  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2906  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 205 aa  78.6  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0722139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3310  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 205 aa  79  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0639272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2779  transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 		 200 aa  77.4  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.192265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2298  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 219 aa  77.8  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
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NC_010551  BamMC406_2295  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 204 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 201 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4047  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 205 aa  76.6  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.866362  normal  0.450827 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0833  TetR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 182 aa  75.1  0.0000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 208 aa  75.1  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0851  TetR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 182 aa  75.1  0.0000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.45674  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0120  transcriptional regulator, TetR family  30.84 
 
 		 227 aa  74.7  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.555065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0904  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 211 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824382  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5345  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 198 aa  73.9  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.922777  normal  0.179588 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3676  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508637  decreased coverage  0.00105541 
 
 
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NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 214 aa  73.9  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5712  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 204 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1774  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2386  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 198 aa  73.2  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8807  putative transcriptional regulator, TetR family  31.02 
 
 		 211 aa  72.4  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 193 aa  71.2  0.000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  29.02 
 
 		 200 aa  70.5  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0293  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000668888 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2431  TetR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 204 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.547738  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 193 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  26.04 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5169  transcriptional regulator, TetR family  29.78 
 
 		 205 aa  70.1  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 222 aa  70.5  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 193 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1620  TetR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 205 aa  70.1  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135802  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 192 aa  70.1  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2765  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 196 aa  69.3  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.829891 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3093  TetR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 201 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0252517 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25370  transcriptional regulator  31.18 
 
 		 204 aa  69.3  0.00000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.422708  normal  0.650807 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 224 aa  68.6  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5750  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 193 aa  68.9  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0412881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3418  regulatory protein TetR  32.82 
 
 		 222 aa  68.6  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.364633  normal  0.510685 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 199 aa  68.6  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  26.77 
 
 		 210 aa  68.6  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
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NC_008463  PA14_32500  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 204 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275577  normal  0.254114 
 
 
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NC_009656  PSPA7_2754  hypothetical protein  28.57 
 
 		 204 aa  68.2  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.575763  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 219 aa  67.8  0.00000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
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NC_007005  Psyr_2927  regulatory protein, TetR  33.63 
 
 		 208 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.260742  normal  1 
 
 
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NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 217 aa  67  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
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NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 204 aa  67.8  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
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NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 206 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004578  PSPTO_3069  transcriptional regulator, TetR family  33.63 
 
 		 208 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0746648  n/a   
 
 
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NC_013441  Gbro_2181  regulatory protein TetR  28.4 
 
 		 191 aa  66.6  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.852456  n/a   
 
 
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NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 214 aa  67  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  34.55 
 
 		 193 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009832  Spro_2545  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 194 aa  66.6  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 193 aa  67  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
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NC_011894  Mnod_7468  transcriptional regulator, TetR family  33.5 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.23471  n/a   
 
 
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NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 214 aa  66.2  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 206 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
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NC_008578  Acel_0481  TetR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 218 aa  66.2  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009052  Sbal_0620  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 210 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009077  Mjls_0851  TetR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 182 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.780744  normal  1 
 
 
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