More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3305 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 195 aa  400  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  84.54 
 
 		 195 aa  339  1e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  57.59 
 
 		 224 aa  227  9e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  56.77 
 
 		 210 aa  215  2.9999999999999998e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 206 aa  215  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  55.21 
 
 		 206 aa  214  8e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  54.69 
 
 		 206 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 207 aa  211  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 207 aa  211  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 207 aa  211  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  56.25 
 
 		 206 aa  211  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  53.09 
 
 		 202 aa  207  6e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 214 aa  207  9e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  52.06 
 
 		 195 aa  205  3e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5345  TetR family transcriptional regulator  52.06 
 
 		 198 aa  204  9e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.922777  normal  0.179588 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  50.26 
 
 		 204 aa  197  7e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 193 aa  194  7e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  52.85 
 
 		 199 aa  191  4e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  48.94 
 
 		 193 aa  191  5e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 217 aa  191  5e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  49.22 
 
 		 201 aa  191  6e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  52.06 
 
 		 201 aa  191  7e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  52.85 
 
 		 200 aa  191  8e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  48.4 
 
 		 203 aa  189  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  51.83 
 
 		 214 aa  189  2e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  50.52 
 
 		 204 aa  186  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1620  TetR family transcriptional regulator  51.04 
 
 		 205 aa  185  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  47.94 
 
 		 196 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3984  transcriptional regulator, TetR family protein  45.79 
 
 		 211 aa  169  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  45.6 
 
 		 199 aa  167  7e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  43.81 
 
 		 194 aa  167  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3140  TetR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 197 aa  160  8.000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137738  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5842  TetR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 188 aa  159  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.25935  normal  0.516433 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 222 aa  155  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0851  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 182 aa  154  7e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.780744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0833  TetR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 182 aa  152  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0851  TetR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 182 aa  152  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.45674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  42.63 
 
 		 204 aa  150  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5542  transcriptional regulator, TetR family  44.27 
 
 		 194 aa  143  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.789571  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4065  transcriptional regulator, TetR family  45.36 
 
 		 195 aa  142  3e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2779  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 200 aa  141  5e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.192265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5712  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 204 aa  141  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 208 aa  141  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26140  putative transcriptional regulator  43.01 
 
 		 196 aa  140  9e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287141  normal  0.149256 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8807  putative transcriptional regulator, TetR family  37.82 
 
 		 211 aa  137  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2431  TetR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 204 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.547738  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2295  TetR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 204 aa  136  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3310  transcriptional regulator, TetR family  39.79 
 
 		 205 aa  135  5e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0639272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2298  transcriptional regulator, TetR family  36.98 
 
 		 219 aa  134  8e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5116  TetR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 207 aa  134  8e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1774  TetR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 207 aa  134  9e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 211 aa  134  9e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2386  TetR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 207 aa  134  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5169  transcriptional regulator, TetR family  37.44 
 
 		 205 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5750  transcriptional regulator, TetR family  37.97 
 
 		 193 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0412881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3140  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 221 aa  133  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.263348  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 211 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 214 aa  132  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 211 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 211 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  36.27 
 
 		 211 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3137  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 211 aa  131  6e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  36.27 
 
 		 211 aa  130  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0493  TetR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 206 aa  130  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3093  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 201 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0252517 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.19 
 
 		 210 aa  126  3e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  39.36 
 
 		 210 aa  125  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  37.19 
 
 		 210 aa  126  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 210 aa  125  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 210 aa  126  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  37.19 
 
 		 210 aa  125  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  37.19 
 
 		 236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  37.19 
 
 		 210 aa  125  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2545  TetR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 194 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0120  transcriptional regulator, TetR family  39.09 
 
 		 227 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.555065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 		 192 aa  122  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1106  transcriptional regulator, TetR family  40.44 
 
 		 210 aa  122  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3137  transcriptional regulator, TetR family  41.58 
 
 		 197 aa  122  4e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3330  transcriptional regulator, TetR family  39.9 
 
 		 219 aa  121  6e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3676  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 207 aa  121  7e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508637  decreased coverage  0.00105541 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0904  TetR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 211 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824382  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3244  transcriptional regulator, TetR family  39.49 
 
 		 221 aa  120  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3418  regulatory protein TetR  40.21 
 
 		 222 aa  119  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.364633  normal  0.510685 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2765  transcriptional regulator, TetR family  38.5 
 
 		 196 aa  119  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.829891 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2227  TetR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 209 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2754  hypothetical protein  38.22 
 
 		 204 aa  116  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.575763  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32500  TetR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 204 aa  115  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275577  normal  0.254114 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0796  TetR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 203 aa  114  6.9999999999999995e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.091153  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2391  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 188 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640544  normal  0.528893 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 193 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1681  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 198 aa  112  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0960  TetR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 219 aa  112  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.115896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2906  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 205 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0722139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0293  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 203 aa  109  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000668888 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0620  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 210 aa  105  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35810  Regulatory protein, TetR-family  32.37 
 
 		 183 aa  104  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3611  transcriptional regulator, TetR family  40.22 
 
 		 184 aa  104  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00310361  normal  0.0495451 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 222 aa  102  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>