More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3984 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3984  transcriptional regulator, TetR family protein  100 
 
 		 211 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  47.55 
 
 		 214 aa  205  3e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  48.72 
 
 		 206 aa  205  5e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  48.72 
 
 		 207 aa  204  6e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  48.72 
 
 		 207 aa  204  6e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  48.72 
 
 		 207 aa  204  6e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  48.72 
 
 		 206 aa  202  3e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 204 aa  202  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  48.72 
 
 		 206 aa  201  5e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 206 aa  198  5e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 210 aa  198  6e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  43.07 
 
 		 203 aa  184  7e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 195 aa  169  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 195 aa  163  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 224 aa  161  7e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  43.09 
 
 		 195 aa  159  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  40.72 
 
 		 199 aa  152  5e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 214 aa  147  9e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  38.95 
 
 		 204 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5345  TetR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 198 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.922777  normal  0.179588 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 217 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 199 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  38.42 
 
 		 201 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 204 aa  145  5e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 193 aa  145  6e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1620  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 205 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135802  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 193 aa  144  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 202 aa  144  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 201 aa  143  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8807  putative transcriptional regulator, TetR family  38.66 
 
 		 211 aa  134  7.000000000000001e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5712  TetR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 204 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2431  TetR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 204 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.547738  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 222 aa  131  6e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5542  transcriptional regulator, TetR family  36.32 
 
 		 194 aa  131  6.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.789571  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2295  TetR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 204 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  37.43 
 
 		 194 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3093  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 201 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0252517 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1774  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 207 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2386  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 207 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 208 aa  128  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 196 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  36.17 
 
 		 200 aa  127  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 214 aa  126  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2765  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 196 aa  124  9e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.829891 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2545  TetR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 194 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0904  TetR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 211 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824382  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2779  transcriptional regulator, TetR family  37.57 
 
 		 200 aa  122  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.192265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26140  putative transcriptional regulator  38.19 
 
 		 196 aa  121  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287141  normal  0.149256 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0620  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 210 aa  121  9e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_3310  transcriptional regulator, TetR family  35.08 
 
 		 205 aa  120  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0639272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4065  transcriptional regulator, TetR family  37.43 
 
 		 195 aa  120  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7468  transcriptional regulator, TetR family  39.9 
 
 		 218 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.23471  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1681  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 198 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 211 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0120  transcriptional regulator, TetR family  38.97 
 
 		 227 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.555065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 211 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  33.99 
 
 		 211 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 211 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3676  TetR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 207 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508637  decreased coverage  0.00105541 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  33.99 
 
 		 211 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  34.85 
 
 		 210 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5116  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 207 aa  115  6.9999999999999995e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3418  regulatory protein TetR  38.34 
 
 		 222 aa  114  8.999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.364633  normal  0.510685 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2298  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 		 219 aa  114  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3140  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 221 aa  113  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.263348  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2754  hypothetical protein  35.64 
 
 		 204 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.575763  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2391  TetR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 188 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640544  normal  0.528893 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32500  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 204 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275577  normal  0.254114 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 211 aa  108  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3330  transcriptional regulator, TetR family  32.46 
 
 		 219 aa  108  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0293  TetR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 203 aa  107  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000668888 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.54 
 
 		 210 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  34.54 
 
 		 210 aa  106  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2906  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 		 205 aa  106  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0722139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2927  regulatory protein, TetR  34.83 
 
 		 208 aa  106  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.260742  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  34.54 
 
 		 210 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 210 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  33.82 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1106  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 210 aa  106  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3244  transcriptional regulator, TetR family  31.96 
 
 		 221 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3137  transcriptional regulator, TetR family  35.64 
 
 		 197 aa  106  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2227  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 209 aa  106  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  34.54 
 
 		 210 aa  106  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3140  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 197 aa  105  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137738  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 236 aa  106  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 210 aa  105  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3137  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 211 aa  104  7e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 218 aa  104  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3069  transcriptional regulator, TetR family  34.65 
 
 		 208 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0746648  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0208  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 199 aa  100  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.41994  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0493  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 206 aa  98.6  6e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2059  transcriptional regulator, TetR family  37.23 
 
 		 211 aa  98.6  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0833  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 182 aa  97.4  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0851  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 182 aa  97.4  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.45674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0960  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 219 aa  97.8  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.115896  normal  1 
 
 
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NC_011368  Rleg2_5169  transcriptional regulator, TetR family  31.75 
 
 		 205 aa  96.7  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
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NC_008726  Mvan_5842  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 188 aa  96.7  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.25935  normal  0.516433 
 
 
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NC_010725  Mpop_3611  transcriptional regulator, TetR family  33.71 
 
 		 184 aa  95.9  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00310361  normal  0.0495451 
 
 
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NC_009511  Swit_2967  TetR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 198 aa  94  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.699652  normal  0.0717993 
 
 
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