More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_5058 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_5058  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
195 aa  395  1e-109  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
193 aa  114  8.999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
196 aa  113  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
196 aa  113  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
193 aa  104  6e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  34.2 
 
 
192 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
218 aa  102  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2227  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
209 aa  101  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  36.27 
 
 
193 aa  101  9e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 
193 aa  100  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  31.22 
 
 
219 aa  99.8  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  35.98 
 
 
195 aa  99.8  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 
193 aa  99.8  3e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0097  TetR family transcriptional regulator  41.41 
 
 
188 aa  98.6  5e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
224 aa  94.7  7e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 
211 aa  94.7  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 
214 aa  94.4  9e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3345  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 
191 aa  94.4  9e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 
211 aa  94.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  35.2 
 
 
193 aa  94  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 
211 aa  94  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 
211 aa  94  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 
211 aa  93.2  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
202 aa  92.8  3e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0133761 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 
210 aa  91.3  8e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1681  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
198 aa  91.3  9e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
211 aa  90.9  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2729  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
196 aa  90.9  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000621665 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 
193 aa  89.4  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2692  TetR family transcriptional regulator  42.4 
 
 
193 aa  89.7  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.504761 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 
193 aa  89.7  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.44 
 
 
210 aa  89  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  34.44 
 
 
210 aa  89  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  34.44 
 
 
210 aa  89  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 
210 aa  88.6  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  34.44 
 
 
236 aa  88.6  5e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  34.44 
 
 
236 aa  88.6  5e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  34.44 
 
 
210 aa  88.6  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
196 aa  88.6  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 
194 aa  88.6  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.707616 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3433  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 
193 aa  88.2  6e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.389542  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1418  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
196 aa  88.2  7e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2864  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 
203 aa  88.2  7e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.037684 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 
194 aa  88.2  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 
191 aa  87.8  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0948  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
191 aa  87.4  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.627177  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 
195 aa  87.4  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1013  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
191 aa  87.4  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  30.9 
 
 
203 aa  87.4  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
236 aa  87  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2964  transcriptional regulator, TetR family  32.16 
 
 
195 aa  87  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0240167  normal  0.157932 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1395  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
196 aa  87  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  34.41 
 
 
200 aa  86.3  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
193 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3093  TetR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
201 aa  85.9  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0252517 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 
198 aa  85.9  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  31.65 
 
 
190 aa  86.3  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 
204 aa  85.9  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
194 aa  85.5  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0530  hypothetical protein  35.1 
 
 
198 aa  85.9  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
196 aa  85.1  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5712  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
204 aa  84.7  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1578  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 
203 aa  84  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4262  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 
226 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3984  transcriptional regulator, TetR family protein  28.27 
 
 
211 aa  84  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
193 aa  84  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  27.75 
 
 
193 aa  83.6  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4047  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
205 aa  83.6  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.866362  normal  0.450827 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 
193 aa  83.6  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 
204 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0120  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 
227 aa  83.2  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.555065  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2694  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
203 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00357406 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1379  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
196 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3101  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 
212 aa  82.8  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3676  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
207 aa  82.4  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508637  decreased coverage  0.00105541 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
204 aa  82  0.000000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2762  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 
203 aa  82  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
206 aa  82  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 
204 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 
208 aa  80.9  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2012  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 
195 aa  79.7  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.182614 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2431  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
204 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.547738  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
193 aa  79.3  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3140  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
221 aa  79  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.263348  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5345  TetR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
198 aa  79  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.922777  normal  0.179588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
222 aa  79  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 
214 aa  78.6  0.00000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5842  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
188 aa  78.6  0.00000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.25935  normal  0.516433 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1874  putative regulatory protein  34.03 
 
 
198 aa  78.6  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885441  normal  0.710734 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 
215 aa  77.8  0.00000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
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NC_011071  Smal_2765  transcriptional regulator, TetR family  32.47 
 
 
196 aa  78.2  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.829891 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  26.46 
 
 
206 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1774  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 
207 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 
207 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_008542  Bcen2424_2386  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 
207 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4056  TetR family transcriptional regulator  26.99 
 
 
193 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 
192 aa  77.8  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  31.41 
 
 
199 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 
207 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 
207 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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