More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2729 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2729  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 196 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621665 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2762  TetR family transcriptional regulator  59.49 
 
 		 203 aa  234  8e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2964  transcriptional regulator, TetR family  60.31 
 
 		 195 aa  230  1e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0240167  normal  0.157932 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2694  TetR family transcriptional regulator  58.97 
 
 		 203 aa  230  1e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357406 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1395  TetR family transcriptional regulator  59.28 
 
 		 196 aa  226  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2864  TetR family transcriptional regulator  57.44 
 
 		 203 aa  224  4e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3433  TetR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 193 aa  224  9e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.389542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1418  TetR family transcriptional regulator  58.85 
 
 		 196 aa  223  1e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1379  TetR family transcriptional regulator  58.85 
 
 		 196 aa  221  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1578  TetR family transcriptional regulator  56.92 
 
 		 203 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1089  TetR family transcriptional regulator  53.68 
 
 		 190 aa  192  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0530  hypothetical protein  48.92 
 
 		 198 aa  176  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05594  transcriptional regulator  44.09 
 
 		 191 aa  155  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000004  transcriptional regulator  43.55 
 
 		 191 aa  154  8e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 		 204 aa  101  9e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 204 aa  98.6  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  36.72 
 
 		 193 aa  98.2  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 193 aa  97.1  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 		 193 aa  96.3  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 196 aa  96.7  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 193 aa  96.3  3e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 		 193 aa  95.5  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3345  transcriptional regulator, TetR family  28.18 
 
 		 191 aa  95.5  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  35.06 
 
 		 192 aa  94.7  7e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 193 aa  94.7  8e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 		 193 aa  93.2  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 197 aa  92.8  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 215 aa  92.8  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 193 aa  92  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0948  TetR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 191 aa  90.9  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.627177  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 207 aa  90.5  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1013  TetR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 191 aa  90.9  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  32.21 
 
 		 191 aa  90.9  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  32.22 
 
 		 193 aa  90.1  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 194 aa  88.2  8e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 219 aa  87.4  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 218 aa  86.7  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5058  transcriptional regulator, TetR family  30.89 
 
 		 195 aa  86.3  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  33.56 
 
 		 156 aa  85.9  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 		 192 aa  85.9  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 193 aa  82.8  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 200 aa  81.6  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0293  TetR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 203 aa  81.3  0.000000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000668888 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0493  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0117598 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 194 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 198 aa  80.1  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  28.87 
 
 		 198 aa  79.3  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 196 aa  78.6  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 196 aa  78.6  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 208 aa  78.6  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3137  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 211 aa  78.2  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 		 193 aa  78.2  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3554  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 217 aa  77.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0481  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.78 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  32.78 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  32.78 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 192 aa  76.6  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  31.72 
 
 		 236 aa  76.6  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 190 aa  77  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4047  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 205 aa  77  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.866362  normal  0.450827 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26140  putative transcriptional regulator  30.06 
 
 		 196 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287141  normal  0.149256 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 236 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  27.81 
 
 		 196 aa  76.6  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 205 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 222 aa  76.3  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 204 aa  75.9  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  32.78 
 
 		 210 aa  75.9  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0143  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 202 aa  75.9  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 236 aa  75.9  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2906  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 205 aa  75.9  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0722139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2619  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 194 aa  75.1  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.362845  normal  0.246457 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3573  transcriptional regulator, TetR family  29.84 
 
 		 195 aa  75.1  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0355911  normal  0.084172 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1681  TetR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 198 aa  74.7  0.0000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0106  transcriptional regulator, TetR family  28.81 
 
 		 192 aa  74.7  0.0000000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.431172  normal  0.200565 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 213 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  29.95 
 
 		 211 aa  74.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 213 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3093  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 201 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0252517 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 213 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3137  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 197 aa  73.2  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0493  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0375  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 		 202 aa  72  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00856394  normal  0.419772 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 211 aa  72  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2304  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 201 aa  72  0.000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5750  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 		 193 aa  72  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0412881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1478  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 188 aa  71.6  0.000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.182244  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3535  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 191 aa  71.6  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 196 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
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NC_007969  Pcryo_0969  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 202 aa  71.6  0.000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021423 
 
 
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NC_008228  Patl_0208  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 199 aa  71.6  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.41994  n/a   
 
 
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NC_009667  Oant_2227  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011145  AnaeK_3244  transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 		 221 aa  71.2  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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