More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1089 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1089  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 190 aa  387  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2729  TetR family transcriptional regulator  53.68 
 
 		 196 aa  192  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621665 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3433  TetR family transcriptional regulator  47.94 
 
 		 193 aa  189  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.389542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2694  TetR family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 203 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357406 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2864  TetR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 203 aa  179  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037684 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2762  TetR family transcriptional regulator  50.81 
 
 		 203 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1578  TetR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 203 aa  175  4e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1395  TetR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 196 aa  174  7e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2964  transcriptional regulator, TetR family  50.27 
 
 		 195 aa  174  9e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0240167  normal  0.157932 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1418  TetR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 196 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1379  TetR family transcriptional regulator  47.45 
 
 		 196 aa  170  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000004  transcriptional regulator  44.32 
 
 		 191 aa  152  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0530  hypothetical protein  47.03 
 
 		 198 aa  152  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05594  transcriptional regulator  43.78 
 
 		 191 aa  152  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 193 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  36.13 
 
 		 192 aa  105  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  38.73 
 
 		 193 aa  104  8e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 193 aa  99.8  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  38.92 
 
 		 193 aa  97.4  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 		 193 aa  97.1  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 193 aa  89  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  35.96 
 
 		 193 aa  89.4  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 215 aa  87.4  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  35.46 
 
 		 156 aa  85.1  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 		 193 aa  84  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2692  TetR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 193 aa  83.6  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.504761 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2619  TetR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 194 aa  82.8  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.362845  normal  0.246457 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  35.23 
 
 		 192 aa  82.8  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 196 aa  82.4  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 192 aa  82  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1874  putative regulatory protein  31.91 
 
 		 198 aa  81.6  0.000000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885441  normal  0.710734 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 193 aa  80.5  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 219 aa  80.9  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 196 aa  79  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 196 aa  79  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  32.7 
 
 		 191 aa  79  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0948  TetR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 191 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.627177  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1013  TetR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 191 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3573  transcriptional regulator, TetR family  56.25 
 
 		 195 aa  78.2  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0355911  normal  0.084172 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1478  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 188 aa  77.8  0.00000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.182244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0493  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 206 aa  77.4  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 204 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 194 aa  77.8  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8807  putative transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3554  transcriptional regulator, TetR family  31.64 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  32.4 
 
 		 198 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0481  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 193 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0097  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 188 aa  75.5  0.0000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 198 aa  75.5  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 208 aa  75.1  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 194 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 218 aa  75.1  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 190 aa  74.7  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
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NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 211 aa  74.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  31.05 
 
 		 211 aa  74.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3535  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 204 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4611  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 371 aa  73.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 211 aa  74.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  32.42 
 
 		 198 aa  73.9  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3345  transcriptional regulator, TetR family  29.71 
 
 		 191 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5345  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 198 aa  73.9  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.922777  normal  0.179588 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2765  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 196 aa  73.2  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.829891 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 222 aa  73.6  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 193 aa  72.8  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  32.63 
 
 		 197 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5058  transcriptional regulator, TetR family  33.61 
 
 		 195 aa  72.4  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6453  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 198 aa  72  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6285  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 198 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.42646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6688  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 198 aa  72  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 222 aa  72  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  36.28 
 
 		 193 aa  72  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5169  transcriptional regulator, TetR family  35.77 
 
 		 205 aa  71.6  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3672  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 188 aa  71.2  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 207 aa  71.2  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  33.33 
 
 		 203 aa  71.2  0.000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
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NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 202 aa  71.2  0.000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
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NC_009972  Haur_3137  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 210 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A5712  TetR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  49.25 
 
 		 195 aa  70.9  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
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NC_011891  A2cp1_3330  transcriptional regulator, TetR family  47.06 
 
 		 219 aa  69.7  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  31.17 
 
 		 193 aa  69.7  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010552  BamMC406_4144  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 188 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.188303  normal  0.0621662 
 
 
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NC_011894  Mnod_7468  transcriptional regulator, TetR family  53.33 
 
 		 218 aa  69.3  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.23471  n/a   
 
 
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NC_008060  Bcen_1774  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 207 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008542  Bcen2424_2386  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 207 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 205 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010084  Bmul_0904  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824382  normal  0.0227277 
 
 
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NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  31.84 
 
 		 194 aa  68.9  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
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NC_007760  Adeh_3140  TetR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 221 aa  68.6  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.263348  n/a   
 
 
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NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 195 aa  68.6  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
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NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  49.21 
 
 		 200 aa  68.6  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011145  AnaeK_3244  transcriptional regulator, TetR family  45.59 
 
 		 221 aa  68.6  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_2906  transcriptional regulator, TetR family  31.16 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0722139  normal  1 
 
 
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