More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3535 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3535  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 191 aa  384  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4611  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 371 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 193 aa  112  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 205 aa  98.2  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 193 aa  95.5  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 199 aa  95.1  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 219 aa  94  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 193 aa  93.2  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 222 aa  93.2  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 193 aa  92.4  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 196 aa  92  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  31.38 
 
 		 193 aa  92  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  32.16 
 
 		 198 aa  91.7  6e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 204 aa  91.7  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  32.37 
 
 		 193 aa  91.3  8e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  37.36 
 
 		 197 aa  90.9  9e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 198 aa  90.5  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 193 aa  89.7  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  32.88 
 
 		 156 aa  89.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 194 aa  88.6  5e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  34.72 
 
 		 195 aa  87.8  9e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 207 aa  87  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 204 aa  87.4  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 193 aa  87.8  1e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0145  TetR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 202 aa  86.7  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.437687  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3433  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 193 aa  86.7  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.389542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 192 aa  85.9  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1032  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 208 aa  85.5  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 194 aa  85.5  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  32.56 
 
 		 193 aa  84.7  7e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  30.37 
 
 		 203 aa  84  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 218 aa  83.2  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 200 aa  82.8  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5542  transcriptional regulator, TetR family  36.29 
 
 		 194 aa  82  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.789571  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3345  transcriptional regulator, TetR family  26.9 
 
 		 191 aa  82  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8807  putative transcriptional regulator, TetR family  37.9 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  28.29 
 
 		 191 aa  81.3  0.000000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  32.46 
 
 		 193 aa  81.3  0.000000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 193 aa  81.3  0.000000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0948  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 191 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.627177  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1013  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 191 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3573  transcriptional regulator, TetR family  31.95 
 
 		 195 aa  80.9  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0355911  normal  0.084172 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3093  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 201 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0252517 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  31.98 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 215 aa  79  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2189  transcriptional regulator, TetR family  31.96 
 
 		 202 aa  78.6  0.00000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1578  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 203 aa  78.2  0.00000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0493  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 222 aa  77.8  0.00000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0117598 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 204 aa  77.4  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 216 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2692  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 193 aa  77.4  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.504761 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  31.89 
 
 		 212 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 193 aa  76.6  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3137  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 192 aa  76.6  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5345  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 198 aa  75.9  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.922777  normal  0.179588 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2789  transcriptional regulator  32.62 
 
 		 206 aa  75.9  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 201 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 208 aa  75.9  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1620  TetR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 205 aa  75.9  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 206 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 199 aa  75.1  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  29.07 
 
 		 201 aa  75.1  0.0000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 210 aa  74.7  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 		 204 aa  74.7  0.0000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3984  transcriptional regulator, TetR family protein  33.61 
 
 		 211 aa  74.7  0.0000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1874  putative regulatory protein  29.83 
 
 		 198 aa  74.7  0.0000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885441  normal  0.710734 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 206 aa  74.3  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 214 aa  74.3  0.0000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12083  transcriptional regulator, TetR family protein  25 
 
 		 187 aa  74.3  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 222 aa  74.3  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2545  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 194 aa  73.9  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 206 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1089  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 190 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1179  transcriptional regulator, TetR family  33.08 
 
 		 198 aa  73.2  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.288888  normal  0.322158 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 196 aa  72.8  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 196 aa  72.8  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1395  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 196 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0252  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 194 aa  72.8  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.867584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0481  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 211 aa  72.4  0.000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  23.94 
 
 		 190 aa  72.8  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 214 aa  72  0.000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 193 aa  72  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2964  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 195 aa  72  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0240167  normal  0.157932 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 213 aa  72  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  26.9 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1379  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 196 aa  71.6  0.000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009092  Shew_2729  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 196 aa  71.6  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621665 
 
 
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NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 214 aa  71.6  0.000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009456  VC0395_0530  hypothetical protein  30.41 
 
 		 198 aa  71.6  0.000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009997  Sbal195_1418  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 196 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 207 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 207 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 224 aa  70.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
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NC_013457  VEA_000004  transcriptional regulator  27.49 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_2508  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 206 aa  70.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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