More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1578 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1578  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 203 aa  417  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2694  TetR family transcriptional regulator  86.57 
 
 		 203 aa  360  8e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357406 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2762  TetR family transcriptional regulator  85.57 
 
 		 203 aa  355  2.9999999999999997e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2864  TetR family transcriptional regulator  85.57 
 
 		 203 aa  352  2e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037684 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1395  TetR family transcriptional regulator  76.04 
 
 		 196 aa  299  2e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2964  transcriptional regulator, TetR family  75.13 
 
 		 195 aa  295  5e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0240167  normal  0.157932 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1418  TetR family transcriptional regulator  74.48 
 
 		 196 aa  294  8e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1379  TetR family transcriptional regulator  74.48 
 
 		 196 aa  291  4e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2729  TetR family transcriptional regulator  56.92 
 
 		 196 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621665 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3433  TetR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 193 aa  216  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.389542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1089  TetR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 190 aa  175  5e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000004  transcriptional regulator  47.03 
 
 		 191 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05594  transcriptional regulator  47.03 
 
 		 191 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0530  hypothetical protein  45.95 
 
 		 198 aa  160  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 193 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  36.78 
 
 		 193 aa  115  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  36.21 
 
 		 192 aa  115  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  38.04 
 
 		 193 aa  114  6.9999999999999995e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 196 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 196 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 193 aa  99.8  3e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 193 aa  97.4  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 204 aa  97.1  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 193 aa  96.3  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  31.94 
 
 		 204 aa  95.5  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 193 aa  95.1  6e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 207 aa  94.4  9e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 		 193 aa  94  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0419  transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 		 217 aa  93.2  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00785696  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 218 aa  91.3  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 193 aa  90.9  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 205 aa  90.5  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 194 aa  89.7  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 196 aa  89.7  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3573  transcriptional regulator, TetR family  36.75 
 
 		 195 aa  89.4  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0355911  normal  0.084172 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  34 
 
 		 156 aa  87.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0493  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 206 aa  86.7  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3345  transcriptional regulator, TetR family  29.08 
 
 		 191 aa  86.7  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 219 aa  85.9  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0481  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 211 aa  86.3  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 215 aa  85.9  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 213 aa  84.7  8e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 213 aa  84.7  8e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 213 aa  84.7  9e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 193 aa  84.3  9e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.36 
 
 		 210 aa  84  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 211 aa  84.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 192 aa  84.3  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 		 211 aa  84.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  31.36 
 
 		 210 aa  84  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 236 aa  84.3  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 		 211 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 210 aa  84  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 		 236 aa  84.3  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  31.95 
 
 		 190 aa  84  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 211 aa  84.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3101  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 212 aa  83.6  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 236 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  31.49 
 
 		 193 aa  83.2  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 195 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 211 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 		 193 aa  81.6  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 194 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 214 aa  81.6  0.000000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 		 197 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 224 aa  80.5  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 195 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  29.48 
 
 		 209 aa  81.3  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 222 aa  80.5  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 206 aa  80.5  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3676  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508637  decreased coverage  0.00105541 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 196 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 192 aa  80.1  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 195 aa  79.7  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3137  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 197 aa  79.3  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 222 aa  79.3  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0948  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 191 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.627177  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1013  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 191 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  31.29 
 
 		 191 aa  79  0.00000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
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NC_012857  Rpic12D_3535  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 191 aa  78.2  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010678  Rpic_4611  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 371 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 216 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
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NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 214 aa  77.8  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5058  transcriptional regulator, TetR family  31.93 
 
 		 195 aa  77.4  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  30.86 
 
 		 198 aa  77.4  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
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NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  26.56 
 
 		 196 aa  77.4  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
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NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  30.94 
 
 		 212 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007912  Sde_0293  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 203 aa  76.6  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000668888 
 
 
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NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 194 aa  75.9  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
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NC_007908  Rfer_3140  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 197 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137738  n/a   
 
 
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NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 211 aa  75.5  0.0000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_4047  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.866362  normal  0.450827 
 
 
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NC_010581  Bind_2355  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 201 aa  75.5  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.552854 
 
 
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NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 200 aa  75.1  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
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NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 204 aa  75.1  0.0000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_5345  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 198 aa  74.7  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.922777  normal  0.179588 
 
 
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NC_011894  Mnod_7468  transcriptional regulator, TetR family  51.56 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.23471  n/a   
 
 
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