More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3573 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3573  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 195 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0355911  normal  0.084172 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  45.7 
 
 		 192 aa  174  6e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  40.11 
 
 		 190 aa  143  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 193 aa  102  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  35.96 
 
 		 192 aa  100  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 215 aa  99  4e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  33.93 
 
 		 193 aa  99  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 193 aa  97.8  9e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  35.62 
 
 		 193 aa  97.1  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  32.16 
 
 		 192 aa  95.5  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 219 aa  92.8  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2692  TetR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 193 aa  90.9  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.504761 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1578  TetR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 203 aa  89.4  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 194 aa  89.4  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2864  TetR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 203 aa  87  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037684 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6901  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 229 aa  85.9  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165859 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  36.94 
 
 		 156 aa  85.1  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 218 aa  84.3  9e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  29.31 
 
 		 193 aa  84.3  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000004  transcriptional regulator  34.71 
 
 		 191 aa  84  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 213 aa  84  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 193 aa  84  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 213 aa  84  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 213 aa  83.2  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4262  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 226 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 193 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2694  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 203 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357406 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 198 aa  83.6  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0530  hypothetical protein  32.93 
 
 		 198 aa  82.4  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2762  TetR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 203 aa  82  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 193 aa  82  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 200 aa  82  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0481  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05594  transcriptional regulator  33.53 
 
 		 191 aa  81.6  0.000000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3670  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 197 aa  81.3  0.000000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411004  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3975  transcriptional regulator, TetR family  30.72 
 
 		 203 aa  80.9  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3535  transcriptional regulator, TetR family  31.95 
 
 		 191 aa  80.9  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4611  transcriptional regulator, TetR family  31.95 
 
 		 371 aa  80.5  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 209 aa  80.9  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0224  transcriptional regulator, TetR-family  31.48 
 
 		 192 aa  80.5  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 193 aa  80.9  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 214 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 193 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 196 aa  80.5  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3140  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.263348  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 206 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3554  transcriptional regulator, TetR family  30.38 
 
 		 217 aa  79  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 206 aa  79  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1395  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 196 aa  79  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 214 aa  78.6  0.00000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2964  transcriptional regulator, TetR family  34.36 
 
 		 195 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0240167  normal  0.157932 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 193 aa  78.2  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1089  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 190 aa  78.2  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 206 aa  77.8  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 204 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  28.31 
 
 		 193 aa  76.3  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1379  TetR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 196 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5058  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 195 aa  75.9  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1418  TetR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 196 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  51.61 
 
 		 203 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3433  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 193 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.389542  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0948  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 191 aa  75.5  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.627177  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 191 aa  75.5  0.0000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1013  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 191 aa  75.5  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  28.83 
 
 		 206 aa  75.5  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  28.24 
 
 		 195 aa  75.5  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2729  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621665 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  31.25 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 224 aa  74.7  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3345  transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 		 191 aa  74.7  0.0000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  30.95 
 
 		 204 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 202 aa  74.7  0.0000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 196 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 194 aa  73.2  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  28.25 
 
 		 200 aa  73.6  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0959  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 		 219 aa  72.8  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4056  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 193 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0839  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 203 aa  72.4  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 204 aa  72.4  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0969  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 202 aa  72  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021423 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2355  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 201 aa  72  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.552854 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3099  TetR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 192 aa  72  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.806996 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4047  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 205 aa  72  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.866362  normal  0.450827 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 206 aa  71.6  0.000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3984  transcriptional regulator, TetR family protein  27.22 
 
 		 211 aa  71.2  0.000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 197 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1478  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 188 aa  70.9  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.182244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0143  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 202 aa  70.5  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1395  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 202 aa  70.5  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0418723  normal  0.76235 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4679  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 193 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.136213 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 195 aa  69.3  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>