More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2355 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2355  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 201 aa  399  9.999999999999999e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.552854 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3101  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 212 aa  171  7.999999999999999e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 222 aa  140  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 196 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 204 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 207 aa  136  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  38.98 
 
 		 204 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  38.97 
 
 		 197 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 200 aa  122  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 		 193 aa  105  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  36.18 
 
 		 198 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 193 aa  103  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 193 aa  102  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 193 aa  100  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  32.64 
 
 		 193 aa  99.4  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 218 aa  97.4  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  34.02 
 
 		 192 aa  97.1  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 		 209 aa  95.9  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 193 aa  94  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0969  TetR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 202 aa  92.4  4e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021423 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6901  TetR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 229 aa  91.7  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165859 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 215 aa  92  6e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4420  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 201 aa  90.9  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3947  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 201 aa  90.9  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.354968 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 193 aa  90.9  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4262  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 226 aa  90.1  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2692  TetR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 193 aa  89  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.504761 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 196 aa  88.2  7e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 196 aa  88.2  7e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 205 aa  86.7  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3345  transcriptional regulator, TetR family  26.94 
 
 		 191 aa  87  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  32.82 
 
 		 193 aa  86.7  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2762  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 207 aa  85.9  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.598965  normal  0.857853 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4679  TetR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 193 aa  84.7  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.136213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  28.79 
 
 		 192 aa  84.7  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3581  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 185 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.428867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02226  transcriptional regulator, TetR family protein  30.95 
 
 		 196 aa  84  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.972925  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 194 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 216 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  28.86 
 
 		 156 aa  80.9  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 		 212 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4047  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.866362  normal  0.450827 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  29.53 
 
 		 190 aa  80.1  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1395  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 202 aa  79.3  0.00000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0418723  normal  0.76235 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1874  putative regulatory protein  35.84 
 
 		 198 aa  78.6  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885441  normal  0.710734 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 191 aa  78.6  0.00000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0948  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 191 aa  78.6  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.627177  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1013  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 191 aa  78.6  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1032  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 208 aa  78.2  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  25.39 
 
 		 193 aa  77.4  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0959  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 219 aa  77.4  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0839  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 		 203 aa  77.4  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12083  transcriptional regulator, TetR family protein  26.78 
 
 		 187 aa  77  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1578  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 203 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 194 aa  77  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2631  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 197 aa  77  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0870793 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2789  transcriptional regulator  27.75 
 
 		 206 aa  77  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5058  transcriptional regulator, TetR family  34.52 
 
 		 195 aa  76.6  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 194 aa  76.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 217 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3140  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 197 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137738  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 195 aa  75.5  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2864  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 203 aa  75.5  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037684 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0224  transcriptional regulator, TetR-family  28.65 
 
 		 192 aa  75.1  0.0000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 210 aa  74.7  0.0000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 		 210 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 193 aa  73.9  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 193 aa  74.3  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 213 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 206 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3670  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 197 aa  73.6  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411004  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 206 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
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NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  29.69 
 
 		 193 aa  73.2  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  25.61 
 
 		 192 aa  72.8  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_2694  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 203 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357406 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 206 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_2762  TetR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 203 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 204 aa  72.4  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
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NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  27.17 
 
 		 196 aa  72.4  0.000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
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NC_009485  BBta_2210  TetR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 185 aa  72  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.540344 
 
 
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NC_013132  Cpin_3573  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 195 aa  72  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0355911  normal  0.084172 
 
 
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NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  29.61 
 
 		 204 aa  72  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
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CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.42 
 
 		 210 aa  71.6  0.000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 210 aa  71.6  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
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NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 211 aa  72  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
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NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 198 aa  71.6  0.000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
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NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 224 aa  71.6  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 		 211 aa  72  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
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NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  28.42 
 
 		 210 aa  71.6  0.000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 		 211 aa  71.6  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 211 aa  71.6  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
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