More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3670 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3670  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 197 aa  409  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411004  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1841  transcriptional regulator, TetR family protein  51.56 
 
 		 195 aa  203  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0224  transcriptional regulator, TetR-family  41.15 
 
 		 192 aa  159  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  40.74 
 
 		 196 aa  159  3e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0969  TetR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 202 aa  129  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021423 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1395  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 202 aa  128  6e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0418723  normal  0.76235 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0143  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 202 aa  117  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02226  transcriptional regulator, TetR family protein  34.55 
 
 		 196 aa  112  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.972925  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4056  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 193 aa  90.9  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 193 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  27.03 
 
 		 193 aa  87.4  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 193 aa  86.3  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3643  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 193 aa  85.5  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256948 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2721  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 193 aa  85.1  6e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.236108  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1396  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 193 aa  84.7  7e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3062  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 193 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000497782 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 213 aa  84  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 213 aa  84  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1248  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 193 aa  84  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 213 aa  82  0.000000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 193 aa  81.3  0.000000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3573  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 195 aa  81.3  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0355911  normal  0.084172 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1326  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115046 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2408  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 192 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 218 aa  79  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1157  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 193 aa  79  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1088  transcriptional regulator, TetR family protein  30.94 
 
 		 198 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1292  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 193 aa  79  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1229  regulatory protein, TetR  28.26 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1158  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 193 aa  78.6  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3393  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 193 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 		 193 aa  77.4  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 199 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  25.53 
 
 		 193 aa  76.3  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3137  transcriptional regulator, TetR family  32.05 
 
 		 197 aa  75.5  0.0000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0620  TetR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 210 aa  74.7  0.0000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2816  transcriptional regulator, TetR family protein  30 
 
 		 188 aa  74.7  0.0000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2355  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 201 aa  73.9  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.552854 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  26.17 
 
 		 156 aa  73.9  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 193 aa  74.3  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1228  TetR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 193 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 217 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3099  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 192 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.806996 
 
 
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NC_010335  Caul_5116  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 193 aa  72.4  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 206 aa  72  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3101  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 212 aa  72  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5345  TetR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 198 aa  71.2  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.922777  normal  0.179588 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  25.39 
 
 		 192 aa  71.2  0.000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
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NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 204 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 222 aa  71.2  0.000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3704  transcriptional regulator, TetR family  29.69 
 
 		 190 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.21281 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0238  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  26.63 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 196 aa  70.1  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 196 aa  70.1  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2059  transcriptional regulator, TetR family  33.73 
 
 		 211 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4679  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 193 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.136213 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 211 aa  69.3  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  27.16 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  30.59 
 
 		 190 aa  68.9  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 207 aa  68.6  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 208 aa  68.2  0.00000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0110  transcriptional regulator, TetR family  25.64 
 
 		 193 aa  68.2  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  27.16 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  31.02 
 
 		 198 aa  68.2  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12083  transcriptional regulator, TetR family protein  25 
 
 		 187 aa  68.2  0.00000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0120  transcriptional regulator, TetR family  31.01 
 
 		 227 aa  67.8  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.555065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6374  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 		 194 aa  67.8  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5750  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 		 193 aa  67.8  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0412881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3140  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.263348  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 215 aa  67.4  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 206 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 192 aa  67.8  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  26.95 
 
 		 201 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0493  transcriptional regulator, TetR family  27.64 
 
 		 222 aa  66.2  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0117598 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 		 204 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  25.79 
 
 		 192 aa  65.5  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26140  putative transcriptional regulator  31.58 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287141  normal  0.149256 
 
 
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NC_011891  A2cp1_3330  transcriptional regulator, TetR family  34.65 
 
 		 219 aa  65.1  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 224 aa  64.7  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  26.55 
 
 		 193 aa  64.7  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
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NC_011369  Rleg2_1106  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 210 aa  64.7  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.527206 
 
 
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NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  26.47 
 
 		 193 aa  64.7  0.0000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 201 aa  64.7  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
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NC_013947  Snas_5542  transcriptional regulator, TetR family  36.05 
 
 		 194 aa  64.7  0.0000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.789571  normal  0.111085 
 
 
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NC_011368  Rleg2_5169  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 		 205 aa  64.3  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
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NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  26.25 
 
 		 199 aa  63.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
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NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 195 aa  64.3  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
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NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  26.46 
 
 		 193 aa  63.9  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
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NC_011365  Gdia_2298  transcriptional regulator, TetR family  27.63 
 
 		 219 aa  63.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
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NC_008786  Veis_0960  TetR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 219 aa  64.3  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.115896  normal  1 
 
 
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NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  25.75 
 
 		 204 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
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NC_011773  BCAH820_3345  transcriptional regulator, TetR family  26.38 
 
 		 191 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  24.85 
 
 		 197 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013132  Cpin_6698  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 193 aa  63.5  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010678  Rpic_4611  transcriptional regulator, TetR family  26.18 
 
 		 371 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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