More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02226 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02226  transcriptional regulator, TetR family protein  100 
 
 		 196 aa  409  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.972925  n/a   
 
 
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NC_011313  VSAL_II0224  transcriptional regulator, TetR-family  35.42 
 
 		 192 aa  119  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  35.52 
 
 		 196 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3670  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 197 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411004  n/a   
 
 
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NC_007969  Pcryo_0969  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 202 aa  107  1e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021423 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1395  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 202 aa  102  3e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0418723  normal  0.76235 
 
 
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NC_008345  Sfri_1841  transcriptional regulator, TetR family protein  33.73 
 
 		 195 aa  100  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008740  Maqu_0143  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 202 aa  97.4  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2355  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 201 aa  83.6  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.552854 
 
 
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NC_010815  Glov_3704  transcriptional regulator, TetR family  30.6 
 
 		 190 aa  78.6  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.21281 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3643  TetR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 193 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256948 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4056  TetR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 193 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6698  transcriptional regulator, TetR family  23.89 
 
 		 193 aa  71.2  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3101  TetR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 196 aa  70.9  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 196 aa  70.9  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 204 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3137  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 211 aa  71.2  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 211 aa  70.1  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 190 aa  70.5  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 219 aa  69.3  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1228  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 193 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  22.28 
 
 		 193 aa  68.9  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 198 aa  68.2  0.00000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3393  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 193 aa  68.2  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  23.93 
 
 		 193 aa  68.2  0.00000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1229  regulatory protein, TetR  21.39 
 
 		 235 aa  67  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 195 aa  67.4  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3345  transcriptional regulator, TetR family  21.93 
 
 		 191 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  24.34 
 
 		 198 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0238  TetR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 191 aa  67  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2408  TetR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 192 aa  67  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 202 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  25.75 
 
 		 204 aa  67  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  26.47 
 
 		 192 aa  65.9  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1157  TetR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 193 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 193 aa  65.5  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0948  TetR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 191 aa  65.1  0.0000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.627177  n/a   
 
 
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NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 236 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_1013  TetR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 191 aa  65.1  0.0000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5058  transcriptional regulator, TetR family  30.82 
 
 		 195 aa  65.1  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_2631  TetR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 197 aa  64.7  0.0000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0870793 
 
 
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NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  22.09 
 
 		 193 aa  64.7  0.0000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2721  TetR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 193 aa  64.7  0.0000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.236108  n/a   
 
 
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CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.88 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
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NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  22.8 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_4047  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 205 aa  63.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.866362  normal  0.450827 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  27.88 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2816  transcriptional regulator, TetR family protein  37.68 
 
 		 188 aa  64.3  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1158  TetR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 193 aa  63.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 196 aa  64.3  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  25.25 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  24.55 
 
 		 197 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3062  transcriptional regulator, TetR family  24.08 
 
 		 193 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000497782 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  21.39 
 
 		 191 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5750  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 		 193 aa  63.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0412881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1326  TetR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 193 aa  62.8  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115046 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25370  transcriptional regulator  29.14 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.422708  normal  0.650807 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0493  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 222 aa  62.8  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0117598 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 222 aa  62.8  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5345  TetR family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 198 aa  62.4  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.922777  normal  0.179588 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 199 aa  62  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4679  TetR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 193 aa  62  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.136213 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1032  TetR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 208 aa  61.6  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1396  TetR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 193 aa  61.6  0.000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 216 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1248  TetR family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 193 aa  61.6  0.000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26140  putative transcriptional regulator  23.59 
 
 		 196 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287141  normal  0.149256 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  24.75 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3212  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 193 aa  61.2  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 217 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 205 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 194 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3099  TetR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 192 aa  60.5  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.806996 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  22.98 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  27.18 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 208 aa  60.5  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
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NC_010335  Caul_5116  TetR family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3140  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 197 aa  59.7  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137738  n/a   
 
 
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NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
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NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  22.36 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009665  Shew185_1292  TetR family transcriptional regulator  22.51 
 
 		 193 aa  59.3  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  27.04 
 
 		 193 aa  59.7  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
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NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
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NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  23.96 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  27.18 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  23.12 
 
 		 218 aa  58.5  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  22.11 
 
 		 199 aa  58.5  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
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