More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2408 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2408  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 192 aa  393  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4056  TetR family transcriptional regulator  60.62 
 
 		 193 aa  237  8e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3643  TetR family transcriptional regulator  60.1 
 
 		 193 aa  235  3e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256948 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1326  TetR family transcriptional regulator  59.38 
 
 		 193 aa  234  4e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115046 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2721  TetR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 193 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.236108  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3062  transcriptional regulator, TetR family  58.85 
 
 		 193 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000497782 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1248  TetR family transcriptional regulator  58.85 
 
 		 193 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1292  TetR family transcriptional regulator  58.85 
 
 		 193 aa  231  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1157  TetR family transcriptional regulator  58.85 
 
 		 193 aa  229  2e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1228  TetR family transcriptional regulator  58.85 
 
 		 193 aa  229  2e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3393  TetR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 193 aa  228  4e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1158  TetR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 193 aa  225  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1396  TetR family transcriptional regulator  54.21 
 
 		 193 aa  214  7e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3099  TetR family transcriptional regulator  56.77 
 
 		 192 aa  206  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.806996 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0238  TetR family transcriptional regulator  55.75 
 
 		 191 aa  201  7e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1229  regulatory protein, TetR  54.21 
 
 		 235 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1088  transcriptional regulator, TetR family protein  55.8 
 
 		 198 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 194 aa  95.9  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 196 aa  95.9  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 196 aa  95.9  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  30.77 
 
 		 196 aa  93.6  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  36.11 
 
 		 195 aa  92  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3704  transcriptional regulator, TetR family  31.35 
 
 		 190 aa  90.9  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.21281 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 193 aa  89.4  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 192 aa  87.8  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 215 aa  86.7  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 218 aa  84.7  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 193 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3101  TetR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 212 aa  82  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  30.17 
 
 		 204 aa  81.3  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  32.02 
 
 		 193 aa  80.9  0.000000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2816  transcriptional regulator, TetR family protein  29.78 
 
 		 188 aa  81.3  0.000000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  31.69 
 
 		 197 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008786  Veis_1032  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 208 aa  80.9  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6698  transcriptional regulator, TetR family  27.07 
 
 		 193 aa  80.9  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 204 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3670  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 197 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411004  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0969  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 202 aa  79.3  0.00000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021423 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 208 aa  79.3  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 193 aa  79.3  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 193 aa  79  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  28.18 
 
 		 219 aa  79  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
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NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 193 aa  78.6  0.00000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1395  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 202 aa  78.2  0.00000000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0418723  normal  0.76235 
 
 
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NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 207 aa  78.2  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 211 aa  78.2  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
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NC_009832  Spro_2545  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 194 aa  78.2  0.00000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  34.32 
 
 		 211 aa  77.8  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 		 193 aa  77.8  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
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NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 211 aa  77.8  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 211 aa  77.8  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 196 aa  77.4  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 193 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
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NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  34.32 
 
 		 211 aa  77.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1841  transcriptional regulator, TetR family protein  30.12 
 
 		 195 aa  77  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  33.69 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  30.86 
 
 		 198 aa  76.6  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0110  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 193 aa  75.9  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  30.85 
 
 		 203 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 194 aa  76.3  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4420  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 201 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3947  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 201 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.354968 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2012  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 195 aa  75.1  0.0000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.182614 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1874  putative regulatory protein  30.05 
 
 		 198 aa  75.1  0.0000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885441  normal  0.710734 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.16 
 
 		 210 aa  75.1  0.0000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 210 aa  75.1  0.0000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 210 aa  75.1  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 156 aa  75.1  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0145  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 202 aa  75.1  0.0000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.437687  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 213 aa  75.1  0.0000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 		 192 aa  75.1  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  33.16 
 
 		 210 aa  75.1  0.0000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 213 aa  75.1  0.0000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 236 aa  75.1  0.0000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 213 aa  75.1  0.0000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 236 aa  75.1  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 211 aa  74.7  0.0000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 222 aa  74.7  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 210 aa  74.7  0.0000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0293  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 203 aa  74.7  0.0000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000668888 
 
 
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NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  27.17 
 
 		 193 aa  74.3  0.0000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 193 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 195 aa  73.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
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NC_011313  VSAL_II0224  transcriptional regulator, TetR-family  26.47 
 
 		 192 aa  74.3  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 216 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
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NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 236 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  26.88 
 
 		 193 aa  73.9  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
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NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 195 aa  73.2  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
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NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 206 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
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NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 		 212 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 206 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_2692  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 193 aa  72.4  0.000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.504761 
 
 
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NC_012850  Rleg_3554  transcriptional regulator, TetR family  25.82 
 
 		 217 aa  72  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 210 aa  71.6  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 199 aa  71.6  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009972  Haur_3137  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 211 aa  71.2  0.000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009667  Oant_2227  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 209 aa  71.2  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 		 209 aa  70.9  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 206 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
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NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 214 aa  70.9  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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