More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1396 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1396  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 193 aa  400  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4056  TetR family transcriptional regulator  65.45 
 
 		 193 aa  269  2e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3643  TetR family transcriptional regulator  65.45 
 
 		 193 aa  268  4e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256948 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1157  TetR family transcriptional regulator  62.69 
 
 		 193 aa  255  2e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1228  TetR family transcriptional regulator  62.69 
 
 		 193 aa  256  2e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3393  TetR family transcriptional regulator  63.21 
 
 		 193 aa  255  4e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1326  TetR family transcriptional regulator  61.26 
 
 		 193 aa  253  8e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115046 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3062  transcriptional regulator, TetR family  61.26 
 
 		 193 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000497782 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1158  TetR family transcriptional regulator  62.18 
 
 		 193 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1248  TetR family transcriptional regulator  61.26 
 
 		 193 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2721  TetR family transcriptional regulator  61.78 
 
 		 193 aa  252  3e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.236108  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1292  TetR family transcriptional regulator  60.73 
 
 		 193 aa  251  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3099  TetR family transcriptional regulator  58.55 
 
 		 192 aa  231  6e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.806996 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2408  TetR family transcriptional regulator  54.21 
 
 		 192 aa  214  7e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1088  transcriptional regulator, TetR family protein  53.59 
 
 		 198 aa  211  7.999999999999999e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1229  regulatory protein, TetR  52.85 
 
 		 235 aa  205  4e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0238  TetR family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 191 aa  182  3e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0143  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 202 aa  104  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 194 aa  98.2  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  28.88 
 
 		 196 aa  97.4  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 		 192 aa  96.7  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 204 aa  94  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 		 192 aa  90.5  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1841  transcriptional regulator, TetR family protein  27.57 
 
 		 195 aa  89  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 193 aa  88.2  7e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 193 aa  88.2  7e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 196 aa  86.7  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 196 aa  86.7  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1395  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 202 aa  85.9  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0418723  normal  0.76235 
 
 
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NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  26.37 
 
 		 193 aa  86.3  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3670  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 197 aa  84.7  7e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411004  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 197 aa  84.7  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0145  TetR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 202 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.437687  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3704  transcriptional regulator, TetR family  30.23 
 
 		 190 aa  82  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.21281 
 
 
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NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 196 aa  82  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 204 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 222 aa  81.3  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0224  transcriptional regulator, TetR-family  28.65 
 
 		 192 aa  80.5  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 198 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  25.41 
 
 		 193 aa  80.9  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  26.78 
 
 		 193 aa  79.3  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  30.18 
 
 		 198 aa  79.3  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
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NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  30.36 
 
 		 195 aa  79  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
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NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 207 aa  78.6  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 193 aa  78.6  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
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NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 198 aa  78.6  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 199 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 193 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 208 aa  77.4  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
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NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 214 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2816  transcriptional regulator, TetR family protein  28.99 
 
 		 188 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0948  TetR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 191 aa  75.9  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.627177  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_1013  TetR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 191 aa  75.9  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007969  Pcryo_0969  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 202 aa  76.3  0.0000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021423 
 
 
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NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  27.32 
 
 		 201 aa  75.5  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  25.41 
 
 		 193 aa  75.9  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 195 aa  75.1  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 217 aa  75.1  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
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NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  30.13 
 
 		 191 aa  74.7  0.0000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1774  TetR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 207 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 204 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2386  TetR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 207 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3101  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 212 aa  74.3  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4262  TetR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 226 aa  73.2  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  25.52 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  28.35 
 
 		 206 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 210 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  26.23 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0293  TetR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 203 aa  72.4  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000668888 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 213 aa  71.6  0.000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 213 aa  71.6  0.000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2431  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 204 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.547738  n/a   
 
 
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NC_008786  Veis_1032  TetR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 208 aa  71.6  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 215 aa  71.2  0.000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 206 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 193 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  25.65 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
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NC_008044  TM1040_0319  TetR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 194 aa  70.9  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1620  TetR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 205 aa  70.5  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 206 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
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NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 213 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 193 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011365  Gdia_2298  transcriptional regulator, TetR family  25.79 
 
 		 219 aa  69.3  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
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NC_011369  Rleg2_2906  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 205 aa  69.3  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0722139  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 190 aa  69.3  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012912  Dd1591_3137  transcriptional regulator, TetR family  28.75 
 
 		 197 aa  69.3  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 210 aa  68.9  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
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NC_013132  Cpin_3573  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 195 aa  68.9  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0355911  normal  0.084172 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 206 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
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NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 206 aa  68.6  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
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