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for query gene Sfri_2816 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2816  transcriptional regulator, TetR family protein  100 
 
 		 188 aa  387  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010815  Glov_3704  transcriptional regulator, TetR family  49.2 
 
 		 190 aa  190  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.21281 
 
 
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NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 193 aa  91.3  8e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
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NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 196 aa  91.3  8e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 193 aa  90.9  9e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
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NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  36.49 
 
 		 211 aa  87.8  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
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NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 211 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 211 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  36.88 
 
 		 211 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 211 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 193 aa  86.7  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 211 aa  83.2  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3393  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 193 aa  82  0.000000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1228  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 193 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4056  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 193 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0143  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 202 aa  81.6  0.000000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1157  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 193 aa  81.3  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2408  TetR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 192 aa  81.3  0.000000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009438  Sputcn32_2721  TetR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 193 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.236108  n/a   
 
 
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NC_009831  Ssed_3643  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 193 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256948 
 
 
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NC_008345  Sfri_1841  transcriptional regulator, TetR family protein  29.82 
 
 		 195 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1158  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 193 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_2906  transcriptional regulator, TetR family  31.44 
 
 		 205 aa  79.7  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0722139  normal  1 
 
 
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NC_011663  Sbal223_3062  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 193 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000497782 
 
 
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NC_008345  Sfri_1088  transcriptional regulator, TetR family protein  35 
 
 		 198 aa  78.2  0.00000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003910  CPS_1396  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 193 aa  77.8  0.00000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009997  Sbal195_1326  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 193 aa  77  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115046 
 
 
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CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.78 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
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NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 236 aa  76.3  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 236 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  34.78 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 210 aa  75.9  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
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NC_009665  Shew185_1292  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 193 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 236 aa  74.7  0.0000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
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NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  34.06 
 
 		 210 aa  74.7  0.0000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
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NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  33.53 
 
 		 201 aa  74.7  0.0000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008228  Patl_3670  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 197 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411004  n/a   
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 194 aa  74.3  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 193 aa  73.9  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
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NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  33.53 
 
 		 204 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
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NC_009485  BBta_1620  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 205 aa  73.2  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135802  normal  1 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 199 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009052  Sbal_1248  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007954  Sden_1229  regulatory protein, TetR  29.07 
 
 		 235 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 217 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
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NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  27.01 
 
 		 196 aa  72.4  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
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NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 192 aa  72  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
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NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 193 aa  71.6  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009484  Acry_3101  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 212 aa  71.2  0.000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011313  VSAL_II0224  transcriptional regulator, TetR-family  29.45 
 
 		 192 aa  70.5  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  27.17 
 
 		 197 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 201 aa  70.9  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 192 aa  69.7  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
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NC_009092  Shew_3099  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 192 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.806996 
 
 
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NC_013521  Sked_33680  transcriptional regulator  37.86 
 
 		 200 aa  69.3  0.00000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.737103  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 218 aa  69.3  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009952  Dshi_1874  putative regulatory protein  26.09 
 
 		 198 aa  69.3  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885441  normal  0.710734 
 
 
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NC_007969  Pcryo_0969  TetR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 202 aa  68.9  0.00000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021423 
 
 
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NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 214 aa  68.2  0.00000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 204 aa  68.2  0.00000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  30.16 
 
 		 219 aa  68.2  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3140  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 197 aa  67.8  0.00000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137738  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 193 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_2692  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 193 aa  67.4  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.504761 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1395  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 202 aa  67  0.0000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0418723  normal  0.76235 
 
 
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NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 		 156 aa  67  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_008061  Bcen_4420  TetR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 201 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008543  Bcen2424_3947  TetR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 201 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.354968 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2631  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 197 aa  65.9  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0870793 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0796  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 203 aa  66.2  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.091153  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0238  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 191 aa  65.9  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5058  transcriptional regulator, TetR family  36.45 
 
 		 195 aa  65.9  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 205 aa  65.1  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  29.92 
 
 		 198 aa  65.1  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 215 aa  64.7  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1089  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 190 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0252  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 194 aa  64.7  0.0000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.867584  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 193 aa  64.7  0.0000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02226  transcriptional regulator, TetR family protein  37.68 
 
 		 196 aa  64.3  0.0000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.972925  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3310  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 205 aa  64.3  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0639272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 196 aa  64.3  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 196 aa  64.3  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  25.29 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 213 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010515  Bcenmc03_3581  TetR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 185 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.428867  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_26140  putative transcriptional regulator  25.36 
 
 		 196 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287141  normal  0.149256 
 
 
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NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  26.51 
 
 		 198 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 194 aa  62.8  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
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NC_003910  CPS_1681  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 198 aa  62.4  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 193 aa  62.8  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
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NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 195 aa  62.8  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
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NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 193 aa  62.8  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
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NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  26.46 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_2355  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.552854 
 
 
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NC_014230  CA2559_12083  transcriptional regulator, TetR family protein  30.25 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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